More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2179 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_2179  recA protein  100 
 
 
347 aa  702    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.385059  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0513  recA protein  70.99 
 
 
350 aa  486  1e-136  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.213728 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2819  recombinase A  70.77 
 
 
366 aa  482  1e-135  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.737949  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0676  recA protein  68.09 
 
 
347 aa  479  1e-134  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00169949  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1473  recA protein  67.38 
 
 
355 aa  478  1e-134  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.000000112388  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3735  recombinase A  69.33 
 
 
338 aa  477  1e-133  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3630  recombinase A  69.33 
 
 
338 aa  477  1e-133  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1423  recA protein  71.7 
 
 
344 aa  476  1e-133  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.716578  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1627  recombinase A  64.97 
 
 
341 aa  476  1e-133  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00182901  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1021  RecA protein  68.81 
 
 
379 aa  474  1e-132  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1927  recombinase A  67.89 
 
 
352 aa  473  1e-132  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1645  recombinase A  67.89 
 
 
352 aa  473  1e-132  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0932  recA protein  69.09 
 
 
345 aa  469  1.0000000000000001e-131  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1050  recA protein  69.09 
 
 
345 aa  469  1.0000000000000001e-131  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0444945 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1616  recA protein  65.09 
 
 
348 aa  468  1.0000000000000001e-131  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.445296  normal  0.968936 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3161  recombinase A  66.87 
 
 
336 aa  468  1.0000000000000001e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0456  recA protein  67.89 
 
 
358 aa  467  9.999999999999999e-131  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4194  recombinase A  68.22 
 
 
358 aa  465  9.999999999999999e-131  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3103  recA protein  67.18 
 
 
343 aa  466  9.999999999999999e-131  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000175278  normal  0.820651 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11890  recA protein  66.15 
 
 
357 aa  467  9.999999999999999e-131  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000128048  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1986  recombinase A  67.38 
 
 
361 aa  466  9.999999999999999e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1592  recA protein  64.14 
 
 
347 aa  466  9.999999999999999e-131  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1785  recA protein  64.91 
 
 
350 aa  465  9.999999999999999e-131  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3524  recA protein  66.46 
 
 
355 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00288101 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1492  recA protein  65.49 
 
 
345 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.211084  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1581  recA protein  63.96 
 
 
383 aa  466  9.999999999999999e-131  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1034  recombinase A  67.81 
 
 
343 aa  465  9.999999999999999e-131  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0682579  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1473  RecA protein  67.08 
 
 
364 aa  466  9.999999999999999e-131  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0213351  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03079  recombinase A  67.08 
 
 
348 aa  461  1e-129  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.353429  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1462  recombinase A  64.81 
 
 
352 aa  462  1e-129  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000631927 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1549  recA protein  67.18 
 
 
362 aa  463  1e-129  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.00000000000205683  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5903  recA protein  68.06 
 
 
379 aa  462  1e-129  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1219  recombinase A  66.56 
 
 
347 aa  462  1e-129  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0979767  normal  0.281308 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1833  recA protein  67.18 
 
 
363 aa  464  1e-129  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0352919  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1079  recA protein  66.77 
 
 
348 aa  461  1e-129  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3525  recombinase A  66.87 
 
 
345 aa  462  1e-129  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.551254  normal  0.0703421 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6708  recombinase A  66.56 
 
 
345 aa  461  1e-129  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.141706  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2094  recombinase A  64.58 
 
 
365 aa  463  1e-129  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1230  recombinase A  63.95 
 
 
357 aa  462  1e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.460816  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3994  recA protein  65.97 
 
 
352 aa  461  1e-129  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0864938  normal  0.282621 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4108  recA protein  67.28 
 
 
358 aa  461  1e-129  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.633837  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1118  recA protein  65.55 
 
 
365 aa  463  1e-129  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.145639  normal  0.0819488 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4075  recA protein  67.28 
 
 
358 aa  462  1e-129  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0386592  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2341  recA protein  65.34 
 
 
350 aa  461  1e-129  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1267  recA protein  67.28 
 
 
358 aa  463  1e-129  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.165392  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1545  recA protein  65.74 
 
 
346 aa  459  9.999999999999999e-129  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.259692  normal  0.07485 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0387  recA protein  65.99 
 
 
347 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1419  recA protein  65.56 
 
 
347 aa  459  9.999999999999999e-129  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0618  recA protein  65.54 
 
 
347 aa  459  9.999999999999999e-129  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.186792  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0988  recA protein  63.22 
 
 
335 aa  460  9.999999999999999e-129  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1202  recombinase A  66.46 
 
 
361 aa  458  9.999999999999999e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07480  RecA protein  65.36 
 
