More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1222 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1222  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 712 aa  1434    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0810  DNA ligase, NAD-dependent  50.74 
 
 		 673 aa  653    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  52.94 
 
 		 672 aa  671    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.81 
 
 		 670 aa  636    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  49.56 
 
 		 670 aa  644    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2013  DNA ligase, NAD-dependent  54.42 
 
 		 666 aa  666    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0877  DNA ligase, NAD-dependent  55.51 
 
 		 718 aa  701    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00627604  hitchhiker  0.0000000262982 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0327  DNA ligase, NAD-dependent  53.64 
 
 		 685 aa  672    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  49.41 
 
 		 670 aa  637    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4515  DNA ligase, NAD-dependent  55.08 
 
 		 726 aa  708    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  54.2 
 
 		 681 aa  704    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  51.02 
 
 		 691 aa  633  1e-180  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  51.18 
 
 		 691 aa  634  1e-180  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  50.07 
 
 		 670 aa  635  1e-180  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  50.66 
 
 		 691 aa  630  1e-179  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  49.78 
 
 		 688 aa  630  1e-179  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  50.66 
 
 		 671 aa  630  1e-179  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  50.52 
 
 		 688 aa  630  1e-179  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  50.58 
 
 		 746 aa  631  1e-179  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  50.81 
 
 		 691 aa  632  1e-179  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  46.14 
 
 		 663 aa  630  1e-179  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  50.88 
 
 		 691 aa  626  1e-178  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  50.88 
 
 		 691 aa  625  1e-178  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  50.66 
 
 		 691 aa  625  1e-178  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  50.73 
 
 		 691 aa  628  1e-178  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  50.88 
 
 		 691 aa  625  1e-178  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  50.22 
 
 		 670 aa  624  1e-177  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  50.88 
 
 		 691 aa  625  1e-177  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0763  DNA ligase, NAD-dependent  47.76 
 
 		 677 aa  622  1e-177  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000192603  normal  0.836157 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  50.88 
 
 		 691 aa  625  1e-177  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  50.66 
 
 		 711 aa  625  1e-177  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  50.88 
 
 		 691 aa  625  1e-177  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  50.29 
 
 		 691 aa  624  1e-177  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  50.88 
 
 		 691 aa  625  1e-177  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  50.07 
 
 		 683 aa  622  1e-177  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0538  DNA ligase, NAD-dependent  47.82 
 
 		 662 aa  619  1e-176  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  49.34 
 
 		 690 aa  620  1e-176  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1428  DNA ligase, NAD-dependent  49.12 
 
 		 694 aa  619  1e-176  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0176599  normal  0.198216 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  47.58 
 
 		 675 aa  615  1e-175  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4968  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.51 
 
 		 669 aa  615  1e-175  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  48.49 
 
 		 721 aa  615  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0369  DNA ligase (NAD(+))  49.33 
 
 		 661 aa  612  9.999999999999999e-175  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0352  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.73 
 
 		 669 aa  614  9.999999999999999e-175  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0335  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.28 
 
 		 669 aa  610  1e-173  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0292  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.21 
 
 		 669 aa  609  1e-173  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0276  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.21 
 
 		 669 aa  609  1e-173  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0306  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.21 
 
 		 669 aa  609  1e-173  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2883  DNA ligase, NAD-dependent  46.12 
 
 		 678 aa  612  1e-173  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.745192 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0287  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.36 
 
 		 669 aa  612  1e-173  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0337  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.07 
 
 		 669 aa  608  1e-173  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1035  DNA ligase, NAD-dependent  46.93 
 
 		 663 aa  609  1e-173  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0286  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.8 
 
 		 669 aa  609  1e-173  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  50.67 
 
 		 673 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0378  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.21 
 
 		 669 aa  606  9.999999999999999e-173  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0279  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.07 
 
 		 669 aa  608  9.999999999999999e-173  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0313  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.02 
 
 		 676 aa  606  9.999999999999999e-173  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  46.78 
 
