More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0459 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_0459  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
207 aa  410  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.957088  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6883  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.71 
 
 
213 aa  137  9e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.239531  normal  0.170628 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2928  two component LuxR family transcriptional regulator  40.38 
 
 
213 aa  134  7e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4331  two component LuxR family transcriptional regulator  39.23 
 
 
212 aa  134  9e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.748519  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0522  LuxR response regulator receiver  39.13 
 
 
212 aa  132  4e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000276468  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2160  LuxR family DNA-binding response regulator  36.89 
 
 
210 aa  132  5e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2269  two component LuxR family transcriptional regulator  36.89 
 
 
210 aa  132  5e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5536  LuxR response regulator receiver  38.68 
 
 
209 aa  131  9e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.882777  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4470  two component LuxR family transcriptional regulator  39.05 
 
 
232 aa  130  1e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.370568  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2113  LuxR family DNA-binding response regulator  36.41 
 
 
210 aa  129  4e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.616678 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1160  putative two-component response regulator  36.84 
 
 
209 aa  127  1e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0122525  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5714  two component LuxR family transcriptional regulator  37.14 
 
 
210 aa  127  1e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4322  two component LuxR family transcriptional regulator  39.05 
 
 
207 aa  127  1e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12780  putative two-component response regulator  36.84 
 
 
209 aa  127  1e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  4.36161e-10  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00490  hypothetical protein  34.78 
 
 
210 aa  126  2e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00485  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.78 
 
 
210 aa  126  2e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0610  transcriptional regulator FimZ  34.78 
 
 
210 aa  126  2e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0598  transcriptional regulator FimZ  37.38 
 
 
210 aa  126  2e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.110504 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0595  transcriptional regulator FimZ  37.38 
 
 
210 aa  126  2e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.447967  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3087  transcriptional regulator FimZ  34.78 
 
 
210 aa  126  2e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1090  LuxR family DNA-binding response regulator  38.76 
 
 
207 aa  126  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0594  transcriptional regulator FimZ  37.38 
 
 
210 aa  126  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.627077  hitchhiker  0.00790766 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1131  two component LuxR family transcriptional regulator  38.76 
 
 
236 aa  126  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.796271  normal  0.799889 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0659  transcriptional regulator FimZ  37.38 
 
 
210 aa  126  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.611229  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3078  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.3 
 
 
210 aa  125  3e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0602  transcriptional regulator FimZ  37.38 
 
 
210 aa  126  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal  0.0923244 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0636  transcriptional regulator FimZ  34.3 
 
 
210 aa  125  3e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.931873  normal  0.250092 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0577  transcriptional regulator FimZ  34.3 
 
 
210 aa  125  3e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5940  LuxR family response regulator  38.28 
 
 
220 aa  125  4e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  7.81929e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0580  transcriptional regulator FimZ  34.3 
 
 
210 aa  125  4e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4515  two component LuxR family transcriptional regulator  38.28 
 
 
208 aa  122  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00786387 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24710  putative two-component response regulator  37.02 
 
 
207 aa  119  2e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2093  putative two-component response regulator  37.02 
 
 
207 aa  119  2e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1119  two component LuxR family transcriptional regulator  37.32 
 
 
208 aa  120  2e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00430  putative two-component response regulator  39.42 
 
 
207 aa  117  1e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.247974 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0036  putative two-component response regulator  39.42 
 
 
207 aa  117  1e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.035019  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0993  transcriptional regulator FimZ  35.61 
 
 
210 aa  114  9e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000287084 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3890  LuxR response regulator receiver  34.45 
 
 
208 aa  112  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4151  DNA-binding response regulator, LuxR family  34.45 
 
 
208 aa  112  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.35782  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2114  LuxR response regulator receiver  33.97 
 
 
212 aa  112  4e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0462  transcriptional regulator FimZ  34.74 
 
 
199 aa  110  2e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.739138  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1620  two component LuxR family transcriptional regulator  33.82 
 
 
206 aa  110  2e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0222153 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3638  two component LuxR family transcriptional regulator  35.07 
 
 
205 aa  109  4e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.489861 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2101  LuxR family DNA-binding response regulator  35.07 
 
 
207 aa  108  4e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00862279  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1643  two component LuxR family transcriptional regulator  35.07 
 
 
205 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.003137  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3974  two component LuxR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
208 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6866  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.62 
 
 
202 aa  105  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.140006  normal  0.169631 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1808  two component LuxR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
207 aa  105  4e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000516369  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02240  hypothetical protein  31.13 
 
