More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1292 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  100 
 
 		 720 aa  1436    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1794  30S ribosomal protein S1  53.69 
 
 		 588 aa  598  1e-170  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000217401  normal  0.053041 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0418  30S ribosomal protein S1  54.65 
 
 		 591 aa  597  1e-169  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000167097  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2000  30S ribosomal protein S1  52.17 
 
 		 591 aa  589  1e-167  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000749746  normal  0.10797 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0570  30S ribosomal protein S1  53.32 
 
 		 592 aa  585  1e-166  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0452  30S ribosomal protein S1  52.73 
 
 		 592 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000961926  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1176  RNA binding S1 domain protein  48.6 
 
 		 644 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1732  30S ribosomal protein S1  53.27 
 
 		 589 aa  582  1e-164  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000125222  decreased coverage  0.00441133 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5663  RNA binding S1 domain protein  48.69 
 
 		 595 aa  578  1.0000000000000001e-163  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.726551  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1297  30S ribosomal protein S1  53.88 
 
 		 599 aa  575  1.0000000000000001e-162  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0349  30S ribosomal protein S1  53.69 
 
 		 586 aa  574  1.0000000000000001e-162  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.000000000135822  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3478  30S ribosomal protein S1  50.27 
 
 		 598 aa  566  1e-160  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.199022  normal  0.500407 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1951  30S ribosomal protein S1  47.56 
 
 		 606 aa  555  1e-157  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.275526  normal  0.0589831 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10333  30S ribosomal protein S1  45.19 
 
 		 619 aa  554  1e-156  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.869439  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0129  30S ribosomal protein S1  49.81 
 
 		 586 aa  540  9.999999999999999e-153  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00811703  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2762  30S ribosomal protein S1  49.91 
 
 		 591 aa  533  1e-150  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.841821  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6619  RNA binding S1 domain protein  45.95 
 
 		 630 aa  518  1.0000000000000001e-145  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000014562  normal  0.0151044 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0644  30S ribosomal protein S1  43.79 
 
 		 611 aa  518  1.0000000000000001e-145  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.35055 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1981  ribosomal protein S1  43.67 
 
 		 604 aa  508  9.999999999999999e-143  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000204813  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  46.55 
 
 		 596 aa  506  9.999999999999999e-143  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  46.17 
 
 		 573 aa  505  1e-141  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  46.46 
 
 		 568 aa  499  1e-140  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  46.46 
 
 		 568 aa  499  1e-140  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  46.46 
 
 		 568 aa  499  1e-140  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  45.64 
 
 		 584 aa  498  1e-139  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2382  ribosomal protein S1  48.12 
 
 		 608 aa  496  1e-139  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.105209  normal  0.526812 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  45.45 
 
 		 584 aa  497  1e-139  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  44.5 
 
 		 584 aa  494  9.999999999999999e-139  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2301  30S ribosomal protein S1  46.28 
 
 		 578 aa  491  1e-137  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.75877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  46.04 
 
 		 577 aa  490  1e-137  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  46.83 
 
 		 577 aa  492  1e-137  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  47.41 
 
 		 593 aa  489  1e-136  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  46.23 
 
 		 575 aa  481  1e-134  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0867  30S ribosomal protein S1  46.56 
 
 		 586 aa  482  1e-134  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000314961  normal  0.0879612 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  45.68 
 
 		 574 aa  478  1e-133  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  45.05 
 
 		 574 aa  478  1e-133  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2333  30S ribosomal protein S1  46.81 
 
 		 570 aa  476  1e-133  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000922659  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  42.27 
 
 		 609 aa  476  1e-133  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  45.86 
 
 		 597 aa  473  1e-132  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0373  30S ribosomal protein S1  43.87 
 
 		 570 aa  459  9.999999999999999e-129  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0107492  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  43.5 
 
 		 557 aa  461  9.999999999999999e-129  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0247  ribosomal protein S1  44.55 
 
 		 562 aa  457  1e-127  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  43.17 
 
 		 579 aa  458  1e-127  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0903  ribosomal protein S1  43.19 
 
 		 568 aa  452  1.0000000000000001e-126  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.055479  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  41.62 
 
 		 557 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1025  ribosomal protein S1  43.19 
 
 		 568 aa  452  1.0000000000000001e-126  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.000000189842  unclonable  0.0000000000588279 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  45.08 
 
 		 558 aa  451  1e-125  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  43.64 
 
