More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1081 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_1832  glycoside hydrolase family 3 protein  48.11 
 
 
808 aa  728  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0261035 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3730  glycoside hydrolase family protein  50.59 
 
 
805 aa  756  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.414697  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1080  glycoside hydrolase family 3 domain protein  92.85 
 
 
792 aa  1414  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.353054  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1081  glycoside hydrolase family 3 domain protein  100 
 
 
784 aa  1560  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000550104  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0871  glycoside hydrolase family 3 protein  45.78 
 
 
778 aa  623  1e-177  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0848  glycoside hydrolase family 3 protein  45.52 
 
 
778 aa  624  1e-177  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0229  glycoside hydrolase family 3 protein  42.01 
 
 
777 aa  599  1e-170  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.270264  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0502  glycoside hydrolase family 3 protein  45.96 
 
 
772 aa  600  1e-170  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1723  glycoside hydrolase family 3 domain protein  42.41 
 
 
756 aa  588  1e-167  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000651092  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3292  glycoside hydrolase family 3 protein  45.49 
 
 
1037 aa  582  1e-164  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0852  glycoside hydrolase family 3 domain protein  42.71 
 
 
762 aa  582  1e-164  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0847818  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2630  glycoside hydrolase family 3 domain protein  45.21 
 
 
782 aa  561  1e-158  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.829499  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0901  glycoside hydrolase family 3 protein  44.68 
 
 
790 aa  547  1e-154  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.72185  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2354  glycoside hydrolase family 3 domain protein  38.93 
 
 
771 aa  540  1e-152  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0323  glycoside hydrolase family 3 domain protein  39.82 
 
 
807 aa  521  1e-146  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000125133  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0867  glycoside hydrolase family 3 domain protein  40.64 
 
 
783 aa  489  1e-137  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1607  glycoside hydrolase family 3 domain protein  40.1 
 
 
760 aa  484  1e-135  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2761  glycoside hydrolase family 3 protein  38.04 
 
 
788 aa  480  1e-134  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1089  glycoside hydrolase family 3 domain protein  38.62 
 
 
795 aa  480  1e-134  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0942  glycoside hydrolase family 3 protein  40.46 
 
 
802 aa  478  1e-133  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0536  glycoside hydrolase family 3 domain protein  42.99 
 
 
754 aa  470  1e-131  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.0012986  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0155  glycoside hydrolase family 3 domain protein  39.12 
 
 
755 aa  467  1e-130  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.167458  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3248  glycoside hydrolase family 3 domain-containing protein  39.77 
 
 
769 aa  463  1e-129  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00760548  normal  0.0240048 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4104  glycoside hydrolase family 3 domain protein  36.78 
 
 
738 aa  459  1e-127  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.28211  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3995  beta-D-glucoside glucohydrolase, periplasmic  38.35 
 
 
774 aa  457  1e-127  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000632005  normal  0.332036 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1375  glycoside hydrolase family 3 protein  39 
 
 
859 aa  455  1e-126  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0866514  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23450  beta-glucosidase-like glycosyl hydrolase  39.95 
 
 
773 aa  454  1e-126  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.594543  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2280  glycoside hydrolase family 3 domain protein  35.88 
 
 
799 aa  456  1e-126  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00208598 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3521  glycoside hydrolase family 3 protein  34.53 
 
 
766 aa  445  1e-123  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.656969  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2862  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34.05 
 
 
757 aa  444  1e-123  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.18832  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1370  Beta-glucosidase  37.98 
 
 
737 aa  445  1e-123  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2402  glycoside hydrolase family 3 domain protein  36.4 
 
 
769 aa  440  1e-122  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.452314  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0794  glycoside hydrolase family 3 domain protein  35.04 
 
 
801 aa  440  1e-122  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1567  glycoside hydrolase family 3 protein  34.25 
 
 
743 aa  442  1e-122  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.599534  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2497  glycoside hydrolase family 3 domain protein  35.02 
 
 
769 aa  436  1e-120  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1816  glycoside hydrolase family 3 domain protein  35.49 
 
 
751 aa  432  1e-120  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4366  glycoside hydrolase family 3 protein  34.85 
 
 
743 aa  432  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2050  glycoside hydrolase family 3 protein  37.01 
 
 
817 aa  432  1e-119  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2069  glycoside hydrolase family 3 domain protein  37.73 
 
 
760 aa  431  1e-119  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11570  beta-glucosidase-like glycosyl hydrolase  39.06 
 
 
785 aa  427  1e-118  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0110088 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3739  periplasmic beta-glucosidase  32.95 
 
 
740 aa  424  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.22686  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2404  periplasmic beta-glucosidase  35.76 
 
 
755 aa  424  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33140  beta-glucosidase-like glycosyl hydrolase  38.61 
 
 
791 aa  425  1e-117  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2400  periplasmic beta-glucosidase  35.76 
 
 
755 aa  425  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2355  periplasmic beta-glucosidase  35.63 
 
 
755 aa  422  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2512  periplasmic beta-glucosidase  35.63 
 
 
755 aa  422  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2311  periplasmic beta-glucosidase  35.63 
 
 
765 aa  422  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3638  glycoside hydrolase family 3 domain protein  33.29 
 
 
766 aa  416  1e-115  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456784  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0249  glycoside hydrolase family 3 protein  36.34 
 
