65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0578 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_0578  hypothetical protein  100 
 
 
195 aa  383  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.410916  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2680  putative lipoprotein  68.39 
 
 
207 aa  258  4e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.208689  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0625  hypothetical protein  37.71 
 
 
240 aa  110  2e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.435543  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1444  hypothetical protein  37.37 
 
 
208 aa  102  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.753012  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4001  hypothetical protein  37.42 
 
 
250 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0710  hypothetical protein  37.74 
 
 
238 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0601  hypothetical protein  37.74 
 
 
242 aa  102  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.391552  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0677  hypothetical protein  37.74 
 
 
239 aa  102  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0204159  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2892  protein of unknown function DUF330  39.52 
 
 
210 aa  100  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.529816  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3798  hypothetical protein  37.11 
 
 
240 aa  100  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.860154  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2126  putative lipoprotein  39.58 
 
 
233 aa  99.8  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0863972  normal  0.08915 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0226  hypothetical protein  37.11 
 
 
238 aa  98.6  5e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2675  hypothetical protein  38.99 
 
 
243 aa  98.6  6e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.681553  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1153  putative lipoprotein  37.72 
 
 
256 aa  98.2  6e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2377  putative lipoprotein  37.72 
 
 
256 aa  98.2  6e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0803735  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3383  hypothetical protein  37.72 
 
 
256 aa  98.2  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0291  putative lipoprotein  37.72 
 
 
252 aa  98.2  7e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2560  putative lipoprotein  37.72 
 
 
252 aa  98.2  7e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3341  hypothetical protein  37.72 
 
 
239 aa  98.2  7e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.376866  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3375  putative lipoprotein  37.72 
 
 
252 aa  97.8  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.203626  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0710  protein of unknown function DUF330  34.36 
 
 
248 aa  90.9  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0600  hypothetical protein  39.89 
 
 
211 aa  90.1  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0442544  normal  0.826922 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3534  hypothetical protein  32.64 
 
 
253 aa  88.6  5e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0808039  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3180  lipoprotein, putative  32.83 
 
 
207 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.131862  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0529  hypothetical protein  41.48 
 
 
222 aa  86.7  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0516  protein of unknown function DUF330  40.58 
 
 
222 aa  85.9  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3046  hypothetical protein  32.16 
 
 
207 aa  85.5  5e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.796041  normal  0.0181531 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2536  hypothetical protein  33.71 
 
 
233 aa  84.7  7e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1267  hypothetical protein  34.12 
 
 
264 aa  83.2  2e-15  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5803  hypothetical protein  33.7 
 
 
236 aa  82.8  3e-15  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  1.07973e-05  hitchhiker  0.000892453 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4087  hypothetical protein  31.69 
 
 
188 aa  80.9  1e-14  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00226644  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0404  hypothetical protein  30.11 
 
 
203 aa  78.6  5e-14  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2220  protein of unknown function DUF330  31.22 
 
 
197 aa  77.8  9e-14  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.2506e-07 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5507  hypothetical protein  32.12 
 
 
201 aa  77.4  1e-13  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0652  hypothetical protein  30.93 
 
 
196 aa  76.6  2e-13  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.049729  normal  0.69496 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44160  hypothetical protein  34.03 
 
 
192 aa  77  2e-13  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.266274  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6815  hypothetical protein  34.34 
 
 
215 aa  75.9  4e-13  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655082  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5279  hypothetical protein  29.59 
 
 
233 aa  72.4  3e-12  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2417  hypothetical protein  32.43 
 
 
204 aa  71.2  8e-12  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0242841  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0667  hypothetical protein  30.2 
 
 
211 aa  69.3  3e-11  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2001  protein of unknown function DUF330  31.58 
 
 
196 aa  68.9  5e-11  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.142199  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2634  hypothetical protein  31.33 
 
 
212 aa  61.2  9e-09  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0041  putative lipoprotein  34.07 
 
 
206 aa  60.8  1e-08  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.240026  normal  0.251629 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1982  putative lipoprotein  30.26 
 
 
195 aa  59.7  3e-08  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0024934  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2579  hypothetical protein  30.51 
 
 
191 aa  59.3  3e-08  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.621383 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0256  hypothetical protein  26.57 
 
 
205 aa  57.4  1e-07  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0364  putative lipoprotein  28.5 
 
 
201 aa  57  2e-07  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.14709  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2832  hypothetical protein  29.1 
 
 
183 aa  57  2e-07  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.766034  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0041  protein of unknown function DUF330  28.57 
 
 
197 aa  54.7  9e-07  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1569  hypothetical protein  27.74 
 
 
209 aa  54.3  1e-06  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.849012  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3241  protein of unknown function DUF330  27.96 
 
 
199 aa  53.5  2e-06  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6349  hypothetical protein  27.13 
 
 
225 aa  52  5e-06  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.238642  normal  0.295075 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2578  hypothetical protein  30.86 
 
 
176 aa  52  6e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.130696  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3138  hypothetical protein  29.81 
 
 
176 aa  51.6  7e-06  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1055  protein of unknown function DUF330  26.85 
 
 
198 aa  51.6  7e-06  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1231  protein of unknown function DUF330  29.63 
 
 
202 aa  47.4  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.228197  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0327  protein of unknown function DUF330  28.57 
 
 
204 aa  47  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2448  hypothetical protein  29.23 
 
 
201 aa  43.1  0.003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.136482  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1896  hypothetical protein  24.87 
 
 
204 aa  42.7  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2365  putative lipoprotein  28.23 
 
 
187 aa  42.4  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0264734  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0447  hypothetical protein  37.5 
 
 
472 aa  42  0.005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0545  hypothetical protein  37.5 
 
 
472 aa  42  0.005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1866  monoxygenase  37.5 
 
 
464 aa  42  0.006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0384468  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3287  hypothetical protein  28.57 
 
 
178 aa  41.6  0.006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.762664 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5821  hypothetical protein  33.68 
 
 
212 aa  41.6  0.008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0514246  normal  0.606405 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>