 
352 aa  459  9.999999999999999e-129  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0526583  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1242  recA protein  66.36 
 
 
376 aa  458  9.999999999999999e-129  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1041  recA protein  67.9 
 
 
364 aa  459  9.999999999999999e-129  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2405  recombinase A  67.48 
 
 
341 aa  457  9.999999999999999e-129  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1050  recA protein  69.38 
 
 
349 aa  459  9.999999999999999e-129  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000195685  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1275  recombinase A  69.52 
 
 
356 aa  461  9.999999999999999e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.138864  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27820  protein RecA  66.05 
 
 
345 aa  458  9.999999999999999e-129  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0461192 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0523  recombinase A  62.1 
 
 
362 aa  458  9.999999999999999e-129  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000473291  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1958  recombinase A  66.77 
 
 
362 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.212458 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1619  recA protein  67.18 
 
 
352 aa  460  9.999999999999999e-129  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000177143  hitchhiker  0.0000000069085 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1725  recombinase A  67.72 
 
 
360 aa  459  9.999999999999999e-129  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.971685  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2147  recombinase A  65.26 
 
 
347 aa  458  9.999999999999999e-129  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1263  recombinase A  65.65 
 
 
360 aa  458  9.999999999999999e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.778933  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2439  recA protein  64.94 
 
 
347 aa  461  9.999999999999999e-129  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000566681  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2169  recombinase A  67.08 
 
 
364 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423968  normal  0.0596488 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1165  recombinase A  66.46 
 
 
424 aa  458  9.999999999999999e-129  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.165606  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2134  recombinase A  65.26 
 
 
347 aa  458  9.999999999999999e-129  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00345325 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2193  recombinase A  65.26 
 
 
347 aa  458  9.999999999999999e-129  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0979046 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2403  recA protein  65.85 
 
 
343 aa  460  9.999999999999999e-129  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.104177  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17690  RecA protein  63.94 
 
 
367 aa  457  1e-127  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.72475  normal  0.370795 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0810  recombinase A  65.98 
 
 
356 aa  456  1e-127  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5453  recombinase A  64.31 
 
 
362 aa  456  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658876  normal  0.17766 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0017  recombinase A  65.98 
 
 
356 aa  456  1e-127  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2448  recA protein  63.8 
 
 
350 aa  456  1e-127  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.276179  normal  0.953449 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1280  recombinase A  65.54 
 
 
362 aa  456  1e-127  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.118352  normal  0.176518 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0971  recombinase A  65.98 
 
 
356 aa  456  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5979  recombinase A  67.08 
 
 
348 aa  454  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0714479 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0643  recombinase A  65.69 
 
 
356 aa  455  1e-127  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.940587  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3964  RecA protein  66.36 
 
 
358 aa  456  1e-127  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.122144  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2835  recombinase A  65.35 
 
 
353 aa  456  1e-127  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0246819  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3178  recombinase A  65.35 
 
 
353 aa  456  1e-127  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0943419  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0671  recombinase A  66.87 
 
 
358 aa  455  1e-127  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.180955 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2983  recombinase A  65.35 
 
 
353 aa  456  1e-127  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0313902  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2573  recombinase A  67.38 
 
 
359 aa  454  1e-127  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.803783  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0258  recA protein  64.46 
 
 
361 aa  454  1e-127  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3975  recombinase A  64.35 
 
 
350 aa  456  1e-127  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0650  recombinase A  67.38 
 
 
357 aa  455  1e-127  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.590321  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2699  recombinase A  67.38 
 
 
359 aa  454  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1013  recombinase A  65.35 
 
 
353 aa  456  1e-127  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.580458  unclonable  0.0000000301114 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1425  recombinase A  65.53 
 
 
348 aa  454  1e-127  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.976211  normal  0.0337506 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1460  recombinase A  65.66 
 
 
351 aa  457  1e-127  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00992179  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02514  hypothetical protein  65.35 
 
 
353 aa  456  1e-127  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0302057  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1610  recA protein  65.84 
 
 
390 aa  456  1e-127  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2578  recA protein  67.92 
 
 
365 aa  457  1e-127  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0869161  normal  0.0795722 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2822  recombinase A  65.35 
 
 
353 aa  456  1e-127  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0783343  decreased coverage  0.0000036093 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3295  recombinase A  67.48 
 
 
358 aa  456  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.303399  normal  0.877549 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2420  recombinase A  64.95 
 
 
350 aa  456  1e-127  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.157742  normal  0.0782537 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3946  recombinase A  65.35 
 
 
353 aa  456  1e-127  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.44116  normal  0.835205 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2404  recombinase A  65.98 
 
 
356 aa  456  1e-127  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>