280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0258 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0258  amidophosphoribosyltransferases-like protein  100 
 
 		 279 aa  550  1e-155  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0311  putative amidophosphoribosyltransferase  55.61 
 
 		 222 aa  202  5e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0234  putative competence protein F-related protein  50.67 
 
 		 240 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0348529 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0215  putative competence protein F-related protein  48.67 
 
 		 240 aa  179  4e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.162002 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4174  putative competence protein f-related protein  44.98 
 
 		 261 aa  159  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0541  phosphoribosyltransferase  44.18 
 
 		 261 aa  158  7e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.380195  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0359  putative competence protein F-related protein  49.78 
 
 		 240 aa  158  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.332104 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0423  ComF family protein  46.58 
 
 		 255 aa  155  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0273  putative competence protein F-related protein  43.03 
 
 		 268 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.317287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  44.16 
 
 		 247 aa  152  7e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0453  phosphoribosyltransferase  46.72 
 
 		 257 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  41.01 
 
 		 239 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2767  phosphoribosyltransferase  44.63 
 
 		 270 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2905  phosphoribosyltransferase  44.03 
 
 		 270 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3200  ComF family protein  44.03 
 
 		 242 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0669  ComF family protein  44.03 
 
 		 255 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0504  putative competence protein  44.03 
 
 		 255 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.791762  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0486  putative competence protein  44.03 
 
 		 255 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0173  ComF family protein  44.03 
 
 		 255 aa  126  5e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2846  ComF family protein  44.03 
 
 		 255 aa  126  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1419  ComF family protein  44.03 
 
 		 255 aa  126  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2861  phosphoribosyltransferase  43.98 
 
 		 265 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.603337 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0391  phosphoribosyltransferase  35.53 
 
 		 243 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.214316 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1537  putative competence protein F  39.57 
 
 		 228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  36.32 
 
 		 246 aa  119  6e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0361  competence protein ComF, putative  35.09 
 
 		 243 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2102  competence protein F  34.91 
 
 		 246 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4090  amidophosphoribosyltransferase-like protein  38.1 
 
 		 246 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3816  putative phosphoribosyl transferase  37.33 
 
 		 266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.231863 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2236  phosphoribosyltransferase  42.92 
 
 		 266 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.426803  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0493  competence protein ComF, putative  35.84 
 
 		 244 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6179  phosphoribosyltransferase  45.34 
 
 		 263 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2280  hypothetical protein  32.24 
 
 		 234 aa  114  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0317  hypothetical protein  37.77 
 
 		 230 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0387  amidophosphoribosyltransferase-like protein  35.5 
 
 		 243 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3140  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  33.33 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.012105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  40.27 
 
 		 237 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  39.04 
 
 		 262 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2850  phosphoribosyltransferase  43.98 
 
 		 265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2863  phosphoribosyltransferase  39.67 
 
 		 242 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2248  phosphoribosyltransferase  31.84 
 
 		 220 aa  112  5e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000079712  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1242  hypothetical protein  37.66 
 
 		 271 aa  112  5e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4841  competence protein ComF  35.59 
 
 		 245 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.399762  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2252  hypothetical protein  31.31 
 
 		 234 aa  112  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05970  amidophosphoribosyltransferase  41.26 
 
 		 238 aa  111  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.096525  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0875  hypothetical protein  36.93 
 
 		 255 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.656742  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3540  ComF family protein  38.43 
 
 		 242 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4688  phosphoribosyltransferase  35.43 
 
 		 244 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482553  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3925  gluconate periplasmic binding protein  35.68 
 
 		 233 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06360  putative phosphoribosyl transferase  36.84 
 
 		 241 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00829668  normal  0.955973 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0784  ComF family protein  34.36 
 
 		 251 aa  109  5e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0887705  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0040  competence protein F  36.89 
 
 		 241 aa  109  5e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.648348  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3784  gluconate periplasmic binding protein  33.48 
 
 		 227 aa  109  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3709  gluconate periplasmic binding protein  33.04 
 
