More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0214 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011662  Tmz1t_3365  AMP-dependent synthetase and ligase  67.08 
 
 
661 aa  914    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.865924  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2217  AMP-dependent synthetase and ligase  55.54 
 
 
653 aa  721    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0249  AMP-dependent synthetase and ligase  68.01 
 
 
655 aa  926    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.463318  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0260  AMP-dependent synthetase and ligase  89.6 
 
 
652 aa  1218    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2279  long chain acyl-CoA synthetase  56.45 
 
 
653 aa  724    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0954  AMP-dependent synthetase and ligase  56.45 
 
 
653 aa  726    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4012  AMP-dependent synthetase and ligase  53.4 
 
 
657 aa  689    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3542  AMP-dependent synthetase and ligase  59.01 
 
 
648 aa  808    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0604  AMP-dependent synthetase and ligase  60.4 
 
 
648 aa  821    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0571131  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0214  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
654 aa  1338    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0113  AMP-dependent synthetase and ligase  54.01 
 
 
661 aa  715    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5006  AMP-dependent synthetase and ligase  67.8 
 
 
651 aa  924    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.604122  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3434  AMP-dependent synthetase and ligase  61.98 
 
 
648 aa  825    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00276334 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5039  AMP-dependent synthetase and ligase  56.9 
 
 
659 aa  682    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.578261  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0048  AMP-dependent synthetase and ligase  56.9 
 
 
658 aa  744    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.760787 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0461  AMP-dependent synthetase and ligase  67.66 
 
 
644 aa  915    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.185625  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1159  AMP-dependent synthetase and ligase  66.92 
 
 
645 aa  902    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0787  AMP-dependent synthetase and ligase  63.41 
 
 
648 aa  810    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.418663  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  61.94 
 
 
648 aa  820    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.385801 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0470  AMP-dependent synthetase and ligase  67.66 
 
 
682 aa  914    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.282335  normal  0.146944 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0373  acyl-CoA synthetase  56.06 
 
 
656 aa  724    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2725  AMP-dependent synthetase and ligase  66.05 
 
 
654 aa  894    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.171087 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2424  AMP-dependent synthetase and ligase  48.59 
 
 
649 aa  606  9.999999999999999e-173  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0623  AMP-dependent synthetase and ligase  47.17 
 
 
647 aa  596  1e-169  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431706  normal  0.0874065 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0545  AMP-dependent synthetase and ligase  47.34 
 
 
649 aa  593  1e-168  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  46.85 
 
 
633 aa  579  1e-164  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5287  AMP-dependent synthetase and ligase  41.19 
 
 
648 aa  531  1e-149  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0136  AMP-dependent synthetase and ligase  42.22 
 
 
646 aa  525  1e-147  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1543  AMP-dependent synthetase and ligase  42.79 
 
 
651 aa  519  1e-146  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00460036  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0297  AMP-dependent synthetase and ligase  41.13 
 
 
643 aa  476  1e-133  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179639  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2282  AMP-dependent synthetase and ligase  39.28 
 
 
631 aa  476  1e-133  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2308  AMP-dependent synthetase and ligase  40.92 
 
 
657 aa  475  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0111013 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1861  AMP-dependent synthetase and ligase  38.91 
 
 
650 aa  470  1.0000000000000001e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0661736  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3136  AMP-dependent synthetase and ligase  39 
 
 
654 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.601879 
 
 
-
 
NC_002936  DET0946  AMP-binding protein  38.23 
 
 
630 aa  468  9.999999999999999e-131  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.418296  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0830  AMP-dependent synthetase and ligase  38.55 
 
 
630 aa  468  9.999999999999999e-131  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_817  AMP-binding protein, long-chain fatty-acid-CoA ligase  38.23 
 
 
630 aa  466  9.999999999999999e-131  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1832  AMP-dependent synthetase and ligase  37.56 
 
 
655 aa  462  1e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.551344  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  39.1 
 
 
643 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2610  AMP-dependent synthetase and ligase  38.1 
 
 
655 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3416  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding  37.97 
 
 
656 aa  449  1e-125  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  38.64 
 
 
643 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.610668  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5715  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  37.61 
 
