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for query gene Rmet_0017 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A0041  EmrB/QacA family drug resistance transporter  79.55 
 
 		 530 aa  766    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.216862  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0017  EmrB/QacA family drug resistance transporter  100 
 
 		 528 aa  1023    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2437  major facilitator transporter  51.2 
 
 		 494 aa  403  1e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.516021  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2612  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.22 
 
 		 565 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.000000000331464  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1890  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.88 
 
 		 569 aa  308  2.0000000000000002e-82  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2169  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.36 
 
 		 554 aa  305  1.0000000000000001e-81  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0391  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.18 
 
 		 530 aa  305  2.0000000000000002e-81  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.979828  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03040  putative MFS transporter  36.99 
 
 		 501 aa  303  7.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.479989  hitchhiker  0.0000743098 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4266  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.66 
 
 		 526 aa  302  1e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.657921 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4154  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.66 
 
 		 526 aa  302  1e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.326396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0275  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.33 
 
 		 539 aa  299  9e-80  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.269312  normal  0.0148555 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05770  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.44 
 
 		 528 aa  297  4e-79  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.148276  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5185  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.66 
 
 		 525 aa  295  1e-78  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.804488  normal  0.490544 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5244  major facilitator superfamily transporter  38.57 
 
 		 513 aa  294  3e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3709  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.35 
 
 		 522 aa  293  4e-78  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.486595  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1314  EmrB/QacA subfamily drug resistance transporter  39.01 
 
 		 535 aa  293  4e-78  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00952843  normal  0.308238 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4425  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.33 
 
 		 483 aa  293  7e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146647  normal  0.357206 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0331  MFS family transporter  36.09 
 
 		 515 aa  291  2e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3291  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  41.19 
 
 		 666 aa  290  4e-77  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.47407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4335  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.27 
 
 		 483 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1028  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.07 
 
 		 483 aa  289  9e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.634124  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8279  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.34 
 
 		 680 aa  289  1e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.270413  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3945  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.92 
 
 		 528 aa  288  2e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00181565  hitchhiker  0.00620132 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6232  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.95 
 
 		 535 aa  287  4e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1388  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.3 
 
 		 483 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4864  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.56 
 
 		 685 aa  286  5.999999999999999e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0550  tRNA-guanine transglycosylase, various specificities  37.73 
 
 		 1062 aa  285  1.0000000000000001e-75  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1424  major facilitator family transporter  33.85 
 
 		 537 aa  285  1.0000000000000001e-75  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000410629  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3817  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.28 
 
 		 697 aa  284  2.0000000000000002e-75  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00137036  normal  0.060926 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0306  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.04 
 
 		 555 aa  284  3.0000000000000004e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.509937  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6564  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.01 
 
 		 526 aa  283  5.000000000000001e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.569718  normal  0.0165949 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1036  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.42 
 
 		 672 aa  281  2e-74  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0763  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.93 
 
 		 641 aa  281  3e-74  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1015  EmrB/QacA family drug resistance transporter  32.55 
 
 		 561 aa  280  3e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4163  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.4 
 
 		 676 aa  280  3e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3285  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.06 
 
 		 501 aa  280  6e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.791434 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0241  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.33 
 
 		 523 aa  279  7e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.232516  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4300  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  36.14 
 
 		 504 aa  278  1e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4024  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  32.79 
 
 		 562 aa  278  2e-73  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.736768  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2480  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.75 
 
 		 504 aa  277  3e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4479  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.67 
 
 		 505 aa  277  3e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1157  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.5 
 
 		 504 aa  277  3e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.153598  normal  0.545064 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4024  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.35 
 
 		 509 aa  277  3e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.179138  normal  0.623334 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1016  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.31 
 
 		 504 aa  276  6e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.80336  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5139  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  40.05 
 
 		 519 aa  276  6e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.306727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3042  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.31 
 
 		 685 aa  276  6e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.141693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0550  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.31 
 
 		 504 aa  276  6e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.976745  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1299  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.31 
 
 		 504 aa  276  7e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.144452  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1465  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.69 
 
 		 504 aa  276  7e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3702  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.5 
 
 		 509 aa  276  7e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4666  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.5 
 
 		 509 aa  276  7e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.481677  normal  0.435005 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0279  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.31 
 
 		 504 aa  276  7e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.2584  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3321  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.42 
 
 		 650 aa  276  9e-73  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.157992  normal  0.0742968 
 
