159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1091 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  100 
 
 
444 aa  900  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  44.52 
 
 
442 aa  340  3e-92  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  39.63 
 
 
423 aa  256  5e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2690  hypothetical protein  66.67 
 
 
649 aa  212  1e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  50.38 
 
 
290 aa  205  1e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  33.18 
 
 
425 aa  199  8e-50  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  32.82 
 
 
435 aa  196  9e-49  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  34.97 
 
 
433 aa  191  3e-47  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  33.13 
 
 
434 aa  123  7e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  26.2 
 
 
430 aa  118  2e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  28.34 
 
 
429 aa  118  2e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  25.88 
 
 
463 aa  115  2e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  28.37 
 
 
412 aa  112  1e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.16 
 
 
422 aa  111  2e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  30.03 
 
 
456 aa  111  2e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.38 
 
 
433 aa  110  4e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  6.77276e-06 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2742  type I restriction-modification system specificity determinant  25.85 
 
 
398 aa  110  5e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971087  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  26.85 
 
 
417 aa  109  8e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  26.08 
 
 
454 aa  108  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  27.4 
 
 
425 aa  106  7e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  27.41 
 
 
846 aa  105  1e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  24.73 
 
 
444 aa  105  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  35.84 
 
 
364 aa  105  2e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  36.16 
 
 
564 aa  103  4e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  28.15 
 
 
426 aa  101  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  28.1 
 
 
430 aa  100  7e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.71 
 
 
471 aa  99.8  9e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.48 
 
 
457 aa  99.4  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04061  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  30.32 
 
 
703 aa  97.4  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.48 
 
 
390 aa  96.7  7e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  27.96 
 
 
487 aa  96.3  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  26.74 
 
 
396 aa  95.5  2e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  6.81459e-08  hitchhiker  1.69581e-06 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.02 
 
 
565 aa  94  4e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  28.26 
 
 
538 aa  94  5e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  28.36 
 
 
469 aa  93.6  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  24.27 
 
 
401 aa  92.4  1e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  31.02 
 
 
575 aa  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  24.93 
 
 
435 aa  90.1  6e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  38.51 
 
 
429 aa  89  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  38.69 
 
 
429 aa  89  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  23.34 
 
 
425 aa  87.8  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  28 
 
 
373 aa  85.9  1e-15  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  28.92 
 
 
429 aa  85.1  2e-15  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4917  restriction modification system DNA specificity subunit  30.88 
 
 
412 aa  84.7  3e-15  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143388  normal  0.544675 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  27.11 
 
 
439 aa  84.3  4e-15  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.06 
 
 
415 aa  84  4e-15  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.59 
 
 
423 aa  82.8  1e-14  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  33.87 
 
 
597 aa  82.4  1e-14  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1094  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.39 
 
 
205 aa  82  2e-14  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0782363  normal  0.473834 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  26.3 
 
 
417 aa  82  2e-14  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  24.6 
 
 
374 aa  81.3  3e-14  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  37.78 
 
 
549 aa  80.5  6e-14  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.61 
 
 
459 aa  79.7  9e-14  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  32.32 
 
 
425 aa  79  2e-13  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  26.77 
 
 
413 aa  77.4  4e-13  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  35.25 
 
 
409 aa  74.7  3e-12  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  28.89 
 
 
403 aa  72.8  1e-11  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  1.92379e-05 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2548  restriction modification system DNA specificity domain  27.66 
 
 
405 aa  72.4  1e-11  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  24.76 
 
 
401 aa  72.4  2e-11  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  26.27 
 
 
426 aa  72  2e-11  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  27.98 
 
 
417 aa  70.1  7e-11  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  26.07 
 
 
419 aa  70.1  8e-11  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  4.06123e-05 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 
428 aa  69.3  1e-10  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  21.56 
 
 
399 aa  68.2  3e-10  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.16 
 
 
388 aa  68.2  3e-10  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  23.53 
 
 
419 aa  67.4  4e-10  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  26.25 
 
 
436 aa  67  7e-10  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  24.5 
 
 
428 aa  66.2  1e-09  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  22.32 
 
 
413 aa  65.5  2e-09  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  25 
 
 
416 aa  65.1  3e-09  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  22.71 
 
 
432 aa  64.3  4e-09  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  23.7 
 
 
420 aa  64.3  4e-09  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  9.62716e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  21.73 
 
 
393 aa  63.5  7e-09  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  27.41 
 
 
394 aa  63.2  9e-09  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0841  type I restriction-modification system, S subunit  26.67 
 
 
407 aa  63.2  1e-08  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.629279  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0789  type I restriction-modification system, S subunit  26.67 
 
 
407 aa  62.8  1e-08  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.190219  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  23.64 
 
 
422 aa  62  2e-08  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0429  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.91 
 
 
404 aa  62  2e-08  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19070  hypothetical protein  23.37 
 
 
425 aa  61.6  3e-08  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0871344 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  27.12 
 
 
438 aa  60.8  5e-08  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.37 
 
 
445 aa  60.1  7e-08  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  25.46 
 
 
415 aa  59.3  1e-07  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  21.49 
 
 
447 aa  59.7  1e-07  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0098  restriction endonuclease S subunits  26.3 
 
 
315 aa  58.9  2e-07  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  19.57 
 
 
428 aa  58.5  2e-07  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  22.16 
 
 
424 aa  57.8  4e-07  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  22.57 
 
 
474 aa  56.2  1e-06  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3914  Restriction endonuclease S subunit  27.53 
 
 
405 aa  56.2  1e-06  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  24.38 
 
 
427 aa  56.2  1e-06  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  23.74 
 
 
429 aa  55.8  1e-06  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  25.32 
 
 
402 aa  55.1  2e-06  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.55 
 
 
442 aa  55.8  2e-06  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  24.16 
 
 
395 aa  55.1  3e-06  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  24.66 
 
 
532 aa  55.1  3e-06  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  24.11 
 
 
437 aa  54.3  4e-06  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  23.38 
 
 
438 aa  53.9  6e-06  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  25.17 
 
 
429 aa  53.9  6e-06  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1176  restriction modification system DNA specificity subunit  25.18 
 
 
408 aa  53.9  6e-06  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.882603  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  23.71 
 
 
476 aa  53.5  7e-06  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  31.07 
 
 
285 aa  53.5  7e-06  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.186237 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>