More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1088 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1088  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 679 aa  1361    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6535  TonB-dependent receptor  40.49 
 
 		 694 aa  488  1e-136  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.822423  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0249  TonB-dependent receptor  33.38 
 
 		 688 aa  417  9.999999999999999e-116  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7217  TonB-dependent receptor  32.13 
 
 		 707 aa  336  7.999999999999999e-91  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6723  TonB-dependent receptor  29.64 
 
 		 1128 aa  197  7e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5373  TonB-dependent outer-membrane transporter  27.09 
 
 		 661 aa  178  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0456572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39650  putative TonB-dependent receptor  28.65 
 
 		 653 aa  160  6e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3364  putative TonB-dependent receptor  27.52 
 
 		 635 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.346597  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  24.81 
 
 		 613 aa  148  3e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1797  TonB-dependent receptor plug  24.75 
 
 		 647 aa  144  5e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1506  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 		 707 aa  139  2e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  23.64 
 
 		 656 aa  135  3e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0668  TonB-dependent receptor  23.28 
 
 		 757 aa  134  3.9999999999999996e-30  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.217902 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1005  TonB-dependent receptor  21.61 
 
 		 699 aa  132  3e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.828736  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  24.06 
 
 		 659 aa  131  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  26.28 
 
 		 646 aa  130  7.000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  26.66 
 
 		 634 aa  130  8.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2302  colicin I receptor  23.78 
 
 		 641 aa  128  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.010442 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  23.78 
 
 		 663 aa  127  5e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  23.78 
 
 		 663 aa  127  5e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  23.78 
 
 		 663 aa  127  5e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_002950  PG1552  TonB-dependent receptor HmuR  22.57 
 
 		 646 aa  127  9e-28  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  23.64 
 
 		 663 aa  126  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0653  TonB-dependent receptor  26.63 
 
 		 675 aa  126  1e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  23.64 
 
 		 663 aa  126  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3738  TonB-dependent receptor  26.01 
 
 		 665 aa  125  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430842  normal  0.0543439 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0934  putative outer membrane receptor  23.26 
 
 		 655 aa  125  4e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2434  colicin I receptor  23.34 
 
 		 650 aa  123  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.198809 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2548  colicin I receptor  23.61 
 
 		 650 aa  123  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00911927 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1559  TonB-dependent receptor plug  22.04 
 
 		 706 aa  123  9.999999999999999e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000264695  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2438  colicin I receptor  23.24 
 
 		 650 aa  122  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.593043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2345  colicin I receptor  23.34 
 
 		 650 aa  122  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0748809  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2390  colicin I receptor  23.24 
 
 		 650 aa  121  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.107934 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  22.81 
 
 		 663 aa  120  6e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  23.64 
 
 		 639 aa  120  7.999999999999999e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2678  enterobactin receptor protein  23.72 
 
 		 653 aa  119  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1486  TonB-dependent receptor, plug  23.87 
 
 		 677 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.243313  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2030  TonB-dependent receptor, plug  26.88 
 
 		 668 aa  117  5e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 		 642 aa  116  2.0000000000000002e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.25 
 
 		 623 aa  114  6e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  25.69 
 
 		 623 aa  114  7.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0852  TonB-dependent outer membrane receptor for Fe3+/colicin I  22.53 
 
 		 633 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000258389  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3535  TonB-dependent receptor  22.81 
 
 		 681 aa  113  1.0000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.243459  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01534  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  23.89 
 
 		 647 aa  113  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3795  TonB-dependent receptor  23.56 
 
 		 740 aa  112  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.837422  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2276  TonB-dependent receptor  24.79 
 
 		 751 aa  111  5e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  24.34 
 
 		 638 aa  110  7.000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  23.86 
 
 		 649 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3503  enterobactin receptor protein  23.68 
 
 		 666 aa  108  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00217636  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2748  putative outer membrane receptor  22.27 
 
 		 665 aa  108  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0217  enterobactin receptor protein  23.69 
 