 
-
 
NC_003296  RS05301  integral membrane transmembrane protein  39.96 
 
 		 520 aa  276  9e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4672  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.01 
 
 		 593 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.349364  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2318  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.77 
 
 		 678 aa  275  2.0000000000000002e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08840  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.34 
 
 		 592 aa  274  3e-72  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1356  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.09 
 
 		 504 aa  274  3e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.991135  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0295  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.92 
 
 		 565 aa  274  3e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5634  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.08 
 
 		 504 aa  274  3e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.327669 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2533  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.09 
 
 		 519 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0614  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.98 
 
 		 607 aa  273  6e-72  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0043  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.64 
 
 		 504 aa  273  7e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.258133  normal  0.869121 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1278  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.87 
 
 		 504 aa  272  1e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2786  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.69 
 
 		 682 aa  271  2e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4004  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.57 
 
 		 498 aa  271  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.074494 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2756  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.69 
 
 		 682 aa  271  2e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4090  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.32 
 
 		 523 aa  271  2e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.588022  normal  0.0353646 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2800  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.69 
 
 		 682 aa  271  2e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.375758  normal  0.713659 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0717  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.47 
 
 		 558 aa  270  4e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.770491 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8653  Arabinose efflux permease-like protein  35.39 
 
 		 666 aa  270  4e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4512  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.13 
 
 		 504 aa  267  4e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4056  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.08 
 
 		 509 aa  266  7e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.010273  normal  0.647251 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4278  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.87 
 
 		 685 aa  266  8.999999999999999e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00129972  normal  0.114111 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2050  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.01 
 
 		 516 aa  265  1e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.851205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5086  major facilitator transporter  38.55 
 
 		 529 aa  265  1e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0190759  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0210  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.59 
 
 		 592 aa  265  2e-69  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.852197 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2369  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  33.67 
 
 		 555 aa  263  4e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.528601  normal  0.618021 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3829  EmrB/QacA family drug resistance transporter  31.55 
 
 		 513 aa  263  4.999999999999999e-69  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000236934  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5285  major facilitator superfamily MFS_1  34.57 
 
 		 491 aa  262  1e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1779  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  35.07 
 
 		 520 aa  262  1e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.38448  unclonable  0.00000000116602 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4051  EmrB/QacA family drug resistance transporter  31.85 
 
 		 513 aa  261  2e-68  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000130909  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4122  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  31.85 
 
 		 513 aa  261  2e-68  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000107671  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2747  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.74 
 
 		 500 aa  261  3e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0237  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.06 
 
 		 621 aa  260  4e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1134  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  31.85 
 
 		 513 aa  259  6e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000000214385  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3910  EmrB/QacA family drug resistance transporter  31.85 
 
 		 513 aa  259  8e-68  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000020213  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19560  arabinose efflux permease family protein  35.88 
 
 		 552 aa  259  8e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.301888  normal  0.424094 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4216  EmrB/QacA family drug resistance transporter  31.85 
 
 		 513 aa  259  8e-68  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000209346  n/a   
 
 
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NC_011773  BCAH820_4018  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  31.85 
 
 		 513 aa  259  9e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_006274  BCZK3758  multidrug-efflux transporter  31.85 
 
 		 513 aa  259  9e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000783495  n/a   
 
 
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NC_010676  Bphyt_4890  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.16 
 
 		 513 aa  259  9e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0326454  normal  0.212856 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3742  multidrug-efflux transporter  31.85 
 
 		 513 aa  259  1e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000625397  n/a   
 
 
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NC_014212  Mesil_0740  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.77 
 
 		 615 aa  258  2e-67  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.0000446229  decreased coverage  0.00171071 
 
 
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NC_011725  BCB4264_A4105  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  32.29 
 
 		 513 aa  258  2e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00176585  n/a   
 
 
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NC_013595  Sros_1258  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.56 
 
 		 485 aa  257  3e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.645684 
 
 
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NC_013510  Tcur_4394  major facilitator superfamily MFS_1  36.6 
 
 		 538 aa  258  3e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.497016  n/a   
 
 
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NC_010623  Bphy_3357  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.17 
 
 		 505 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000299723 
 
 
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NC_007333  Tfu_2988  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.96 
 
 		 514 aa  255  2.0000000000000002e-66  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009523  RoseRS_2504  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.26 
 
 		 501 aa  254  4.0000000000000004e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300835 
 
 
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