175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0635 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B5273  hypothetical protein  85.64 
 
 		 608 aa  1055    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0635  hypothetical protein  100 
 
 		 606 aa  1232    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0758526 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3657  type VI secretion protein  59.67 
 
 		 604 aa  726    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.360075  normal  0.494654 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2587  type VI secretion protein  52.5 
 
 		 587 aa  608  1e-173  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2993  hypothetical protein  52.67 
 
 		 587 aa  610  1e-173  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000448613 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0800  hypothetical protein  52.33 
 
 		 587 aa  608  1e-173  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2489  hypothetical protein  52.5 
 
 		 587 aa  610  1e-173  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3245  type VI secretion protein  52.32 
 
 		 589 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1800  hypothetical protein  49.67 
 
 		 584 aa  592  1e-168  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.765675  normal  0.114304 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2818  hypothetical protein  35.91 
 
 		 585 aa  371  1e-101  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3730  hypothetical protein  33.55 
 
 		 590 aa  324  3e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000438  protein ImpG/VasA  31.89 
 
 		 582 aa  314  2.9999999999999996e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877491  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05860  hypothetical protein  32.28 
 
 		 582 aa  313  7.999999999999999e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0048  hypothetical protein  35.25 
 
 		 587 aa  306  9.000000000000001e-82  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5586  hypothetical protein  35.46 
 
 		 595 aa  301  3e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0095  hypothetical protein  34.31 
 
 		 596 aa  299  1e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0389  type VI secretion protein  30.31 
 
 		 606 aa  293  5e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0316  hypothetical protein  30.31 
 
 		 606 aa  293  5e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3252  type VI secretion protein, VC_A0110 family  32.01 
 
 		 588 aa  292  1e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2804  type VI secretion protein, VC_A0110 family  31.95 
 
 		 588 aa  291  4e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1073  type VI secretion protein, VC_A0110 family  31.11 
 
 		 588 aa  288  2e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.889843  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2546  hypothetical protein  33.28 
 
 		 595 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0583684  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4077  hypothetical protein  31.63 
 
 		 588 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0270196  unclonable  0.00000124343 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1199  hypothetical protein  32.35 
 
 		 588 aa  281  4e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.241231  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1121  putative type VI secretion protein VasA  31.04 
 
 		 583 aa  279  1e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0138508  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0028  hypothetical protein  31.53 
 
 		 589 aa  279  1e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.167709  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2526  type VI secretion protein  30.36 
 
 		 588 aa  277  4e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3313  hypothetical protein  36.39 
 
 		 576 aa  276  9e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2621  hypothetical protein  30.53 
 
 		 588 aa  269  1e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.264727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2124  hypothetical protein  30.69 
 
 		 588 aa  269  1e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369008  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0431  hypothetical protein  34.95 
 
 		 577 aa  268  2e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0740  hypothetical protein  33.55 
 
 		 580 aa  267  4e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0608  hypothetical protein  33.55 
 
 		 580 aa  267  4e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.301701  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0719  hypothetical protein  33.55 
 
 		 580 aa  267  4e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.133879  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3227  type VI secretion protein  30.38 
 
 		 588 aa  267  4e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2029  hypothetical protein  33.55 
 
 		 580 aa  267  4e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1677  hypothetical protein  33.55 
 
 		 580 aa  267  4e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0538  hypothetical protein  33.39 
 
 		 580 aa  266  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3612  hypothetical protein  33.99 
 
 		 595 aa  266  1e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.332362  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2127  hypothetical protein  33.39 
 
 		 580 aa  265  1e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1227  hypothetical protein  30.88 
 
 		 617 aa  265  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.366123 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1108  type VI secretion protein, family  30.88 
 
 		 617 aa  264  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0237  hypothetical protein  30.19 
 
 		 616 aa  261  2e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0243  hypothetical protein  30.19 
 
 		 616 aa  261  3e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.956418 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0235  hypothetical protein  30.19 
 
 		 616 aa  261  3e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3097  hypothetical protein  32.4 
 
 		 606 aa  260  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2625  hypothetical protein  32.4 
 
 		 606 aa  259  9e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2767  type VI secretion protein  33.23 
 
 		 606 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00399932  normal  0.648894 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2507  type VI secretion protein  31.86 
 
 		 606 aa  250  6e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0116993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2271  hypothetical protein  31.66 
 
