More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1997 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  100 
 
 		 441 aa  904    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1770  MiaB-like tRNA modifying enzyme  54.94 
 
 		 435 aa  496  1e-139  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000207484  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1737  2-methylthioadenine synthetase  54.9 
 
 		 438 aa  488  1e-137  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.131145 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2937  MiaB-like tRNA modifying enzyme  54.92 
 
 		 439 aa  486  1e-136  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.673839  normal  0.173134 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0223  hypothetical protein  55.81 
 
 		 441 aa  482  1e-135  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.180201 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0444  MiaB-like tRNA modifying enzyme  53.9 
 
 		 442 aa  471  1.0000000000000001e-131  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0474351  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6578  MiaB-like tRNA modifying enzyme  53.7 
 
 		 425 aa  465  9.999999999999999e-131  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.745679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1350  MiaB-like tRNA modifying enzyme  54.32 
 
 		 449 aa  468  9.999999999999999e-131  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.306215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5039  MiaB-like tRNA modifying enzyme  52.29 
 
 		 444 aa  464  1e-129  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09066  putative Fe-S oxidoreductase  52.2 
 
 		 458 aa  452  1.0000000000000001e-126  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.276137  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2221  MiaB-like tRNA modifying enzyme  51.71 
 
 		 444 aa  423  1e-117  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000670309 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2433  RNA modification enzyme, MiaB family  46.28 
 
 		 451 aa  348  1e-94  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000747616  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1017  RNA modification enzyme, MiaB family  45.79 
 
 		 449 aa  346  5e-94  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0422  RNA modification protein  43.37 
 
 		 446 aa  341  2e-92  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0536856  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1144  hypothetical protein  44.5 
 
 		 448 aa  337  2.9999999999999997e-91  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1668  RNA modification protein  44 
 
 		 448 aa  336  5.999999999999999e-91  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1634  RNA modification protein  44 
 
 		 448 aa  336  5.999999999999999e-91  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.654078  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1996  MiaB-like tRNA modifying enzyme  44.53 
 
 		 451 aa  335  1e-90  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.320678  normal  0.0920131 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0807  RNA modification enzyme, MiaB family  43.72 
 
 		 450 aa  334  2e-90  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0137858  decreased coverage  2.64257e-22 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4429  hypothetical protein  43.72 
 
 		 450 aa  334  2e-90  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111241  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3036  RNA modification protein  43.02 
 
 		 450 aa  334  2e-90  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0366508  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4391  hypothetical protein  43.49 
 
 		 450 aa  333  3e-90  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115711  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4443  RNA modification enzyme, MiaB family  43.49 
 
 		 450 aa  333  3e-90  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4047  hypothetical protein  43.49 
 
 		 450 aa  332  9e-90  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4057  hypothetical protein  43.49 
 
 		 450 aa  332  9e-90  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4161  RNA modification protein  43.72 
 
 		 450 aa  332  9e-90  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.556145  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4209  hypothetical protein  43.49 
 
 		 450 aa  332  1e-89  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4535  hypothetical protein  43.49 
 
 		 450 aa  332  1e-89  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1490  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.95 
 
 		 444 aa  331  2e-89  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4332  RNA modification enzyme, MiaB family  43.26 
 
 		 450 aa  329  5.0000000000000004e-89  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16472e-48 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0352  RNA modification enzyme, MiaB family  44.52 
 
 		 458 aa  329  8e-89  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.135679  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2053  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.95 
 
 		 450 aa  324  2e-87  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2282  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.22 
 
 		 434 aa  324  2e-87  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.98 
 
 		 434 aa  322  6e-87  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0150  RNA modification protein  41.19 
 
 		 434 aa  321  9.999999999999999e-87  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.839753  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1992  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.91 
 
 		 471 aa  321  1.9999999999999998e-86  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.130467  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1790  RNA modification enzyme, MiaB family  45.48 
 
 		 452 aa  319  5e-86  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0115132  normal  0.0236064 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1728  MiaB-like tRNA modifying enzyme  44.99 
 
 		 438 aa  320  5e-86  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.479022  decreased coverage  0.00502843 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1050  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.63 
 
 		 438 aa  319  5e-86  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1333  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.37 
 
 		 449 aa  315  9.999999999999999e-85  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0874  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.63 
 
 		 431 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249518 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0174  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.85 
 
 		 430 aa  308  1.0000000000000001e-82  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2492  RNA modification protein  39.58 
 
 		 436 aa  308  2.0000000000000002e-82  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131013  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1164  RNA modification enzyme, MiaB family  39.61 
 
 		 431 aa  306  5.0000000000000004e-82  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0566  hypothetical protein  42.62 
 