 		 666 aa  108  3e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000171736  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0219  enterobactin receptor protein  23.77 
 
 		 666 aa  108  4e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0246836  normal  0.0975103 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2666  putative outer membrane receptor  22.27 
 
 		 665 aa  108  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1826  TonB-dependent receptor  24.78 
 
 		 661 aa  108  4e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0922924  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1541  putative outer membrane receptor  22.27 
 
 		 665 aa  108  4e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1861  TonB-dependent receptor  25.59 
 
 		 653 aa  108  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0473101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4120  enterobactin receptor protein  23.77 
 
 		 666 aa  107  5e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000897059  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.01 
 
 		 631 aa  108  5e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0784  TonB-dependent siderophore receptor, putative  22.18 
 
 		 656 aa  107  6e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  22.48 
 
 		 615 aa  107  8e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2171  TonB-dependent receptor  25.77 
 
 		 649 aa  106  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3815  TonB-dependent receptor  23.43 
 
 		 658 aa  106  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4241  enterobactin receptor protein  23.77 
 
 		 666 aa  106  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112255  hitchhiker  0.000515179 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  22.72 
 
 		 690 aa  105  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  24.71 
 
 		 602 aa  105  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3696  TonB-dependent receptor  25.63 
 
 		 620 aa  105  3e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.405494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0969  outer membrane receptor for transport of vitamin B  24.94 
 
 		 645 aa  104  6e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.01117 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  24.78 
 
 		 634 aa  104  6e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3929  enterobactin receptor protein  24.01 
 
 		 663 aa  103  8e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.881798 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2412  TonB-dependent receptor  23.67 
 
 		 662 aa  103  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.115111  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  27.49 
 
 		 619 aa  103  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01404  hypothetical protein  22.42 
 
 		 640 aa  103  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1935  TonB-dependent receptor  24.46 
 
 		 662 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00717608  normal  0.914131 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1806  TonB-dependent receptor  25.23 
 
 		 649 aa  103  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2423  TonB-dependent receptor  23.84 
 
 		 662 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.075703  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4523  enterobactin receptor protein  23.7 
 
 		 663 aa  102  3e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2531  TonB-dependent receptor  24.7 
 
 		 680 aa  102  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.276329 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0460  TonB-dependent receptor  21.52 
 
 		 648 aa  100  7e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1839  outer membrane receptor FepA  23.26 
 
 		 703 aa  100  8e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.228059  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  26.79 
 
 		 638 aa  99.8  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0558  TonB-dependent receptor  22.46 
 
 		 657 aa  100  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6730  TonB-dependent receptor  23.7 
 
 		 733 aa  100  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.23656 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  23.83 
 
 		 618 aa  99  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.08 
 
 		 614 aa  98.6  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.08 
 
 		 614 aa  98.6  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 611 aa  98.2  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  25.09 
 
 		 1023 aa  98.6  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  25.3 
 
 		 626 aa  97.1  9e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002470  TonB-dependent receptor  23.09 
 
 		 652 aa  97.1  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.337593  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  23.55 
 
 		 626 aa  96.7  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  25.14 
 
 		 617 aa  96.7  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  23.47 
 
 		 614 aa  96.7  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5676  TonB-dependent receptor plug  23 
 
 		 662 aa  96.3  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6079  putative TonB-dependent receptor  21.35 
 
 		 680 aa  95.5  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0972806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0250  TonB-dependent receptor plug  24.81 
 
 		 597 aa  95.1  4e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2209  TonB-dependent receptor  24.52 
 
 		 624 aa  94  7e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.400233 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1628  TonB-dependent receptor, plug  22.34 
 
 		 680 aa  94  8e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3294  TonB-dependent receptor, plug  22.74 
 
 		 676 aa  93.6  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0028  enterobactin receptor protein  21.33 
 
 		 652 aa  93.6  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000507235  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  19.86 
 
 		 653 aa  92.4  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>