 
750 aa  419  1e-115  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3463  glycoside hydrolase family 3 protein  35.79 
 
 
721 aa  417  1e-115  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1297  glycoside hydrolase family protein  34.65 
 
 
763 aa  417  1e-115  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00926582  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2731  beta-galactosidase  35.04 
 
 
772 aa  419  1e-115  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0841  beta-glucosidase, periplasmic  35.24 
 
 
765 aa  415  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2421  beta-glucosidase, periplasmic  35.24 
 
 
765 aa  415  1e-114  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0435  glycoside hydrolase family 3 protein  36.39 
 
 
789 aa  415  1e-114  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19810  beta-glucosidase  36.51 
 
 
739 aa  414  1e-114  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2267  beta-glucosidase, periplasmic  35.24 
 
 
765 aa  416  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0912  beta-glucosidase, periplasmic  35.11 
 
 
765 aa  414  1e-114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.611673 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02020  hypothetical protein  35.24 
 
 
765 aa  415  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1515  glycoside hydrolase family 3 protein  35.24 
 
 
765 aa  415  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02062  beta-D-glucoside glucohydrolase, periplasmic  35.24 
 
 
765 aa  415  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1525  glycoside hydrolase family 3 domain protein  35.24 
 
 
765 aa  416  1e-114  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2539  glycoside hydrolase family 3 domain protein  39.83 
 
 
760 aa  410  1e-113  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01600  beta-glucosidase-like glycosyl hydrolase  38.16 
 
 
798 aa  410  1e-113  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4290  beta-glucosidase  35.2 
 
 
765 aa  412  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3257  beta-glucosidase, periplasmic  35.11 
 
 
765 aa  410  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00621974 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4408  glycoside hydrolase family 3 protein  34.45 
 
 
763 aa  406  1e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.721312  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3993  glycoside hydrolase family protein  34.86 
 
 
753 aa  407  1e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.848681  normal  0.0961182 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4963  glycoside hydrolase family 3 protein  35.05 
 
 
765 aa  407  1e-112  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.337001  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5411  glycoside hydrolase family 3 domain protein  38.76 
 
 
751 aa  406  1e-112  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2531  glycoside hydrolase family 3 domain protein  38.5 
 
 
902 aa  407  1e-112  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0817  glycoside hydrolase family 3 protein  36.12 
 
 
738 aa  405  1e-111  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.306432 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1012  glycoside hydrolase family 3 domain protein  33.8 
 
 
804 aa  403  1e-111  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.722043  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4320  glycoside hydrolase family 3 protein  34.48 
 
 
763 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0593  glycoside hydrolase family 3 protein  35.88 
 
 
727 aa  404  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1403  periplasmic beta-glucosidase  34.36 
 
 
763 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0532  putative periplasmic beta-glucosidase  35.88 
 
 
727 aa  403  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1129  glycoside hydrolase family 3 domain protein  38.58 
 
 
760 aa  402  1e-111  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.993243  hitchhiker  0.000798883 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3237  glycoside hydrolase family 3 protein  36.01 
 
 
768 aa  405  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1547  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34.89 
 
 
768 aa  404  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1934  beta-glucosidase-like glycosidase  34.73 
 
 
787 aa  404  1e-111  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1371  glycoside hydrolase family 3 protein  34.69 
 
 
765 aa  401  1e-110  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3580  periplasmic beta-glucosidase  35.13 
 
 
764 aa  399  1e-110  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0326173  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1163  glycoside hydrolase family 3 domain protein  37.26 
 
 
762 aa  400  1e-110  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1044  glycoside hydrolase family 3 protein  34.88 
 
 
763 aa  402  1e-110  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1611  glycoside hydrolase family protein  37.9 
 
 
764 aa  400  1e-110  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3585  glycoside hydrolase family 3 domain protein  38.55 
 
 
811 aa  396  1e-109  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.162154  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2915  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34.51 
 
 
768 aa  396  1e-109  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42230  periplasmic beta-glucosidase  36.52 
 
 
764 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.33573  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0203  glycoside hydrolase family 3 domain protein  33.59 
 
 
712 aa  396  1e-109  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03740  beta-glucosidase-like glycosyl hydrolase  36.13 
 
 
765 aa  394  1e-108  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.653977 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0530  glycoside hydrolase family protein  33.96 
 
 
751 aa  394  1e-108  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.60857 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0692  glycoside hydrolase family 3 domain protein  37.63 
 
 
736 aa  396  1e-108  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0501235 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3136  glycoside hydrolase family 3 domain protein  36.44 
 
 
759 aa  395  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1982  glycoside hydrolase family 3 domain protein  37.8 
 
 
807 aa  390  1e-107  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.405653  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1014  glycoside hydrolase family protein  34.54 
 
 
772 aa  387  1e-106  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.285084  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5261  glycoside hydrolase family 3 domain protein  37.06 
 
 
806 aa  383  1e-105  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1132  glycoside hydrolase family 3 domain protein  33.59 
 
 
752 aa  381  1e-104  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.730093  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2729  Beta-glucosidase  36.23 
 
 
759 aa  378  1e-103  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.751661 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02217  beta-1,4-xylosidase (Eurofung)  34.41 
 
 
759 aa  379  1e-103  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.376318 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>