More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_R0026 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_R0026  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000289673  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0008  tRNA-Trp  94.59 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0009  tRNA-Trp  94.59 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31538  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0008  tRNA-Trp  94.59 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0016  tRNA-Trp  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0666862  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0052  tRNA-Trp  95.59 
 
 		 73 bp  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14008  tRNA-Trp  95.59 
 
 		 73 bp  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.030718 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0019  tRNA-Trp  95.59 
 
 		 73 bp  111  2.0000000000000002e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0012  tRNA-Trp  95.59 
 
 		 73 bp  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.381785 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0009  tRNA-Trp  98.28 
 
 		 73 bp  107  4e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0071  tRNA-Trp  95.31 
 
 		 73 bp  103  6e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0050  tRNA-Trp  96.55 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0051  tRNA-Trp  96.55 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0052  tRNA-Trp  96.55 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0042  tRNA-Trp  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.264389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0028  tRNA-Trp  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03610  tRNA-Trp  94.83 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0054  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0194345 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0017  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.735607  decreased coverage  0.0025473 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0046  tRNA-Trp  91.18 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0017  tRNA-Trp  91.18 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0043  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17320  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0018  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.954485  decreased coverage  0.00256285 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0056  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29900  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.587989 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0045  tRNA-Trp  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.134628  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  94.34 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  94.34 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0011  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.998721  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  94.34 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0066  tRNA-Trp  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24010  tRNA-Trp  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.234408  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0823  tRNA-Trp  94.23 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0144883  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0017  tRNA-Trp  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60050  tRNA-Trp  94.23 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08690  tRNA-Trp  94.23 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000355239  hitchhiker  0.00161168 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0064  tRNA-Trp  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.829454  normal  0.0150036 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0023  tRNA-Trp  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112621  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0044  tRNA-Trp  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000172694  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0005  tRNA-Trp  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0047  tRNA-Trp  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000613865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0006  tRNA-Trp  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0007  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000385083  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0014  tRNA-Trp  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00024389  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0057  tRNA-Trp  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00401705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0054  tRNA-Trp  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0028  tRNA-Trp  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.467787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0060  tRNA-Trp  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0017  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000751689  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t013  tRNA-Trp  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt07  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt07  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0005  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0024    90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.895934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0028  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00207734  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0041  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000135677  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0106  tRNA-Trp  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.375874  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0026  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.920402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0130  tRNA-Trp  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.108428  hitchhiker  0.00406594 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0029  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0013  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000203485  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0054  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0023  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0121  tRNA-Trp  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000153016  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0040  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0487601  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0031  tRNA-Trp  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0032  tRNA-Trp  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.648314  normal  0.932016 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0101  tRNA-Trp  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0001896  normal  0.0160972 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0007  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000145435  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0030  tRNA-Trp  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.327508  normal  0.923325 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0053  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000643655  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0006  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0868408  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0113  tRNA-Trp  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0422602  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0107  tRNA-Trp  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000447975  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0037  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.513006  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t097  tRNA-Trp  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000384434  normal  0.0126807 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0012  tRNA-Trp  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000390892  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0078  tRNA-Trp  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0012  tRNA-Trp  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000299257  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0045  tRNA-Trp  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00113684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0045  tRNA-Trp  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000437445  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0046  tRNA-Trp  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0047  tRNA-Trp  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0072652  decreased coverage  0.00838785 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0028  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.730182  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0019  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0805643  normal  0.168241 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>