281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2812 on replicon NC_013502
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 347 aa  701    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  44.44 
 
 		 342 aa  258  1e-67  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2853  helix-turn-helix domain protein  40.29 
 
 		 355 aa  231  2e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  45.35 
 
 		 349 aa  226  6e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  38.26 
 
 		 367 aa  216  5e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  37.97 
 
 		 367 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  38.55 
 
 		 367 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2629  helix-turn-helix domain protein  39.17 
 
 		 359 aa  207  2e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000486694  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4039  helix-turn-helix domain-containing protein  36.95 
 
 		 356 aa  182  7e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  37.98 
 
 		 352 aa  179  5.999999999999999e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  36.31 
 
 		 347 aa  172  6.999999999999999e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2790  helix-turn-helix domain protein  38.46 
 
 		 393 aa  157  2e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.783266 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0018  helix-turn-helix domain protein  32 
 
 		 347 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0104  helix-turn-helix domain-containing protein  31.93 
 
 		 372 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0634562  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2694  protein of unknown function DUF955  33.55 
 
 		 360 aa  132  6e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00279069  normal  0.0238985 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  32.17 
 
 		 346 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2984  helix-turn-helix domain protein  27.68 
 
 		 348 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0858456  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2224  protein of unknown function DUF955  28.61 
 
 		 399 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000122328  unclonable  0.000000000370902 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  32.21 
 
 		 366 aa  122  9.999999999999999e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  30.72 
 
 		 359 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1489  hypothetical protein  30.67 
 
 		 365 aa  119  6e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0715409  decreased coverage  0.000118566 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3570  hypothetical protein  31.75 
 
 		 372 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.854766  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3955  hypothetical protein  28.66 
 
 		 400 aa  115  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  30.32 
 
 		 376 aa  113  5e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3160  protein of unknown function DUF955  31.55 
 
 		 404 aa  111  1.0000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.208418  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1622  putative DNA-binding protein  30.16 
 
 		 352 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.139864  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0062  hypothetical protein  30.63 
 
 		 394 aa  108  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4169  helix-turn-helix domain protein  28.11 
 
 		 363 aa  107  3e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00295679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  29.07 
 
 		 356 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  0.0000000020389 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  29.94 
 
 		 355 aa  104  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645952  unclonable  0.000000776593 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0188  hypothetical protein  29.51 
 
 		 383 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138963  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3835  protein of unknown function DUF955  30.75 
 
 		 370 aa  102  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4968  helix-turn-helix domain-containing protein  36.27 
 
 		 372 aa  102  1e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0119707 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2168  protein of unknown function DUF955  27.02 
 
 		 386 aa  100  3e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1331  protein of unknown function DUF955  28.75 
 
 		 401 aa  98.2  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  0.000000000196734  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1350  hypothetical protein  29.55 
 
 		 362 aa  97.1  4e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3355  hypothetical protein  28.13 
 
 		 354 aa  96.7  6e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.0000160143  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4600  protein of unknown function DUF955  30.06 
 
 		 350 aa  96.3  7e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4792  hypothetical protein  28.93 
 
 		 395 aa  96.3  7e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6257  helix-turn-helix domain protein  30.46 
 
 		 351 aa  91.7  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0138  hypothetical protein  25 
 
 		 391 aa  90.9  3e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.217596  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0133  hypothetical protein  25 
 
 		 391 aa  90.9  3e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1625  hypothetical protein  27.67 
 
 		 366 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3665  hypothetical protein  28.88 
 
 		 372 aa  87.8  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00323542  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0095  protein of unknown function DUF955  28.38 
 
 		 273 aa  86.7  6e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3976  hypothetical protein  28.12 
 
 		 355 aa  84.7  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14662  normal  0.346708 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  27.61 
 
 		 357 aa  82  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000210124  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1107  helix-turn-helix domain protein  26.79 
 
 		 410 aa  80.9  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0300  helix-turn-helix domain-containing protein  29.8 
 
 		 370 aa  77.8  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.193502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1806  hypothetical protein  29.75 
 
 		 370 aa  75.1  0.000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.057388 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4770  protein of unknown function DUF955  25.95 
 
 		 399 aa  72.8  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.166779  hitchhiker  0.00150402 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1957  XRE family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 410 aa  72  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  23.84 
 
 		 355 aa  65.1  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1489  protein of unknown function DUF955  25.41 
 
 		 388 aa  63.9  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1934  hypothetical protein  24.76 
 
 		 386 aa  62.4  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.671247  normal  0.125283 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2981  helix-turn-helix domain-containing protein  24.38 
 
 		 387 aa  58.5  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2518  protein of unknown function DUF955  24.77 
 
 		 378 aa  57.8  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.010681 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2792  protein of unknown function DUF955  31.34 
 
 		 382 aa  57.4  0.0000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 128 aa  56.6  0.0000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000672654  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7309  protein of unknown function DUF955  28.08 
 
 		 283 aa  56.6  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  unclonable  0.00000000844609  hitchhiker  0.000028574 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1425  hypothetical protein  27 
 
 		 416 aa  56.6  0.0000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  30.11 
 
 		 105 aa  55.5  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2247  protein of unknown function DUF955  37 
 
 		 251 aa  54.7  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0026086 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3906  hypothetical protein  24.57 
 
 		 382 aa  54.3  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2140  XRE family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 196 aa  53.5  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0389  hypothetical protein  25.42 
 
 		 393 aa  53.5  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0725053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 300 aa  52  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02310  hypothetical protein  26.22 
 
 		 349 aa  52.4  0.00001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0034  zinc-related peptidase  22.18 
 
 		 377 aa  51.2  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000000203877  decreased coverage  0.0000849316 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0678  hypothetical protein  32.17 
 
 		 156 aa  50.8  0.00003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0204911  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1588  hypothetical protein  28.1 
 
 		 390 aa  50.4  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266201  normal  0.0715353 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0265  XRE family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 400 aa  50.4  0.00005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0772  putative transcriptional regulator, XRE family  37.66 
 
 		 199 aa  50.4  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0165  hypothetical protein  42.62 
 
 		 227 aa  50.1  0.00006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  40.32 
 
 		 206 aa  49.7  0.00008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0697  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 151 aa  49.3  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 198 aa  48.9  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0398  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 244 aa  48.9  0.0001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0147  hypothetical protein  40.98 
 
 		 234 aa  48.1  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2436  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 104 aa  48.5  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0024  hypothetical protein  26.57 
 
 		 295 aa  48.1  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.199018 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1721  XRE family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 201 aa  48.1  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0678  protein of unknown function DUF955  33.77 
 
 		 147 aa  48.1  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 187 aa  48.1  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1309  hypothetical protein  26.52 
 
 		 284 aa  47.8  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.584713  normal  0.697402 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19180  predicted transcriptional regulator  30.59 
 
 		 141 aa  47.4  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.433834  normal  0.0717748 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 234 aa  47.4  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1419  transcriptional regulator, XRE family  34.72 
 
 		 178 aa  47.4  0.0004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 252 aa  47.4  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 191 aa  47.4  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  33.82 
 
 		 233 aa  47.4  0.0004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  36 
 
 		 187 aa  47.4  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 187 aa  47  0.0005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 182 aa  47  0.0005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  35 
 
 		 188 aa  47  0.0005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4414  immunity repressor protein  29.59 
 
 		 139 aa  47  0.0005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  36.07 
 
 		 233 aa  47  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 432 aa  47  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 191 aa  47  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  32.14 
 
 		 215 aa  46.6  0.0006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>