 		 470 aa  305  8.000000000000001e-82  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.59061  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2241  RNA modification enzyme, MiaB family  39.68 
 
 		 454 aa  305  1.0000000000000001e-81  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00150078  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0459  MiaB-like tRNA modifying enzyme  42.31 
 
 		 453 aa  302  9e-81  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.240377  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0611  RNA modification enzyme, MiaB family  45.54 
 
 		 437 aa  301  1e-80  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.920211  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1211  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.9 
 
 		 495 aa  300  3e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.496163 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3217  RNA modification enzyme, MiaB family  42.61 
 
 		 435 aa  300  5e-80  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000221997  hitchhiker  0.000000785503 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2570  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.81 
 
 		 429 aa  299  6e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005255 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1643  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.56 
 
 		 429 aa  299  6e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.119605  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0588  MiaB-like tRNA modifying enzyme  42.22 
 
 		 450 aa  290  2e-77  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0962192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12760  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.7 
 
 		 438 aa  288  1e-76  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00265105  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2568  MiaB-like tRNA modifying enzyme  42.12 
 
 		 434 aa  288  2e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.15 
 
 		 456 aa  286  4e-76  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000454579  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2299  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.11 
 
 		 466 aa  285  2.0000000000000002e-75  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.198843  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1282  RNA modification enzyme, MiaB family  36.54 
 
 		 434 aa  283  4.0000000000000003e-75  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1187  RNA modification enzyme, MiaB family  38.94 
 
 		 446 aa  279  7e-74  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0386779 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0166  RNA modification protein  38.74 
 
 		 440 aa  278  1e-73  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.684419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4295  RNA modification enzyme, MiaB family  40.29 
 
 		 439 aa  276  5e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00281289  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.26 
 
 		 434 aa  270  5e-71  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.698002  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1857  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.47 
 
 		 432 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000114049  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2316  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.27 
 
 		 427 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000240078  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1294  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.16 
 
 		 409 aa  266  5.999999999999999e-70  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1749  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.59 
 
 		 451 aa  264  3e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000349639  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1711  hypothetical protein  37.95 
 
 		 436 aa  264  3e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2224  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.22 
 
 		 442 aa  263  3e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.490633  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1331  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.59 
 
 		 417 aa  263  4e-69  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000562047  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.71 
 
 		 434 aa  260  4e-68  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0674  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38 
 
 		 429 aa  257  4e-67  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1414  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.16 
 
 		 420 aa  256  8e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1560  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.3 
 
 		 411 aa  254  2.0000000000000002e-66  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0522  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.18 
 
 		 420 aa  250  3e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0976  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.41 
 
 		 467 aa  249  5e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0149677  normal  0.0700259 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_835  tRNA modification enzyme, MiaB family  35.94 
 
 		 416 aa  249  6e-65  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.258618  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0926  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.18 
 
 		 427 aa  249  7e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.084888  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0853  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.94 
 
 		 416 aa  245  9.999999999999999e-64  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.230835  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0969  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.06 
 
 		 421 aa  244  3e-63  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0789  tRNA 2-methylthioadenosine synthase  36.43 
 
 		 411 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.594901  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1933  hypothetical protein  39.88 
 
 		 427 aa  241  1e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1860  hypothetical protein  39.88 
 
 		 427 aa  241  1e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.17951  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0217  MiaB family tRNA modification protein  38.24 
 
 		 412 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2775  2-methylthioadenine synthetase  39.43 
 
 		 422 aa  239  6.999999999999999e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.254506  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4866  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.03 
 
 		 449 aa  238  1e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0503  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.18 
 
 		 408 aa  237  3e-61  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2497  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.42 
 
 		 411 aa  236  6e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0715823  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0962  MiaB family tRNA modification protein  33.56 
 
 		 413 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.4 
 
 		 423 aa  235  1.0000000000000001e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3747  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.13 
 
 		 424 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.771272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3405  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.62 
 
 		 435 aa  233  4.0000000000000004e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0785  MiaB family tRNA modification protein  36.73 
 
 		 429 aa  233  4.0000000000000004e-60  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0626  RNA modification enzyme, MiaB family  38.2 
 
 		 439 aa  233  5e-60  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.196268  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3229  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.24 
 
 		 416 aa  233  6e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0152656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0319  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.29 
 
 		 419 aa  232  1e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0214  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.41 
 
 		 420 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0176423 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4070  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.89 
 
 		 424 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0515  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.18 
 
 		 443 aa  230  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.481565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6072  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.93 
 
 		 449 aa  230  3e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0928741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2980  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.13 
 
 		 425 aa  230  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.065406 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>