 		 227 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.604176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3880  gluconate periplasmic binding protein  33.04 
 
 		 227 aa  107  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0592  putative phosphoribosyl transferase  37.66 
 
 		 241 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.173105  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3712  gluconate periplasmic binding protein  33.04 
 
 		 227 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3184  putative phosphoribosyl transferase  37.61 
 
 		 230 aa  107  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0049  competence protein F  36.44 
 
 		 241 aa  107  3e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  33.33 
 
 		 233 aa  106  5e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3818  gluconate periplasmic binding protein  32.6 
 
 		 227 aa  105  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1678  ComF family protein  37.05 
 
 		 230 aa  104  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.591029  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0188  phosphoribosyltransferase  33.91 
 
 		 239 aa  104  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.138467  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4118  gluconate periplasmic binding protein  33.92 
 
 		 233 aa  104  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0572  ComF family protein  33.16 
 
 		 204 aa  102  7e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  34.8 
 
 		 259 aa  102  8e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  38.12 
 
 		 247 aa  101  1e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1490  competence protein  33.99 
 
 		 232 aa  101  1e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.923217  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0447  phosphoribosyltransferase  33.49 
 
 		 229 aa  100  2e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.300519  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1733  ComF family protein  37.75 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00110223  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4633  gluconate periplasmic binding protein  32.89 
 
 		 227 aa  100  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2292  ComF family protein  32.11 
 
 		 286 aa  99.8  5e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2757  putative phosphoribosyl transferase  33.73 
 
 		 242 aa  99  8e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3090  phosphoribosyltransferase  37.61 
 
 		 255 aa  98.2  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318018  normal  0.255488 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2095  phosphoribosyltransferase  33.74 
 
 		 247 aa  97.4  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00900618  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  32.31 
 
 		 242 aa  97.1  3e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3800  competence protein ComF  34.27 
 
 		 262 aa  97.1  3e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3888  gluconate periplasmic binding protein  31.72 
 
 		 227 aa  95.9  7e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1140  phosphoribosyltransferase  36.12 
 
 		 264 aa  95.9  7e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0794906  normal  0.739937 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3826  gluconate periplasmic binding protein  31.14 
 
 		 227 aa  95.5  8e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0300  gluconate periplasmic binding protein  32.16 
 
 		 227 aa  95.5  9e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0414054  normal  0.0237558 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2183  competence protein F  32.95 
 
 		 256 aa  95.5  9e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0808644  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0317  gluconate periplasmic binding protein  33.77 
 
 		 233 aa  95.1  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4009  competence protein ComF  33.33 
 
 		 262 aa  94.7  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  32.47 
 
 		 227 aa  94.4  2e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03265  gluconate periplasmic binding protein with phosphoribosyltransferase domain, GNT I system  31.72 
 
 		 227 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00626502  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0300  comF family protein  31.72 
 
 		 227 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00612033  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0177  competence protein ComF  33.94 
 
 		 266 aa  93.6  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1259  amidophosphoribosyltransferase-like protein  32 
 
 		 233 aa  93.6  3e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000170778  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03217  hypothetical protein  31.72 
 
 		 227 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00548769  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1401  phosphoribosyltransferase  37.07 
 
 		 242 aa  93.6  3e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3610  gluconate periplasmic binding protein  31.72 
 
 		 227 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4231  amidophosphoribosyltransferases-like  29.17 
 
 		 240 aa  93.2  4e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4720  gluconate periplasmic binding protein  33.01 
 
 		 248 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2284  phosphoribosyltransferase  35.84 
 
 		 258 aa  92.4  7e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0107952 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1942  phosphoribosyltransferase  31.06 
 
 		 247 aa  92.4  8e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4126  competence protein ComF  32.27 
 
 		 263 aa  92  9e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3805  competence protein ComF  33.49 
 
 		 268 aa  92  9e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.274004 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  35.02 
 
 		 243 aa  91.7  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3694  gluconate periplasmic binding protein  34.54 
 
 		 227 aa  92  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>