299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_R0042 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_R0042  tRNA-Met  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.873086  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0045  tRNA-Met  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  92.75 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  91.18 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0030  tRNA-Met  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  89.19 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  90.91 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  90.62 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0046  tRNA-Arg  89.71 
 
 
73 bp  79.8  0.00000000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.837705  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0005  tRNA-Met  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.245348 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0031  tRNA-Arg  89.71 
 
 
73 bp  79.8  0.00000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0029  tRNA-Met  88 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  89.86 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0022  tRNA-Met  91.8 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.09062 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0045  tRNA-Met  89.47 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_R0078  tRNA-Met  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.105047  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0036  tRNA-Met  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.572801  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  89.55 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_R0078  tRNA-Met  87.14 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0983896 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0026  tRNA-Met  87.84 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0211929  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0013  tRNA-Met  86.96 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0001  tRNA-Met  89.47 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.103849  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna2  tRNA-Met  86.96 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.119286  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0043  tRNA-Met  92.45 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.259921  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0076  tRNA-Met  86.96 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.607006 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2383  tRNA-Met  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Met-1  tRNA-Met  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0832  tRNA-Met  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0622  tRNA-Met  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0032  tRNA-Met  89.29 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.094935  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  88.33 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0003  tRNA-Met  89.29 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0886266 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0020  tRNA-Arg  86.76 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0817304 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0374  tRNA-Met  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2524  tRNA-Met  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1521  tRNA-Met  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1714  tRNA-Met  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.199477  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0008  tRNA-Lys  89.09 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.054171  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0037  tRNA-Met  89.83 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0007  tRNA-Met  86.57 
 
 
73 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.849736  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  88.06 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16830  tRNA-Met  92.16 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  86.49 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0044  tRNA-Arg  97.06 
 
 
72 bp  60  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0062  tRNA-Lys  91.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  86.36 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0041  tRNA-Met  90 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0102912  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1376  tRNA-Met  95.24 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11950  tRNA-Met  92 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0612113  normal  0.0857463 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0021  tRNA-Met  90.57 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.213808  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  86.96 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  86.96 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0008  tRNA-Met  85.51 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.745239  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  86.96 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  86.11 
 
 
77 bp  56  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0029  tRNA-Met  96.88 
 
 
77 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00945673 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0033  tRNA-Arg  85.29 
 
 
76 bp  56  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000397698  normal  0.298215 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0001  tRNA-Met  100 
 
 
76 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.220439  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0020  tRNA-Met  96.88 
 
 
76 bp  56  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.929177  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0062  tRNA-Met  100 
 
 
76 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0374221  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  96.88 
 
 
77 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0018  tRNA-Met  100 
 
 
76 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.69443  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  86.67 
 
 
77 bp  56  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0018  tRNA-Met  94.44 
 
 
75 bp  56  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Met-3  tRNA-Met  96.77 
 
 
73 bp  54  0.000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  86.57 
 
 
74 bp  54  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  54  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0024  tRNA-Met  87.27 
 
 
73 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000288853 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0020  tRNA-Arg  96.77 
 
 
76 bp  54  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0046  tRNA-Met  94.29 
 
 
76 bp  54  0.000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0021  tRNA-Lys  87.27 
 
 
76 bp  54  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.13563  hitchhiker  0.00625278 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0056  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_R0017  tRNA-Met  96.77 
 
 
78 bp  54  0.000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.0000739472  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0042  tRNA-Met  94.29 
 
 
73 bp  54  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0006  tRNA-Lys  87.27 
 
 
76 bp  54  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.736835  normal  0.711036 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  96.77 
 
 
77 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  89.36 
 
 
74 bp  54  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0007  tRNA-Met  100 
 
 
79 bp  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0046  tRNA-Arg  84.85 
 
 
73 bp  52  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.979271  normal  0.882438 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R20  tRNA-Thr  86.21 
 
 
76 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180694  normal  0.11895 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0060  tRNA-Met  100 
 
 
79 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000113693  hitchhiker  0.00181269 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0044  tRNA-Met  100 
 
 
79 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00354252  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0017  tRNA-Arg  84.85 
 
 
73 bp  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0001  tRNA-Arg  83.78 
 
 
76 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00219476  hitchhiker  0.0000103826 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0044  tRNA-Arg  84.85 
 
 
73 bp  52  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.959306  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0035  tRNA-Lys  87.04 
 
 
76 bp  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.292449  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14024  tRNA-Met  90.48 
 
 
74 bp  52  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0022  tRNA-Tyr  96.67 
 
 
86 bp  52  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0256241  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>