More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2254 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  100 
 
 
391 aa  781  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0715  DNA-directed DNA polymerase  34.72 
 
 
389 aa  199  6e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.402884  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1602  DNA-directed DNA polymerase  33.92 
 
 
388 aa  194  3e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.772153 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0606  DNA-directed DNA polymerase  30.33 
 
 
390 aa  177  2e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.063463  decreased coverage  0.0031746 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0587  DNA-directed DNA polymerase  31.35 
 
 
388 aa  177  3e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  31.76 
 
 
389 aa  176  4e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1778  DNA polymerase III, delta subunit, putative  32.91 
 
 
391 aa  174  2e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  31.77 
 
 
321 aa  170  3e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.00228e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6089  DNA polymerase III gamma/tau subunits-like protein  32.7 
 
 
371 aa  169  6e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0985  DNA polymerase III gamma/tau subunits-like protein  29.92 
 
 
382 aa  166  5e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1870  DNA-directed DNA polymerase  29.95 
 
 
390 aa  166  6e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  4.805e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3272  DNA polymerase III gamma/tau subunit  31.73 
 
 
372 aa  166  8e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.61 
 
 
326 aa  165  1e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.8 
 
 
331 aa  163  4e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.61 
 
 
327 aa  159  6e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0491  DNA polymerase III gamma/tau subunit  29.84 
 
 
375 aa  159  7e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.49 
 
 
320 aa  157  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  5.90012e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.96 
 
 
335 aa  158  2e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  30.03 
 
 
326 aa  156  5e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03320  putative DNA polymerase III, delta subunit  29.41 
 
 
390 aa  155  1e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.3 
 
 
329 aa  154  2e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0535  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.35 
 
 
339 aa  155  2e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.32 
 
 
323 aa  152  1e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  31.98 
 
 
339 aa  151  2e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0075  DNA polymerase III gamma/tau subunit  30.22 
 
 
382 aa  150  3e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.04 
 
 
324 aa  150  4e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.94 
 
 
322 aa  150  4e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.27 
 
 
330 aa  149  6e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.12 
 
 
358 aa  149  8e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  3.42072e-10 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0511  DNA polymerase III, delta prime subunit  31 
 
 
343 aa  149  1e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.99 
 
 
363 aa  148  2e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.44 
 
 
318 aa  147  4e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.88 
 
 
340 aa  146  6e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.15 
 
 
344 aa  146  6e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  2.88191e-06 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.43 
 
 
363 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.28 
 
 
354 aa  142  9e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1239  DNA polymerase III subunit delta'  29.74 
 
 
373 aa  142  1e-32  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0875  DNA polymerase III gamma/tau subunits-like protein  28.68 
 
 
379 aa  142  1e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0016  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.84 
 
 
559 aa  139  9e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  28.32 
 
 
320 aa  137  3e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.02 
 
 
383 aa  137  3e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2135  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.71 
 
 
737 aa  135  1e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6483  DNA-directed DNA polymerase  38.39 
 
 
298 aa  135  1e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.26 
 
 
335 aa  133  6e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_002950  PG0932  DNA polymerase III, delta prime subunit, putative  31.23 
 
 
416 aa  133  6e-30  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.1978 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.11 
 
 
370 aa  133  6e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5293  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.22 
 
 
724 aa  132  8e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1175  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.94 
 
 
520 aa  132  8e-30  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.08 
 
 
561 aa  132  9e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  1.59056e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3588  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.34 
 
 
351 aa  132  1e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0015  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.37 
 
 
589 aa  132  1e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00819086  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.01 
 
 
343 aa  129  7e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.61 
 
 
588 aa  129  9e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.5496e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.41 
 
 
320 aa  129  9e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.65 
 
 
332 aa  129  1e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.02 
 
 
320 aa  128  2e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.54633e-15 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0912  DNA polymerase III, tau subunit  29.02 
 
 
652 aa  128  2e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.850857 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1351  DNA-directed DNA polymerase  35.06 
 
 
365 aa  127  2e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.916733  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09200  hypothetical protein  29.09 
 
 
382 aa  126  8e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0621212 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1073  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.35 
 
 
553 aa  125  9e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.9 
 
 
517 aa  125  1e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2130  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.6 
 
 
427 aa  125  1e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0748227  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3422  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  26.74 
 
 
582 aa  124  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087707  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0317  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.6 
 
 
678 aa  124  2e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8400  DNA polymerase III subunit delta'  33.21 
 
 
395 aa  125  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0506  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.4 
 
 
538 aa  124  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.43 
 
 
320 aa  125  2e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0126  DNA polymerase III, subunit gamma and tau  27.04 
 
 
801 aa  125  2e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03087  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.3 
 
 
736 aa  124  3e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1091  DNA-directed DNA polymerase  27.25 
 
 
389 aa  123  5e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4327  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.98 
 
 
579 aa  123  5e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.923822  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0571  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.07 
 
 
509 aa  123  6e-27  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.337724  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0442  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  26.53 
 
 
546 aa  122  1e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.717493  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0066  DNA polymerase III, tau subunit  29.76 
 
 
577 aa  122  1e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28470  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  29.08 
 
 
1122 aa  121  2e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2215  AAA ATPase, central region  27.78 
 
 
650 aa  121  2e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.110333  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1174  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.74 
 
 
509 aa  121  2e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.630806  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1396  DNA polymerase III subunit delta'  34.02 
 
 
404 aa  121  2e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.305059 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0058  DNA-directed DNA polymerase  30.81 
 
 
625 aa  122  2e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5294  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.84 
 
 
562 aa  121  2e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435365  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.33 
 
 
562 aa  121  2e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0020  DNA polymerase III subunits gamma and tau  26.08 
 
 
562 aa  121  2e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.327732  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1293  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.07 
 
 
509 aa  122  2e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.33 
 
 
562 aa  121  3e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0259778  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0062  DNA polymerase III, tau subunit  31.32 
 
 
614 aa  120  3e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1228  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.2 
 
 
732 aa  120  3e-26  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0388635 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.33 
 
 
562 aa  121  3e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0875141  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.33 
 
 
562 aa  120  3e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0023  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.63 
 
 
562 aa  120  3e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.33 
 
 
562 aa  120  3e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0496501  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0024  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.14 
 
 
562 aa  121  3e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00112319  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4794  DNA polymerase III subunit delta'  31.33 
 
 
402 aa  120  4e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.671879  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2802  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  29.79 
 
 
556 aa  120  4e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0245  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.45 
 
 
478 aa  120  4e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2016  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.84 
 
 
637 aa  120  4e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.780836  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4880  DNA polymerase III subunit delta'  31.33 
 
 
402 aa  120  4e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0679961 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0055  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.14 
 
 
547 aa  120  5e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0052  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.14 
 
 
547 aa  120  5e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0389  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.32 
 
 
485 aa  120  6e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2671  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  29.79 
 
 
556 aa  120  6e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>