146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2296 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_2296  putative transcriptional regulator  100 
 
 
216 aa  425  1e-118  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  3.58822e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3238  putative transcriptional regulator  39.78 
 
 
211 aa  99.8  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.990793 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3726  putative transcriptional regulator  36.67 
 
 
212 aa  94  2e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.110577  hitchhiker  0.00164762 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1166  putative transcriptional regulator  35.35 
 
 
221 aa  86.7  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.582095 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0707  transcriptional regulator, TrmB  31.28 
 
 
209 aa  85.5  5e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1246  putative transcriptional regulator  28.35 
 
 
203 aa  82  7e-15  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.628425 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2493  putative transcriptional regulator  32 
 
 
211 aa  79.7  3e-14  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0117208  normal  0.769487 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5538  putative transcriptional regulator  28.87 
 
 
209 aa  78.6  7e-14  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.912326  normal  0.622551 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0303  transcriptional regulator, TrmB  30.5 
 
 
209 aa  78.2  8e-14  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.320797  normal  0.117195 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1570  putative transcriptional regulator  33.82 
 
 
219 aa  77.4  1e-13  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.417601  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001755  predicted transcriptional regulator  27.86 
 
 
206 aa  77.8  1e-13  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0263515  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0028  transcriptional regulator  28.64 
 
 
217 aa  77.4  1e-13  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.572077  normal  0.204969 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00716  hypothetical protein  30.1 
 
 
204 aa  77.8  1e-13  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3451  putative transcriptional regulator  28.5 
 
 
217 aa  77.4  2e-13  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.225926  hitchhiker  5.43336e-09 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0961  putative transcriptional regulator  30.81 
 
 
225 aa  77.4  2e-13  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.189509  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5103  transcriptional regulator, DeoR family  28.36 
 
 
210 aa  76.6  3e-13  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.411801  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4686  DeoR family transcriptional regulator  28.64 
 
 
210 aa  75.9  4e-13  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  6.45179e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3558  putative transcriptional regulator  27.86 
 
 
210 aa  75.5  5e-13  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5102  transcriptional regulator, DeoR family  28.64 
 
 
210 aa  75.5  5e-13  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5064  transcriptional regulator, DeoR family  28.14 
 
 
210 aa  75.1  8e-13  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0136  transcriptional regulator, DeoR family  27.86 
 
 
210 aa  75.1  8e-13  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.790585  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4669  DeoR family transcriptional regulator  28.14 
 
 
210 aa  75.1  8e-13  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4828  DeoR family transcriptional regulator  28.14 
 
 
210 aa  75.1  8e-13  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00756639  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3070  transcriptional regulator, TrmB  27.09 
 
 
215 aa  75.1  8e-13  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.272047 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5097  DeoR family transcriptional regulator  28.14 
 
 
210 aa  75.1  8e-13  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5193  DeoR family transcriptional regulator  28.14 
 
 
210 aa  75.1  8e-13  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.076054  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0425  putative transcriptional regulator  26.7 
 
 
219 aa  74.7  1e-12  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.973468  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0414  putative transcriptional regulator  26.7 
 
 
219 aa  74.3  1e-12  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0018  putative transcriptional regulator  29.02 
 
 
214 aa  72.8  4e-12  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1289  hypothetical protein  29.44 
 
 
253 aa  72.4  6e-12  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3788  hypothetical protein  29.02 
 
 
222 aa  72  6e-12  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4804  putative transcriptional regulator  26.7 
 
 
210 aa  72  6e-12  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  6.46734e-08 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4136  hypothetical protein  29.02 
 
 
214 aa  72  7e-12  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0030  hypothetical protein  28.93 
 
 
223 aa  70.1  2e-11  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1579  hypothetical protein  28.93 
 
 
223 aa  70.1  2e-11  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.145631  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1043  hypothetical protein  28.93 
 
 
223 aa  70.1  2e-11  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1494  hypothetical protein  28.93 
 
 
223 aa  70.1  2e-11  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1200  hypothetical protein  28.93 
 
 
223 aa  70.1  2e-11  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0108281  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1711  putative transcriptional regulator  29.33 
 
 
210 aa  70.9  2e-11  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.42173  normal  0.540015 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4781  putative transcriptional regulator  27.86 
 
 
210 aa  70.5  2e-11  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2681  putative transcriptional regulator  27.89 
 
 
223 aa  70.5  2e-11  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381379  normal  0.0939386 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1452  putative transcriptional regulator  29.02 
 
 
217 aa  70.1  2e-11  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.293298  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0384  hypothetical protein  28.93 
 
 
223 aa  70.1  2e-11  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2786  putative transcriptional regulator  27.64 
 
 
208 aa  69.7  3e-11  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.788805 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2239  hypothetical protein  27.36 
 
 
205 aa  69.3  4e-11  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0077  transcriptional regulator  28.93 
 
 
246 aa  69.3  4e-11  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.53122  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4354  transcriptional regulator  26.27 
 
 
228 aa  69.3  4e-11  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.898255 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2060  MarR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
235 aa  68.9  5e-11  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  5.47125e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2275  putative transcriptional regulator  27.64 
 
 
237 aa  67.4  1e-10  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00171437  normal  0.131971 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0091  hypothetical protein  28.08 
 
