More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0005 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0005  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 		 584 aa  1206    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3353  amidohydrolase 3  54.17 
 
 		 583 aa  637    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.742336  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0597  twin-arginine translocation pathway signal sequence domain-containing protein  50.68 
 
 		 575 aa  625  1e-178  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0635  twin-arginine translocation pathway signal sequence domain-containing protein  50.34 
 
 		 575 aa  622  1e-177  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3458  hypothetical protein  39.9 
 
 		 601 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.55725  normal  0.0698709 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0742  amidohydrolase 3  40.47 
 
 		 536 aa  358  9.999999999999999e-98  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.838024  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0736  amidohydrolase 3  40.47 
 
 		 536 aa  358  9.999999999999999e-98  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0656369  normal  0.367651 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0756  amidohydrolase 3  40.47 
 
 		 536 aa  358  9.999999999999999e-98  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.398429  normal  0.248868 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10562  hypothetical protein  39.48 
 
 		 537 aa  342  2e-92  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.036236 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4231  Amidohydrolase 3  33.39 
 
 		 626 aa  285  1.0000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3333  amidohydrolase 3  35.48 
 
 		 538 aa  273  9e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.827227 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1737  Amidohydrolase 3  34.69 
 
 		 618 aa  262  1e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.493619  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4036  amidohydrolase 3  31.49 
 
 		 601 aa  256  7e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1124  amidohydrolase 3  33.46 
 
 		 625 aa  255  2.0000000000000002e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1793  hypothetical protein  34.31 
 
 		 539 aa  252  1e-65  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2102  amidohydrolase 3  30.5 
 
 		 928 aa  250  4e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6181  putative amidohydrolase  33.64 
 
 		 542 aa  248  3e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0743865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0420  amidohydrolase-like  31.51 
 
 		 581 aa  244  3.9999999999999997e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4035  Amidohydrolase 3  31.97 
 
 		 556 aa  244  3.9999999999999997e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.787006  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1040  amidohydrolase 3  32.08 
 
 		 590 aa  243  9e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.80433  normal  0.260287 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0100  hypothetical protein  31.07 
 
 		 604 aa  242  1e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1491  Amidohydrolase 3  33.52 
 
 		 537 aa  240  5e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0764832 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5666  amidohydrolase 3  32.8 
 
 		 554 aa  239  1e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.498872  normal  0.0259745 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3788  amidohydrolase 3  31.73 
 
 		 543 aa  238  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2366  Amidohydrolase 3  32.48 
 
 		 553 aa  237  5.0000000000000005e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.662277  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3171  amidohydrolase 3  30.58 
 
 		 539 aa  237  5.0000000000000005e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0760  amidohydrolase 3  30.65 
 
 		 592 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0803  Amidohydrolase 3  28.72 
 
 		 564 aa  234  3e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.379476 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4295  amidohydrolase 3  33.39 
 
 		 557 aa  234  3e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4359  Amidohydrolase 3  31.11 
 
 		 552 aa  232  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.747715 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3462  amidohydrolase 3  32.59 
 
 		 650 aa  231  2e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1904  Amidohydrolase 3  29.46 
 
 		 520 aa  231  4e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4051  amidohydrolase 3  32.14 
 
 		 620 aa  228  2e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6052  amidohydrolase 3  33.94 
 
 		 555 aa  228  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.863749  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5168  amidohydrolase 3  31.99 
 
 		 541 aa  228  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.54245 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5757  amidohydrolase:amidohydrolase-like  30.63 
 
 		 547 aa  226  6e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.691063  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1950  amidohydrolase 3  32.89 
 
 		 530 aa  225  2e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0505  amidohydrolase  30.77 
 
 		 543 aa  223  8e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.122193  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7627  amidohydrolase-like  32.92 
 
 		 555 aa  223  8e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.137819 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004324  metal-dependent hydrolase  29.28 
 
 		 581 aa  223  9.999999999999999e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0108  Amidohydrolase 3  32.48 
 
 		 547 aa  222  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.134206  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4766  amidohydrolase 3  32.37 
 
 		 545 aa  221  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1321  Amidohydrolase 3  32.68 
 
 		 532 aa  219  1e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000608926 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3250  amidohydrolase 3  32.23 
 
 		 542 aa  218  2e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.383305  normal  0.632693 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1013  Amidohydrolase 3  33.45 
 
 		 548 aa  218  2.9999999999999998e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.668342  normal  0.733638 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3404  Amidohydrolase 3  31.34 
 
 		 586 aa  218  2.9999999999999998e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000897209  hitchhiker  0.00001315 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1988  amidohydrolase 3  33.15 
 
 		 535 aa  217  4e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.118371  normal  0.562077 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1885  Amidohydrolase 3  29.87 
 
 		 587 aa  217  5e-55  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.5166  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3443  amidohydrolase 3  30.85 
 
 		 556 aa  217  5.9999999999999996e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.6586 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3329  amidohydrolase 3  32.57 
 
