168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_R0044 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_R0044  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0013  tRNA-Ala  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00398337 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0039  tRNA-Ala  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.575536  normal  0.4318 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0047  tRNA-Ala  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.739018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0025  tRNA-Ala  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0062  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.370539 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0023  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0089  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0023  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.756244  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0088  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0012  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0013  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0080  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.755627  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0079  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520494  normal  0.417103 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0318084  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0010  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0605022 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0019  tRNA-Ala  87.3 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0477959 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0046  tRNA-Ala  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00198134  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0044  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0020  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0048  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.544704  hitchhiker  0.00053111 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0056  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0061  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0021  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.984556  normal  0.270863 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0050  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200036 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0058  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0063  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0016  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.262033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0057  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.185628  hitchhiker  0.000293533 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0062  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0469123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0067  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000523585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0072  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.064194  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0057  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.117051  hitchhiker  0.00489854 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07693  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0038  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0041  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.239536  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0025  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.678312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0994  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0502689  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4330  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0047  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_R0011  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.592094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna15  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.888051  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0037  tRNA-Ala  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000412611  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0069  tRNA-Ala  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0035  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0036  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0004  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0011  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0613646 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0016  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000104891  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0048  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0024  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.746229  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0044  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000237327  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0022  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0039  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0043  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0640693  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0038  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000224976  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0001  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna17  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0040  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.207175  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0002  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0028  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.148209  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0012  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.569258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_R0012  tRNA-Val  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.423329  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15520  tRNA-Gly  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00156661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAAlaVIMSS1309124  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.127335  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_16771  hypothetical protein  100 
 
 		 120 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.147868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0014  tRNA-Val  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15490  tRNA-Gly  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0014086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0004  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.892843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0041  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.312045 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0022  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.734931  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0023  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000859824  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0002  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.157867  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0002  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0023  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000017569  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Val-2  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.57043  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0041  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0051  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.32667 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0018  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0605541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0037  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00519956  normal  0.826758 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0002  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0063  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0048  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0971605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0002  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.22367  normal  0.0175054 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0002  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.534142 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1735  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00000539085  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1739  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000050357  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0031  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0002  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.353187  normal  0.0609648 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_R0005  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0804752  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0003  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0411773  normal  0.562233 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0008  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.532547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2218  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2260  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.177016  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_R0042  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.123264  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0027  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.877101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0061  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.842258  normal  0.752535 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0021  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0015  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>