More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1333 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_1333  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 
347 aa  707    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00834702  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  37.76 
 
 
351 aa  229  4e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  38.95 
 
 
338 aa  211  1e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4797  LacI family transcription regulator  36.58 
 
 
336 aa  206  4e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.184791  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  37.81 
 
 
348 aa  204  2e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  40.24 
 
 
342 aa  204  2e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0163  transcriptional regulator, LacI family  36.86 
 
 
330 aa  202  6e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000297035  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  36.69 
 
 
342 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  36.47 
 
 
337 aa  200  3e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.33 
 
 
330 aa  196  5.000000000000001e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1732  transcriptional regulator, LacI family  37.64 
 
 
340 aa  196  5.000000000000001e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521835  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  35.26 
 
 
338 aa  192  8e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  37.69 
 
 
333 aa  191  1e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  34.8 
 
 
368 aa  191  1e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.24 
 
 
336 aa  191  2e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  34.68 
 
 
340 aa  189  4e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  35.59 
 
 
339 aa  189  7e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  37.43 
 
 
337 aa  188  1e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  37.27 
 
 
340 aa  188  2e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  32.75 
 
 
341 aa  187  3e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  36.7 
 
 
335 aa  186  5e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.547709 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  33.84 
 
 
353 aa  186  6e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  35.71 
 
 
353 aa  186  7e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  36.98 
 
 
339 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  35.33 
 
 
337 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.59 
 
 
333 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  37.3 
 
 
344 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  36.59 
 
 
333 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.58 
 
 
337 aa  182  8.000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0116  transcriptional regulator, LacI family  38.01 
 
 
346 aa  181  1e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2817  LacI family transcription regulator  30.88 
 
 
339 aa  182  1e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  30.36 
 
 
335 aa  181  1e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  37.39 
 
 
342 aa  181  2e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 
332 aa  181  2e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0352  transcriptional regulator, LacI family  38.19 
 
 
347 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00162695  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  34.21 
 
 
333 aa  180  2.9999999999999997e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  34.23 
 
 
331 aa  180  4e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4888  LacI family transcription regulator  37.62 
 
 
336 aa  179  4.999999999999999e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.630665  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  37.35 
 
 
355 aa  178  1e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  32.6 
 
 
341 aa  178  1e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  34.23 
 
 
328 aa  177  3e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0663  transcriptional regulator, LacI family  33.02 
 
 
338 aa  177  3e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  34.97 
 
 
336 aa  176  4e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.74 
 
 
342 aa  176  4e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.95 
 
 
336 aa  176  6e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.64 
 
 
352 aa  176  7e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1128  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 
361 aa  175  8e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  33.05 
 
 
339 aa  175  9e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5761  transcriptional regulator, LacI family  34.9 
 
 
363 aa  175  9e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.230872  normal  0.079116 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  33.54 
 
 
342 aa  174  9.999999999999999e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2503  transcriptional regulator  30 
 
 
339 aa  175  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.117668  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0459  LacI family transcription regulator  33.81 
 
 
340 aa  174  9.999999999999999e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0501  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.23 
 
 
335 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.54 
 
 
341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  33.54 
 
 
341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  37.5 
 
 
346 aa  174  1.9999999999999998e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.54 
 
 
341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.54 
 
 
341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  36.31 
 
 
343 aa  174  1.9999999999999998e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  33.54 
 
 
341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  33.73 
 
 
330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  34.5 
 
 
337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  32.34 
 
 
352 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.54 
 
 
343 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.54 
 
 
343 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.54 
 
 
341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  33.02 
 
 
337 aa  174  2.9999999999999996e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  32.59 
 
 
343 aa  174  2.9999999999999996e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  35.78 
 
 
339 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1510  LacI family transcription regulator  36.86 
 
 
348 aa  173  3.9999999999999995e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00014462 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0438  alanine racemase  35.21 
 
 
338 aa  173  5e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000864233  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  31.69 
 
 
347 aa  172  5.999999999999999e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2594  transcriptional regulator, LacI family  35.4 
 
 
339 aa  172  9e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  34.99 
 
 
349 aa  172  9e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  34.29 
 
 
333 aa  172  1e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  32.7 
 
 
332 aa  171  1e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.87 
 
 
330 aa  171  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  33.02 
 
 
332 aa  171  2e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  33.02 
 
 
332 aa  171  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0129  transcriptional regulator, LacI family  35.47 
 
 
332 aa  171  2e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.08592 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  34.72 
 
 
338 aa  171  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  32.81 
 
 
332 aa  171  2e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0426  transcriptional regulator, LacI family  37.09 
 
 
381 aa  171  2e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  31.5 
 
 
341 aa  171  2e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  35.03 
 
 
338 aa  171  2e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.71 
 
 
335 aa  170  3e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  32.7 
 
 
332 aa  170  4e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  32.7 
 
 
332 aa  170  4e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  34.41 
 
 
336 aa  170  4e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  31.27 
 
 
340 aa  169  5e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  32.7 
 
 
332 aa  169  5e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  33.02 
 
 
332 aa  169  5e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  32.7 
 
 
332 aa  169  6e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  32.7 
 
 
332 aa  169  6e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  33.83 
 
 
333 aa  169  6e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  31.74 
 
 
331 aa  169  7e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  32.81 
 
 
334 aa  169  9e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  33.63 
 
 
329 aa  168  1e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0425  LacI family transcription regulator  35.82 
 
 
364 aa  168  1e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.888688  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  32.7 
 
 
332 aa  167  2e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.486602 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>