40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_R0049 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_R0049  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  4.00511e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0035  tRNA-Val  88.57 
 
 
77 bp  75.8  1e-12  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t24  tRNA-Val  90.16 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0049  tRNA-Val  86.84 
 
 
75 bp  65.9  1e-09  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.890961 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0043  tRNA-Val  93.18 
 
 
72 bp  63.9  5e-09  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0028  tRNA-Val  88.68 
 
 
77 bp  58  3e-07  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0015  tRNA-Val  96.97 
 
 
77 bp  58  3e-07  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15450  tRNA-Val  92.5 
 
 
77 bp  56  1e-06  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0490498  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0023  tRNA-Ile  84.21 
 
 
77 bp  56  1e-06  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0208908  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_R0008  tRNA-Met  85.33 
 
 
75 bp  54  5e-06  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04040  tRNA-Val  86.21 
 
 
77 bp  52  2e-05  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0051  tRNA-Val  85.25 
 
 
74 bp  50.1  8e-05  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  1.48873e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0051  tRNA-Ile  93.94 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.094292  normal  0.53316 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0385  tRNA-Ile  93.94 
 
 
79 bp  50.1  8e-05  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.900506  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3083  tRNA-Ile  93.94 
 
 
79 bp  50.1  8e-05  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0035  tRNA-Val  93.94 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00123613  unclonable  2.27981e-08 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0019  tRNA-Ile  84.06 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0039  tRNA-Ile  84.06 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000868167  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0010  tRNA-Ile  93.94 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.448229  hitchhiker  0.009241 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0021  tRNA-Val  100 
 
 
72 bp  50.1  8e-05  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0012  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0034  tRNA-Val  86.79 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0899378  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0052  tRNA-Ile  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0029428  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0047  tRNA-Ile  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.026073  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0004  tRNA-Ile  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  9.39428e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0009  tRNA-Ile  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0767985  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0004  tRNA-Ile  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0033  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.35872e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0486  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.212105  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0037  tRNA-Ile  86.44 
 
 
78 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0012  tRNA-Ile  86.44 
 
 
78 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0038  tRNA-Ile  86.44 
 
 
78 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0013  tRNA-Ile  86.44 
 
 
78 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.420579  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0013  tRNA-Ile  86.44 
 
 
78 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0038  tRNA-Ile  86.44 
 
 
78 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0064  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00167035  normal  0.614853 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0016  tRNA-Ile  93.33 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  2.85507e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0027  tRNA-Ile  93.33 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0032  tRNA-Ile  93.33 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0214663  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0026  tRNA-Val  89.47 
 
 
72 bp  44.1  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.142579 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>