161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_R0036 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_R0036  tRNA-His  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.0000713799  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0034  tRNA-His  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0011  tRNA-His  96.72 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0041  tRNA-His  96.72 
 
 		 74 bp  105  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0113138  normal  0.890079 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0028  tRNA-His  96.72 
 
 		 74 bp  105  1e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.252923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0044  tRNA-His  96.72 
 
 		 74 bp  105  1e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000342103  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0021  tRNA-His  96.72 
 
 		 74 bp  105  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000077385  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0045  tRNA-His  95.08 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000161818  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t38  tRNA-His  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100556  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0049  tRNA-His  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000343908  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0027  tRNA-His  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000752575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0082  tRNA-His  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000305827  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0016  tRNA-His  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0319079  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0024  tRNA-His  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.62576e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0006  tRNA-His  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000105262  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0029  tRNA-His  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.499357  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0052  tRNA-His  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0296253  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0022  tRNA-His  91.3 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06590  tRNA-His  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.435394 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0022  tRNA-His  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-His-1  tRNA-His  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00107575  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_831  tRNA-His  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000011255  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0060  tRNA-His  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0027  tRNA-His  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0035  tRNA-Asp  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000103036  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0062  tRNA-Asp  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000079557  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0033  tRNA-His  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184442  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0023  tRNA-His  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.794961  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0017  tRNA-His  88.24 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000374304  hitchhiker  0.000000156779 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0047  tRNA-His  87.93 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.627276  normal  0.0396091 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0067  tRNA-Val  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000631396  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0068  tRNA-Val  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000545577  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0010  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.239466  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0015  tRNA-His  85.51 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0051  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.959203 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0040  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.22275  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14170  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0082  tRNA-His  90.91 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0050  tRNA-His  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0023  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000591513  hitchhiker  0.0000000000000043689 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17540  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.164886  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0021  tRNA-His  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.730448  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0002  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0041  tRNA-His  86.27 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0037  tRNA-His  86.27 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.740745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0005  tRNA-His  91.43 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000112235  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0040  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0042  tRNA-His  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0040  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.491584  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0035  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1610  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t003  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t064  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0011  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0021  tRNA-His  86.21 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.203803 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0045  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000457584  normal  0.0314224 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0045  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00194013  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0118  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000845195  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0041  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0015  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.956741  normal  0.235739 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0036  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.912426  normal  0.0318611 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0008  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.143037  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0003  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00141383  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0010  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0680971  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0018  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0178227  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0072  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00892637  normal  0.130437 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0005  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000734395  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13674  tRNA-His  100 
 
 		 70 bp  44.1  0.004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0073  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.618922  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0074  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.593802  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0127  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000330359  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0051  tRNA-His  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000083549  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0010  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.678705 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0070  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000447214  normal  0.107395 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0135  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000335927  normal  0.0144188 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0024  tRNA-His  86.21 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0066  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.603715  normal  0.0472692 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0007  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0011  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.519438 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0002  tRNA-His  86.21 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.07426 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0294  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1764  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.366542  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0009  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0154814  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0072  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0761618  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0137  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000306582  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0007  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0007  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000911687  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0081  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000962065  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2088  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.475154  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1560  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.443408  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2248  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2225  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.357259  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0011  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0129022  hitchhiker  0.000473278 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0051  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00698245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0157  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.131945  hitchhiker  0.00000102805 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0008  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0770657  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0036  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0271306  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0175  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0770081  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_R0037  tRNA-OTHER  100 
 
 		 115 bp  44.1  0.004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.390119  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0008  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0314854  hitchhiker  0.00756038 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>