 
204 aa  105  6e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2655  DNA-binding transcriptional activator EvgA  31.13 
 
 
204 aa  105  6e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3600  DNA-binding transcriptional activator EvgA  31.13 
 
 
204 aa  105  6e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0441797 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2506  DNA-binding transcriptional activator EvgA  31.13 
 
 
204 aa  105  6e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00265649  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1288  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.13 
 
 
204 aa  105  6e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1300  DNA-binding transcriptional activator EvgA  31.13 
 
 
204 aa  105  6e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2519  DNA-binding transcriptional activator EvgA  31.13 
 
 
204 aa  105  6e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02279  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with EvgS  31.13 
 
 
204 aa  105  6e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2738  DNA-binding transcriptional activator EvgA  31.13 
 
 
204 aa  104  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4334  two component LuxR family transcriptional regulator  34.74 
 
 
209 aa  104  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255025  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0304  two component LuxR family transcriptional regulator  32.02 
 
 
207 aa  104  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2906  two component LuxR family transcriptional regulator  34.76 
 
 
203 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0174  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.37 
 
 
208 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1123  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.82 
 
 
242 aa  97.1  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1600  two component LuxR family transcriptional regulator  36.92 
 
 
207 aa  96.3  3e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1122  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.51 
 
 
234 aa  96.3  3e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.752968  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0851  DNA-binding response regulator  34.91 
 
 
223 aa  95.5  5e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0464733  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1863  two component LuxR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
209 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207146  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1168  LuxR family transcriptional regulator  31.07 
 
 
216 aa  93.6  2e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2528  two component LuxR family transcriptional regulator  30.92 
 
 
204 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0522002 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0828  response regulator  31.07 
 
 
216 aa  92.4  4e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0183204  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39510  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  32.7 
 
 
216 aa  91.7  7e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.657091 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2299  two component LuxR family transcriptional regulator  29.19 
 
 
221 aa  91.3  9e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0766  DNA-binding response regulator  33.96 
 
 
214 aa  90.5  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2151  DNA-binding response regulator  33.96 
 
 
214 aa  90.5  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.639034  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4503  two component LuxR family transcriptional regulator  33.82 
 
 
221 aa  90.5  1e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.178457  normal  0.0169691 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1518.1  DNA-binding response regulator  33.96 
 
 
223 aa  90.9  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000399536  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2781  two component LuxR family transcriptional regulator  29.95 
 
 
204 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0560  DNA-binding response regulator  33.96 
 
 
223 aa  90.9  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0224831  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2463  response regulator receiver  30.23 
 
 
217 aa  90.9  1e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2085  DNA-binding response regulator  33.96 
 
 
264 aa  90.9  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.844485  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2415  two component LuxR family transcriptional regulator  30.23 
 
 
217 aa  90.9  1e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1981  transcriptional regulatory protein DegU, putative  30.23 
 
 
218 aa  90.9  1e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2062  LuxR family DNA-binding response regulator  33.96 
 
 
214 aa  90.5  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0947149  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0451  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.72 
 
 
216 aa  90.1  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2713  two component LuxR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
216 aa  90.5  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0467  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.95 
 
 
216 aa  89.7  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000507383 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0815  two component LuxR family transcriptional regulator  29.7 
 
 
213 aa  89  5e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  1.80305e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0160  two component LuxR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
212 aa  88.6  5e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2876  response regulator receiver  34.6 
 
 
284 aa  89  5e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05894  two component transcriptional regulator  31 
 
 
202 aa  88.6  6e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1539  two component LuxR family transcriptional regulator  32.71 
 
 
230 aa  88.6  6e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000282  putative two-component response regulator  31.16 
 
 
202 aa  88.2  8e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0896  LuxR family transcriptional regulator  30.14 
 
 
214 aa  88.2  8e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1909  response regulator receiver protein  32.08 
 
 
220 aa  88.2  9e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.631594  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5375  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.37 
 
 
218 aa  88.2  9e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0998  response regulator  29.67 
 
 
214 aa  87.4  1e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0983  two component LuxR family transcriptional regulator  32.5 
 
 
213 aa  87.8  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2227  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.48 
 
 
217 aa  86.7  2e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.632961  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2350  two component LuxR family transcriptional regulator  29.47 
 
 
204 aa  87  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4335  two component LuxR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
194 aa  87  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3668  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.65 
 
 
213 aa  86.3  3e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>