 		 673 aa  607  9.999999999999999e-173  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2698  DNA ligase, NAD-dependent  47.34 
 
 		 674 aa  607  9.999999999999999e-173  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  49.35 
 
 		 706 aa  605  9.999999999999999e-173  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  46.63 
 
 		 670 aa  606  9.999999999999999e-173  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_536  DNA ligase, NAD-dependent  47.78 
 
 		 680 aa  603  1.0000000000000001e-171  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0596  DNA ligase, NAD-dependent  47.56 
 
 		 677 aa  601  1e-170  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  50 
 
 		 675 aa  600  1e-170  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  50.15 
 
 		 672 aa  600  1e-170  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3418  DNA ligase, NAD-dependent  46.74 
 
 		 674 aa  599  1e-170  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1816  DNA ligase, NAD-dependent  49.41 
 
 		 707 aa  602  1e-170  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.633094  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1336  DNA ligase, NAD-dependent  48.02 
 
 		 668 aa  599  1e-170  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1305  DNA ligase, NAD-dependent  47.81 
 
 		 672 aa  601  1e-170  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.617786  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0694  DNA ligase, NAD-dependent  49.55 
 
 		 695 aa  600  1e-170  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1442  DNA ligase, NAD-dependent  44.81 
 
 		 665 aa  596  1e-169  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.474438  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0987  DNA ligase  46.47 
 
 		 673 aa  597  1e-169  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0647  DNA ligase, NAD-dependent  48.24 
 
 		 707 aa  597  1e-169  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.407599  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  49.33 
 
 		 697 aa  595  1e-169  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2948  DNA ligase, NAD-dependent  47.56 
 
 		 668 aa  595  1e-169  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1715  DNA ligase, NAD-dependent  47.35 
 
 		 682 aa  595  1e-169  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000203227  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0571  DNA ligase, NAD-dependent  47.19 
 
 		 680 aa  595  1e-168  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.135698  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0847  DNA ligase, NAD-dependent  45.12 
 
 		 688 aa  592  1e-168  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0824  DNA ligase, NAD-dependent  45.12 
 
 		 688 aa  592  1e-168  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1020  DNA ligase  45.86 
 
 		 673 aa  592  1e-167  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  47.96 
 
 		 671 aa  589  1e-167  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1618  DNA ligase, NAD-dependent  45.63 
 
 		 673 aa  588  1e-167  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000164842  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1959  DNA ligase, NAD-dependent  45.61 
 
 		 667 aa  590  1e-167  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3950  DNA ligase, NAD-dependent  46.36 
 
 		 684 aa  592  1e-167  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1993  DNA ligase, NAD-dependent  45.61 
 
 		 667 aa  590  1e-167  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  47.86 
 
 		 683 aa  591  1e-167  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  47.61 
 
 		 671 aa  590  1e-167  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2213  DNA ligase, NAD-dependent  47.23 
 
 		 671 aa  587  1e-166  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000618814  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4656  DNA ligase, NAD-dependent  47.48 
 
 		 673 aa  588  1e-166  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.203554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  49.63 
 
 		 683 aa  582  1.0000000000000001e-165  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0277  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.36 
 
 		 679 aa  583  1.0000000000000001e-165  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0683  DNA ligase, NAD-dependent  46.72 
 
 		 684 aa  578  1e-164  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.992096  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.94 
 
 		 673 aa  580  1e-164  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  46.18 
 
 		 690 aa  580  1e-164  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  48.13 
 
 		 673 aa  575  1.0000000000000001e-163  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26670  DNA ligase, NAD-dependent  47.01 
 
 		 708 aa  576  1.0000000000000001e-163  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000046682  normal  0.968488 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.53 
 
 		 671 aa  572  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.53 
 
 		 671 aa  572  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.42 
 
 		 670 aa  573  1.0000000000000001e-162  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.53 
 
 		 671 aa  572  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  45.95 
 
 		 674 aa  574  1.0000000000000001e-162  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>