 		 583 aa  216  7e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.842  normal  0.159954 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3380  amidohydrolase 3  32.57 
 
 		 583 aa  216  7e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.121577 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1541  putative amidohydrolase 3  32.43 
 
 		 648 aa  216  8e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.260198  normal  0.229672 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2185  Amidohydrolase 3  29.67 
 
 		 563 aa  216  9.999999999999999e-55  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3053  amidohydrolase family  28.1 
 
 		 574 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1054  amidohydrolase-like  31.87 
 
 		 576 aa  215  1.9999999999999998e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.655132  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3832  amidohydrolase 3  31.58 
 
 		 556 aa  214  2.9999999999999995e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.988411 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2059  amidohydrolase 3  31.72 
 
 		 569 aa  214  2.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0715  amidohydrolase 3  30.58 
 
 		 564 aa  214  4.9999999999999996e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.993176  decreased coverage  0.000630389 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0134  amidohydrolase-like  31.68 
 
 		 547 aa  213  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.900918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1859  amidohydrolase 3  32.52 
 
 		 549 aa  212  1e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.909827 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2930  amidohydrolase 3  30.94 
 
 		 606 aa  212  1e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.143401 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1214  Amidohydrolase 3  31.1 
 
 		 527 aa  212  1e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2329  Amidohydrolase 3  30.06 
 
 		 530 aa  211  3e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.108595 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1985  amidohydrolase 3  31.96 
 
 		 554 aa  211  4e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3663  Amidohydrolase 3  29.08 
 
 		 613 aa  209  1e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.815309  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4287  amidohydrolase 3  31.17 
 
 		 544 aa  209  1e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.275898  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2637  Amidohydrolase 3  29.24 
 
 		 533 aa  209  1e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3318  twin-arginine translocation pathway signal  32.14 
 
 		 543 aa  207  4e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.5989  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3513  Amidohydrolase 3  29.03 
 
 		 608 aa  206  9e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3417  Amidohydrolase 3  30.83 
 
 		 545 aa  206  1e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.151731 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2075  putative lipoprotein  28.89 
 
 		 585 aa  205  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.860152  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7493  amidohydrolase family  31.67 
 
 		 564 aa  205  2e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0605616  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1551  amidohydrolase 3  30.64 
 
 		 542 aa  204  3e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.56072  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1362  Amidohydrolase 3  30.55 
 
 		 569 aa  202  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6024  putative amidohydrolase  31.83 
 
 		 537 aa  202  9.999999999999999e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.148196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2427  amidohydrolase 3  31.79 
 
 		 543 aa  201  3e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0799616  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1018  amidohydrolase-like  29.01 
 
 		 541 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.121748 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0927  amidohydrolase 3  28.96 
 
 		 582 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4281  Amidohydrolase 3  31.18 
 
 		 601 aa  200  5e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.240414  normal  0.834979 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2426  amidohydrolase 3  31.37 
 
 		 549 aa  198  2.0000000000000003e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0987019 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4653  putative metal-dependent amidohydrolase with the TIM-barrel fold  30.66 
 
 		 560 aa  197  4.0000000000000005e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.707824  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1172  hypothetical protein  28.5 
 
 		 560 aa  197  5.000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0178452  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3242  amidohydrolase 3  30.52 
 
 		 573 aa  197  5.000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.077662  normal  0.0113117 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0970  Amidohydrolase 3  28.26 
 
 		 616 aa  197  6e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.31521  hitchhiker  0.000183819 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2586  amidohydrolase 3  31.78 
 
 		 537 aa  196  8.000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0687512  normal  0.83708 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2765  amidohydrolase  32.03 
 
 		 543 aa  196  1e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.270794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2885  amidohydrolase 3  32.55 
 
 		 569 aa  195  2e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00571861  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1096  Amidohydrolase 3  32.73 
 
 		 525 aa  194  3e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3243  amidohydrolase 3  29.59 
 
 		 573 aa  194  4e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.262757  normal  0.0106893 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3052  amidohydrolase 3  31.04 
 
 		 546 aa  193  7e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.35545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3245  amidohydrolase 3  30.31 
 
 		 569 aa  193  7e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00990212 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1290  Amidohydrolase 3  29.87 
 
 		 603 aa  193  7e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0346185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4740  amidohydrolase 3  28.08 
 
 		 589 aa  193  7e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.185447 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1068  Amidohydrolase 3  29.98 
 
 		 563 aa  191  2.9999999999999997e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.185986 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1072  Amidohydrolase 3  27.22 
 
 		 505 aa  191  2.9999999999999997e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.185661  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3625  amidohydrolase 3  32.53 
 
 		 556 aa  191  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.433177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3185  amidohydrolase 3  28.07 
 
 		 560 aa  189  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.214251  normal  0.510937 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0751  amidohydrolase 3  29.41 
 
 		 575 aa  189  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.696305 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1934  Amidohydrolase 3  27.27 
 
 		 557 aa  187  3e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2780  amidohydrolase  29.93 
 
 		 576 aa  187  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>