 		 557 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  43.56 
 
 		 556 aa  446  1e-123  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  42.53 
 
 		 561 aa  443  1e-123  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3882  30S ribosomal protein S1  45.22 
 
 		 561 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.237416  normal  0.848573 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  42.34 
 
 		 559 aa  444  1e-123  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  42.36 
 
 		 561 aa  445  1e-123  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1413  30S ribosomal protein S1  41.32 
 
 		 555 aa  442  9.999999999999999e-123  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0578612  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  42.62 
 
 		 560 aa  442  9.999999999999999e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3590  30S ribosomal protein S1  45.22 
 
 		 561 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.019363  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3275  30S ribosomal protein S1  45.22 
 
 		 561 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62304 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  44.79 
 
 		 555 aa  442  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  41.42 
 
 		 559 aa  437  1e-121  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  44.2 
 
 		 555 aa  437  1e-121  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1376  30S ribosomal protein S1  42.78 
 
 		 558 aa  438  1e-121  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1372  30S ribosomal protein S1  42.78 
 
 		 558 aa  437  1e-121  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  39.66 
 
 		 589 aa  437  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  44.01 
 
 		 555 aa  437  1e-121  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  44.2 
 
 		 555 aa  438  1e-121  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  40.83 
 
 		 560 aa  438  1e-121  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  44.01 
 
 		 555 aa  437  1e-121  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  44.01 
 
 		 555 aa  437  1e-121  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000984925  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  44.2 
 
 		 555 aa  437  1e-121  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  44.2 
 
 		 555 aa  437  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  44.2 
 
 		 555 aa  439  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000359988  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  44.2 
 
 		 555 aa  437  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  44.01 
 
 		 555 aa  437  1e-121  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  43.07 
 
 		 555 aa  438  1e-121  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  42.75 
 
 		 555 aa  437  1e-121  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1494  30S ribosomal protein S1  42.34 
 
 		 563 aa  435  1e-120  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000805481  normal  0.784704 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1854  30S ribosomal protein S1  40.31 
 
 		 560 aa  433  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.229903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2145  ribosomal protein S1  44.18 
 
 		 573 aa  435  1e-120  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000142665  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1673  30S ribosomal protein S1  42.34 
 
 		 563 aa  434  1e-120  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000046796  normal  0.385935 
 
 
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  40.29 
 
 		 560 aa  432  1e-120  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1772  30S ribosomal protein S1  42.61 
 
 		 558 aa  432  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0551844 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2335  30S ribosomal protein S1  42.4 
 
 		 553 aa  431  1e-119  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00568908  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1750  ribosomal protein S1  40.86 
 
 		 563 aa  432  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00710774  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3035  30S ribosomal protein S1  42.34 
 
 		 567 aa  430  1e-119  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00687642  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4072  30S ribosomal protein S1  42.37 
 
 		 561 aa  430  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000537264  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1006  30S ribosomal protein S1  39.62 
 
 		 576 aa  430  1e-119  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2069  30S ribosomal protein S1  42.97 
 
 		 571 aa  430  1e-119  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000607618  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3001  30S ribosomal protein S1  41.51 
 
 		 577 aa  431  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213018  hitchhiker  0.00787891 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0982  30S ribosomal protein S1  41.51 
 
 		 571 aa  432  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.144535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2163  30S ribosomal protein S1  41.09 
 
 		 559 aa  431  1e-119  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0054934  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1430  30S ribosomal protein S1  43.07 
 
 		 557 aa  429  1e-119  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00086358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0927  30S ribosomal protein S1  39.45 
 
 		 576 aa  429  1e-119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.722612  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1709  30S ribosomal protein S1  41.62 
 
 		 559 aa  432  1e-119  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000421469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3942  30S ribosomal protein S1  42.61 
 
 		 558 aa  432  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.121339  normal  0.203067 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2257  30S ribosomal protein S1  39.38 
 
 		 570 aa  431  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.165537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0923  30S ribosomal protein S1  39.45 
 
 		 576 aa  430  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  40 
 
 		 559 aa  432  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1047  30S ribosomal protein S1  39.62 
 
 		 576 aa  430  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  43.27 
 
 		 555 aa  431  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000879863  unclonable  0.000000000196055 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3786  30S ribosomal protein S1  44.57 
 
 		 571 aa  431  1e-119  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  hitchhiker  0.000327486 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>