 
205 aa  67  2e-10  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3358  putative transcriptional regulator  27.4 
 
 
220 aa  67  2e-10  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0338727  normal  0.270871 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0896  putative transcriptional regulator  29.08 
 
 
207 aa  67  2e-10  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.610602 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1629  putative transcriptional regulator  27.75 
 
 
213 aa  66.2  3e-10  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.346983  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0995  hypothetical protein  26.63 
 
 
206 aa  66.2  4e-10  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4997  putative transcriptional regulator  26.57 
 
 
222 aa  65.9  4e-10  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1080  putative transcriptional regulator  27.18 
 
 
207 aa  65.5  6e-10  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0414  putative transcriptional regulator  29.33 
 
 
220 aa  65.1  8e-10  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.802259  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1011  putative transcriptional regulator  27.18 
 
 
207 aa  65.1  8e-10  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2549  transcriptional regulator  29.32 
 
 
240 aa  63.9  2e-09  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.12553  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3278  putative transcriptional regulator  26.7 
 
 
207 aa  62  6e-09  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0971152 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2382  regulatory protein ArsR  27.32 
 
 
274 aa  62  6e-09  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.307498  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4139  putative transcriptional regulator  24.77 
 
 
207 aa  62  7e-09  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.936463  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0888  putative transcriptional regulator  27.14 
 
 
211 aa  61.2  1e-08  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1733  transcriptional regulator  28.23 
 
 
214 aa  60.8  1e-08  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.86463 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1113  putative transcriptional regulator  26.21 
 
 
207 aa  60.8  1e-08  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00818822 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2063  putative transcriptional regulator  27.54 
 
 
280 aa  61.2  1e-08  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2510  putative transcriptional regulator  28.37 
 
 
236 aa  60.5  2e-08  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2106  transcriptional regulator  31.15 
 
 
225 aa  60.1  2e-08  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.317917  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1356  putative transcriptional regulator  29.9 
 
 
248 aa  60.1  3e-08  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1134  putative transcriptional regulator  27.96 
 
 
273 aa  59.7  3e-08  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.767556  normal  0.0484804 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4375  hypothetical protein  28.57 
 
 
231 aa  59.7  3e-08  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00420257  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4322  hypothetical protein  28.57 
 
 
231 aa  59.7  3e-08  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00652041  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4146  hypothetical protein  28.57 
 
 
231 aa  59.3  4e-08  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  8.36858e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4801  putative transcriptional regulator  28.02 
 
 
207 aa  59.3  4e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000472031 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4356  hypothetical protein  28.57 
 
 
231 aa  59.7  4e-08  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4265  hypothetical protein  28.57 
 
 
231 aa  59.7  4e-08  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4467  hypothetical protein  28.57 
 
 
231 aa  59.3  4e-08  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  6.48932e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0878  hypothetical protein  28.08 
 
 
231 aa  59.3  5e-08  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  8.81272e-06  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3996  hypothetical protein  28.08 
 
 
231 aa  58.9  6e-08  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  1.5426e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0435  putative transcriptional regulator  26.53 
 
 
199 aa  58.5  7e-08  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.341746  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3986  hypothetical protein  30.94 
 
 
231 aa  58.5  7e-08  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  6.18835e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2998  transcriptional regulator  26.63 
 
 
206 aa  58.2  9e-08  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00441752  normal  0.169259 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3176  transcriptional regulator  26.63 
 
 
206 aa  58.2  1e-07  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1018  putative transcriptional regulator  27.14 
 
 
210 aa  58.2  1e-07  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2819  putative transcriptional regulator  31.37 
 
 
216 aa  58.2  1e-07  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0307  putative transcriptional regulator  31.31 
 
 
201 aa  58.2  1e-07  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.519243  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1139  putative transcriptional regulator  27.45 
 
 
252 aa  57.4  1e-07  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.140272  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2284  transcriptional regulator  28.93 
 
 
214 aa  57.4  2e-07  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.123055 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03001  regulatory proteins, AsnC family protein  27.74 
 
 
215 aa  57.4  2e-07  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.764788 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2175  transcriptional regulator TrmB  27.45 
 
 
203 aa  57.4  2e-07  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.168136  normal  0.574645 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0423  transcriptional regulator  26.42 
 
 
227 aa  56.6  3e-07  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.956901  normal  0.107177 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3079  transcriptional regulator  26.13 
 
 
206 aa  56.6  3e-07  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0625169  normal  0.749503 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0915  putative transcriptional regulator  24.76 
 
 
218 aa  56.6  3e-07  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.949391 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1048  putative transcriptional regulator  24.62 
 
 
207 aa  56.2  4e-07  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4098  putative transcriptional regulator  27.94 
 
 
231 aa  56.2  4e-07  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  2.32031e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2973  putative transcriptional regulator  26.7 
 
 
231 aa  55.8  5e-07  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0709005  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2387  transcriptional regulator protein-like protein  26.54 
 
 
250 aa  55.8  5e-07  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.328356  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11488  transcriptional regulator  27.23 
 
 
268 aa  55.8  5e-07  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0037779  normal  0.99088 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13330  predicted transcriptional regulator  25.49 
 
 
238 aa  55.1  8e-07  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.763143  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2441  putative transcriptional regulator  25.82 
 
 
244 aa  55.1  9e-07  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.47008  normal  0.125946 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>