151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_R0040 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_R0040  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0008  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  115  1.0000000000000001e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.594698  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309286  tRNA-Ala  98.28 
 
 		 73 bp  107  4e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0564631 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0002  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0002  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0043  tRNA-Ala  98.04 
 
 		 73 bp  93.7  5e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0043  tRNA-Ala  98.04 
 
 		 73 bp  93.7  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.734011 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0055  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0012  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.000301607  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.05432  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0031  tRNA-Ala  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0170329  normal  0.236609 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1441  tRNA-Ala  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000019523  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0010  tRNA-Ala  89.55 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0964882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0011  tRNA-Ala  89.55 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0048  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0057  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0013  tRNA-Val  93.88 
 
 		 69 bp  73.8  0.000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.160269  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0007  tRNA-Ala  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.110552  normal  0.490785 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0053  tRNA-Ala  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000600525 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0068  tRNA-Ala  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.781599  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0027  tRNA-Ala  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.987879  normal  0.104292 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0034  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.884899  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0011  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0613646 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0031  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0057  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.328689 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0039  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0063  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0044  tRNA-Ala  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1816  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0066  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0023  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.592453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0024  tRNA-Ala  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.746229  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0016  tRNA-Ala  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00130891  unclonable  0.0000000248752 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0018  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000012168  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0050  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00215399  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0002  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.534142 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0003  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0411773  normal  0.562233 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14002  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0028  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.408156  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0003  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10591  normal  0.264536 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0010  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0605022 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0028  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.139647  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0877    96.77 
 
 		 294 bp  54  0.000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0002  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0002  tRNA-Ala  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.353187  normal  0.0609648 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.263748  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0024  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000188635  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t27  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0120151  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0010  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0019  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000122889  normal  0.598483 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0002  tRNA-Ala  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0063  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0055  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.105758  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0002  tRNA-Ala  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.22367  normal  0.0175054 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18170  tRNA-Ala  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.251001  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0003  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000742572  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1359  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0068  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.240621  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15520  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00156661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15490  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0014086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0029  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0034  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.151795  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0043  tRNA-Ala  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0064  tRNA-Ala  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0030  tRNA-Ala  85 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11600  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.589046 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0065  tRNA-Ala  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0016  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000587124  normal  0.11774 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0027  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000535173  decreased coverage  0.000361063 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19780  tRNA-Ala  85 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0022  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0072  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.665456  hitchhiker  0.000486615 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0043  tRNA-Ala  85 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0023  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.756244  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0023  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0029  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.978783  normal  0.786802 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0057  tRNA-Ala  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.117051  hitchhiker  0.00489854 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0031  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.488566  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0054  tRNA-Ala  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127331  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.177438  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0020  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0048  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.544704  hitchhiker  0.00053111 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0016  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0021  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.984556  normal  0.270863 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0050  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200036 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0058  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0063  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0014  tRNA-Ala  83.58 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000564752  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0005  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0016  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.262033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0057  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.185628  hitchhiker  0.000293533 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0062  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0469123  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10290  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10200  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.24537  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>