146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1412 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0006  DNA polymerase B region  46.51 
 
 		 811 aa  737    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0005  DNA-directed DNA polymerase B  46.64 
 
 		 792 aa  706    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.775002  normal  0.276245 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2007  DNA-directed DNA polymerase B  45.83 
 
 		 788 aa  737    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0027  DNA polymerase B region  46.05 
 
 		 796 aa  719    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0006  DNA polymerase B region  47.52 
 
 		 800 aa  756    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0104933 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0006  cyclic nucleotide-binding protein  48.78 
 
 		 793 aa  756    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0007  DNA polymerase B region  48.08 
 
 		 796 aa  760    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1412  DNA polymerase B region  100 
 
 		 785 aa  1585    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0296  DNA polymerase B region  41.69 
 
 		 743 aa  551  1e-155  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0413746  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3245  DNA polymerase II, putative  41.9 
 
 		 745 aa  504  1e-141  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3187  DNA polymerase B, exonuclease  40.53 
 
 		 744 aa  499  1e-140  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000163636 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2799  DNA polymerase B region  34.67 
 
 		 735 aa  332  2e-89  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0105637 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0476  DNA polymerase B, exonuclease  32.62 
 
 		 707 aa  312  1e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0121312  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1342  DNA polymerase Pol2  26.95 
 
 		 781 aa  167  9e-40  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000227387  normal  0.522725 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0961  DNA polymerase II  27.99 
 
 		 785 aa  160  7e-38  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1884  DNA polymerase II  27.64 
 
 		 786 aa  160  7e-38  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1320  DNA polymerase II  28.11 
 
 		 784 aa  158  5.0000000000000005e-37  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.4978 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2154  DNA polymerase II  26.37 
 
 		 783 aa  157  6e-37  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00000768017  hitchhiker  0.000641936 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1049  DNA polymerase II  26.9 
 
 		 783 aa  156  1e-36  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0144376 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5509  DNA-directed DNA polymerase B  28.11 
 
 		 603 aa  148  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.26262 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0530  DNA polymerase Pol2  22.5 
 
 		 781 aa  144  7e-33  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0922  DNA-directed DNA polymerase  25.16 
 
 		 607 aa  143  9.999999999999999e-33  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.434202  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1258  replicative DNA polymerase I  22.55 
 
 		 780 aa  141  4.999999999999999e-32  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0393  DNA polymerase II  24.55 
 
 		 794 aa  137  6.0000000000000005e-31  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1378  DNA polymerase Pol2  22.17 
 
 		 780 aa  137  6.0000000000000005e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00266736 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1316  DNA-directed DNA polymerase  26.6 
 
 		 784 aa  130  1.0000000000000001e-28  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.198282  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0653  DNA polymerase Pol2  21.07 
 
 		 811 aa  123  9.999999999999999e-27  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.340246  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1367  DNA polymerase Pol2  21.97 
 
 		 810 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.815142  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1777  replicative DNA polymerase I  23.72 
 
 		 932 aa  117  1.0000000000000001e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.227569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_54677  DNA polymerase delta  24.34 
 
 		 1087 aa  115  3e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1397  DNA polymerase Pol2  23.34 
 
 		 941 aa  115  4.0000000000000004e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.61356  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5084  DNA polymerase II  25.36 
 
 		 788 aa  111  6e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3234  DNA polymerase II  25.24 
 
 		 788 aa  110  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.642975 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3734  DNA polymerase II  24.52 
 
 		 787 aa  109  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_44713  predicted protein  26.47 
 
 		 982 aa  109  2e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5012  DNA polymerase II  26.18 
 
 		 794 aa  107  6e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5848  DNA polymerase II  26.18 
 
 		 794 aa  107  6e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.595461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4331  DNA polymerase II  26.18 
 
 		 794 aa  107  7e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.333031 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3002  DNA polymerase II  26.03 
 
 		 793 aa  107  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.789945  normal  0.339701 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5258  DNA polymerase II  25.28 
 
 		 791 aa  104  6e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.946105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3400  DNA polymerase II  27 
 
 		 788 aa  103  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00062  DNA polymerase II  26.11 
 
 		 783 aa  102  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00061  hypothetical protein  26.11 
 
 		 783 aa  102  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0062  DNA polymerase II  26.11 
 
 		 783 aa  103  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0283986  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_006680  CNK00560  delta DNA polymerase, putative  25.17 
 
 		 1058 aa  102  3e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1688  replicative DNA polymerase I  22.82 
 
 		 910 aa  102  3e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0062  DNA polymerase II  25.89 
 
 		 783 aa  102  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00931565  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0052  DNA polymerase II  25.89 
 
 		 783 aa  101  6e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2361  DNA polymerase II  25.31 
 
 		 787 aa  101  6e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.168731  normal  0.46504 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0064  DNA polymerase II  25.89 
 