 		 611 aa  246  6e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0866  hypothetical protein  32.72 
 
 		 580 aa  238  2e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.500942  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4956  hypothetical protein  31.85 
 
 		 610 aa  234  3e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2173  hypothetical protein  30.74 
 
 		 610 aa  233  1e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0216331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4917  type VI secretion protein, VC_A0110 family  30.77 
 
 		 612 aa  232  1e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.263892  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1211  type VI secretion protein, VC_A0110 family  31.74 
 
 		 590 aa  232  2e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2635  hypothetical protein  31.03 
 
 		 611 aa  229  8e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.881877  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0449  type VI secretion protein  31.03 
 
 		 611 aa  229  8e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.869573 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0471  hypothetical protein  31.03 
 
 		 611 aa  229  8e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.056714  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43000  hypothetical protein  32.29 
 
 		 526 aa  229  9e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.333671 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0406  type VI secretion protein  30.87 
 
 		 611 aa  229  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.65912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0385  hypothetical protein  30.87 
 
 		 611 aa  229  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00261  SciC protein  30.48 
 
 		 625 aa  229  1e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.527979  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5427  hypothetical protein  32.4 
 
 		 517 aa  229  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3563  hypothetical protein  31.02 
 
 		 611 aa  228  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3039  type VI secretion protein, VC_A0110 family  31.74 
 
 		 590 aa  228  3e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3030  hypothetical protein  32.61 
 
 		 592 aa  226  1e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.104636  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01961  hypothetical protein  31.25 
 
 		 616 aa  225  2e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0957236  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2926  type VI secretion protein  30.37 
 
 		 611 aa  225  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0056  hypothetical protein  31.45 
 
 		 612 aa  224  3e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1711  hypothetical protein  31.45 
 
 		 612 aa  224  3e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3640  hypothetical protein  31.45 
 
 		 612 aa  224  4e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.36511  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3656  hypothetical protein  31.45 
 
 		 612 aa  224  4e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3631  hypothetical protein  31.45 
 
 		 612 aa  224  4.9999999999999996e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2892  hypothetical protein  31.09 
 
 		 597 aa  217  5e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2960  hypothetical protein  30.81 
 
 		 612 aa  216  8e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34010  hypothetical protein  31.09 
 
 		 597 aa  216  8e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.110029  normal  0.162624 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2364  hypothetical protein  28.3 
 
 		 609 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.843191  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0160  hypothetical protein  30.05 
 
 		 619 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1584  hypothetical protein  29.72 
 
 		 623 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.468978  normal  0.21502 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02049  EvpF  28.91 
 
 		 611 aa  214  2.9999999999999995e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0842725  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01070  hypothetical protein  30.03 
 
 		 619 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.970936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2329  hypothetical protein  30.82 
 
 		 619 aa  211  3e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0250142  normal  0.0432073 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0407  hypothetical protein  29.86 
 
 		 623 aa  211  4e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.941773  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1604  hypothetical protein  29.86 
 
 		 623 aa  211  4e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1787  hypothetical protein  29.86 
 
 		 623 aa  211  4e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.973782  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0457  hypothetical protein  29.86 
 
 		 623 aa  211  4e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2956  hypothetical protein  30.28 
 
 		 623 aa  210  6e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3076  hypothetical protein  29.21 
 
 		 605 aa  210  6e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1196  hypothetical protein  30.02 
 
 		 623 aa  209  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2831  hypothetical protein  30.02 
 
 		 623 aa  209  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.843813  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50840  hypothetical protein  30.86 
 
 		 597 aa  207  4e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.232659  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3410  hypothetical protein  29.56 
 
 		 589 aa  207  6e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0262  hypothetical protein  29.38 
 
 		 623 aa  206  8e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3859  type VI secretion protein  30.05 
 
 		 624 aa  205  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353527  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26630  hypothetical protein  30.91 
 
 		 620 aa  204  4e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268806  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0527  type VI secretion protein, VC_A0110 family  28.77 
 
 		 630 aa  202  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3469  hypothetical protein  30.31 
 
 		 629 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.136581  normal  0.824361 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6046  hypothetical protein  29.52 
 
 		 593 aa  197  4.0000000000000005e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.739276  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1690  type VI secretion protein, VC_A0110 family  27.82 
 
 		 626 aa  197  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.577908 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0198  type VI secretion protein, VC_A0110 family  28.41 
 
 		 623 aa  196  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>