 
642 aa  444  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.159052  normal  0.670212 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3509  AMP-dependent synthetase and ligase  40.47 
 
 
655 aa  445  1e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1569  AMP-dependent synthetase and ligase  37.96 
 
 
642 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.325884 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4176  AMP-dependent synthetase and ligase  37.36 
 
 
642 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.04 
 
 
650 aa  435  1e-120  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.702328  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2375  AMP-dependent synthetase and ligase  35.05 
 
 
634 aa  394  1e-108  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  35.31 
 
 
607 aa  390  1e-107  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2441  AMP-dependent synthetase and ligase  34.46 
 
 
636 aa  391  1e-107  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0406  AMP-dependent synthetase and ligase  36.45 
 
 
609 aa  368  1e-100  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  33.22 
 
 
626 aa  368  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  33.06 
 
 
618 aa  365  1e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2355  AMP-dependent synthetase and ligase  34.76 
 
 
610 aa  356  7.999999999999999e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.115359  normal  0.295722 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  34.34 
 
 
623 aa  356  1e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4067  AMP-dependent synthetase and ligase  33.84 
 
 
603 aa  326  8.000000000000001e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.675218  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3837  AMP-dependent synthetase and ligase  34.31 
 
 
601 aa  321  1.9999999999999998e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427679  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  32.07 
 
 
611 aa  313  7.999999999999999e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  33.28 
 
 
594 aa  300  6e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  32.35 
 
 
610 aa  292  1e-77  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  30.93 
 
 
606 aa  289  1e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  32.57 
 
 
605 aa  285  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  30.37 
 
 
606 aa  282  1e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  29.79 
 
 
622 aa  281  2e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  30.72 
 
 
606 aa  281  3e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  31.14 
 
 
607 aa  275  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3508  AMP-dependent synthetase and ligase  33.39 
 
 
607 aa  275  2.0000000000000002e-72  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0185945  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  30.44 
 
 
649 aa  275  2.0000000000000002e-72  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2259  AMP-dependent synthetase and ligase  31.15 
 
 
616 aa  273  7e-72  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000572274  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  30.29 
 
 
617 aa  270  5.9999999999999995e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  30.73 
 
 
608 aa  269  1e-70  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2937  AMP-dependent synthetase and ligase  31.12 
 
 
610 aa  264  3e-69  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.62 
 
 
602 aa  263  8.999999999999999e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  31.36 
 
 
596 aa  261  3e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  29.83 
 
 
598 aa  259  9e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  31.24 
 
 
604 aa  258  2e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  29.61 
 
 
612 aa  258  2e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  31.24 
 
 
604 aa  258  2e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  28.84 
 
 
602 aa  258  3e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  29.4 
 
 
590 aa  256  1.0000000000000001e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  30.98 
 
 
604 aa  255  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  26.9 
 
 
610 aa  253  5.000000000000001e-66  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6512  AMP-dependent synthetase and ligase  29.23 
 
 
635 aa  252  1e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  30.98 
 
 
601 aa  252  2e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  29.8 
 
 
633 aa  252  2e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4907  AMP-dependent synthetase and ligase  29.12 
 
 
635 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  27.3 
 
 
587 aa  252  2e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  27.33 
 
 
607 aa  251  2e-65  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3256  AMP-dependent synthetase and ligase  29.12 
 
 
635 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.653152 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  28 
 
 
610 aa  251  3e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.52 
 
 
601 aa  251  4e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2750  putative AMP-binding enzyme  28.23 
 
 
611 aa  249  1e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  27.32 
 
 
610 aa  248  2e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2941  AMP-dependent synthetase and ligase  29.97 
 
 
773 aa  247  6e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.227779  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  26.37 
 
 
610 aa  246  8e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  27.42 
 
 
610 aa  246  9.999999999999999e-64  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1953  AMP-dependent synthetase and ligase  29.36 
 
 
613 aa  246  9.999999999999999e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.163962 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  29.38 
 
 
603 aa  246  9.999999999999999e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  27.87 
 
 
633 aa  245  1.9999999999999999e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12215  long-chain fatty-acid-CoA ligase fadD15  30.79 
 
 
600 aa  245  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>