 		 783 aa  101  6e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.406876  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3539  DNA-directed DNA polymerase  25.89 
 
 		 783 aa  101  7e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3597  DNA polymerase II  25.89 
 
 		 783 aa  101  7e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000326268 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0065  DNA polymerase II  25.68 
 
 		 783 aa  100  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40120  DNA polymerase II  26.58 
 
 		 787 aa  100  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1499  DNA-directed DNA polymerase  24.14 
 
 		 912 aa  100  2e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0731  DNA polymerase II  26.47 
 
 		 787 aa  99.8  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.13833  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2273  DNA polymerase II  24.48 
 
 		 818 aa  99.4  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3819  DNA polymerase II  25.4 
 
 		 788 aa  99.4  3e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3628  DNA polymerase II  25.17 
 
 		 788 aa  99.4  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3418  DNA polymerase II  25 
 
 		 789 aa  97.8  6e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2947  DNA polymerase II  25 
 
 		 789 aa  97.8  7e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.670904 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3658  DNA polymerase II  24.87 
 
 		 792 aa  97.4  9e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0583295  normal  0.426144 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3546  DNA polymerase II  25 
 
 		 789 aa  97.4  9e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1740  DNA polymerase B region  25.78 
 
 		 795 aa  96.3  2e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.883106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2210  DNA polymerase II  26.59 
 
 		 782 aa  95.9  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.40989 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2621  DNA polymerase II  25.47 
 
 		 787 aa  95.9  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00407821  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4655  DNA polymerase II  25 
 
 		 791 aa  95.5  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.230041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1857  DNA polymerase II  23.94 
 
 		 809 aa  95.1  5e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.885669  normal  0.10624 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0929  DNA polymerase II  25.51 
 
 		 816 aa  94.4  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.193818  normal  0.499363 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003097  DNA polymerase II  23.26 
 
 		 787 aa  93.6  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122511  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1108  DNA polymerase B region  23.86 
 
 		 821 aa  93.6  1e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.42537  normal  0.497226 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2629  DNA polymerase II  25.6 
 
 		 792 aa  93.2  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.085046  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0798  DNA polymerase B region  23.03 
 
 		 812 aa  92.8  2e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.189737  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0607  DNA polymerase II  25.58 
 
 		 820 aa  92.8  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.427603  normal  0.519282 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3572  DNA polymerase II  26.42 
 
 		 786 aa  93.2  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.252391 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1903  DNA polymerase II  24.96 
 
 		 786 aa  92.8  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.856945 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1511  DNA polymerase II  23.46 
 
 		 794 aa  92.4  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000196312 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0109  DNA polymerase II  25.1 
 
 		 783 aa  92.4  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.455197  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0609  DNA polymerase II  24.83 
 
 		 790 aa  91.7  4e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.231029  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1250  DNA polymerase II  26.42 
 
 		 801 aa  92  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0167112  hitchhiker  0.000178487 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0104  DNA polymerase II  25.1 
 
 		 783 aa  92  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0102  DNA polymerase II  25.1 
 
 		 783 aa  92  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1999  DNA polymerase II  25.12 
 
 		 786 aa  91.7  4e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.449398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63206  DNA polymerase delta catalytic subunit (DNA polymerase III)  24.57 
 
 		 1070 aa  91.7  5e-17  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.442314 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1567  DNA polymerase II  24.32 
 
 		 793 aa  91.7  5e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000253112  hitchhiker  0.0000162261 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1645  DNA polymerase II  25.43 
 
 		 789 aa  91.3  7e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0528782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0081  DNA polymerase I-like  29.84 
 
 		 311 aa  90.9  9e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0103  DNA polymerase II  25.65 
 
 		 783 aa  90.9  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.249231 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1820  DNA polymerase II  25.83 
 
 		 808 aa  90.1  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2142  DNA polymerase II  22.82 
 
 		 789 aa  89.4  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.249301  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0831  DNA polymerase II  23.74 
 
 		 787 aa  89.7  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0134615  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0948  DNA polymerase I  21.93 
 
 		 852 aa  89.4  2e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.158363 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3630  DNA polymerase II  24.03 
 
 		 786 aa  89  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07325  catalytic subunit of DNA polymerase delta (Eurofung)  22.88 
 
 		 1044 aa  88.6  4e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3085  DNA polymerase II  23.67 
 
 		 807 aa  88.2  5e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000404512  hitchhiker  0.0000370941 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0177  DNA polymerase B region  24.9 
 
 		 929 aa  87.8  6e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2482  DNA polymerase II  24.61 
 
 		 795 aa  87.8  7e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.205655  hitchhiker  0.00219855 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1653  DNA polymerase II  24.88 
 
 		 809 aa  87  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.112928  normal  0.0896662 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1619  DNA polymerase II  24.88 
 
 		 809 aa  86.3  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000233393  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0570  DNA polymerase II  27.27 
 
 		 790 aa  86.3  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>