More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0964 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_0964  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
461 aa  895    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.64 
 
 
446 aa  250  4e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.615384  normal  0.623923 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3018  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.51 
 
 
450 aa  243  3.9999999999999997e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2138  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.77 
 
 
436 aa  228  1e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.87877  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5217  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.84 
 
 
444 aa  227  4e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09873  putative cell-cycle protein  30.54 
 
 
436 aa  226  8e-58  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.55826  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3762  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.42 
 
 
445 aa  223  4.9999999999999996e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0801202  hitchhiker  0.00083153 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.58 
 
 
480 aa  223  4.9999999999999996e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  36.8 
 
 
455 aa  219  7e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0579  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.57 
 
 
431 aa  215  9.999999999999999e-55  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.992157  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1594  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.68 
 
 
457 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1198  hypothetical protein  29.23 
 
 
454 aa  214  1.9999999999999998e-54  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0013516 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.33 
 
 
471 aa  210  4e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.03 
 
 
457 aa  210  4e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.27 
 
 
459 aa  209  9e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.37 
 
 
470 aa  208  2e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0494  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.5 
 
 
465 aa  204  3e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1891  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  36.48 
 
 
468 aa  202  9e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000460009  hitchhiker  0.0000000000638883 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  36.12 
 
 
471 aa  201  3e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2248  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.98 
 
 
485 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000793902  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.42 
 
 
509 aa  199  9e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1229  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.67 
 
 
476 aa  197  3e-49  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.39 
 
 
454 aa  197  4.0000000000000005e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2046  hypothetical protein  34.6 
 
 
454 aa  196  7e-49  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000839704 
 
 
-
 
NC_002936  DET1421  PP-loop family protein  32.27 
 
 
470 aa  195  1e-48  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2521  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.61 
 
 
476 aa  196  1e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000332242  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0228  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.23 
 
 
473 aa  194  3e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.95 
 
 
470 aa  192  1e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2474  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.42 
 
 
469 aa  192  1e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1265  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.66 
 
 
470 aa  192  1e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.265542  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  32.16 
 
 
464 aa  191  2e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.9 
 
 
472 aa  189  7e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2788  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.26 
 
 
469 aa  187  5e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1203  PP-loop  32.01 
 
 
476 aa  186  7e-46  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.67 
 
 
456 aa  186  9e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.180708  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.76 
 
 
476 aa  180  4.999999999999999e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.42 
 
 
481 aa  180  5.999999999999999e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0622  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.46 
 
 
456 aa  179  9e-44  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.336141  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.14 
 
 
462 aa  179  9e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0340332  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0139  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.06 
 
 
492 aa  176  7e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00237598  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2187  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  37.16 
 
 
444 aa  175  9.999999999999999e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.150034  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.84 
 
 
468 aa  175  1.9999999999999998e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0791  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.31 
 
 
458 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000325177  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.18 
 
 
476 aa  166  8e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.18 
 
 
476 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  30.32 
 
 
476 aa  162  1e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.95 
 
 
476 aa  162  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  30.32 
 
 
476 aa  161  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  30.32 
 
 
476 aa  161  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  30.32 
 
 
476 aa  161  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  30.32 
 
 
476 aa  161  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.54 
 
 
476 aa  161  2e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.32 
 
 
476 aa  161  2e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.56 
 
 
464 aa  160  4e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2662  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
474 aa  155  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0298541 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  34.39 
 
 
458 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144135  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.18 
 
 
486 aa  153  7e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1051  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.02 
 
 
442 aa  151  2e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1609  MesJ protein  35.67 
 
 
332 aa  152  2e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.368084 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1556  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.46 
 
 
306 aa  149  7e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0321  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  34.75 
 
 
682 aa  149  7e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.124455 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.41 
 
 
464 aa  149  1.0000000000000001e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.98 
 
 
449 aa  148  2.0000000000000003e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0704  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.53 
 
 
328 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0357  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.64 
 
 
414 aa  147  6e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173835  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  28.76 
 
 
449 aa  145  2e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.91 
 
 
472 aa  143  5e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175887  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1746  MesJ protein  33.89 
 
 
354 aa  143  6e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0093  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  22.58 
 
 
457 aa  140  4.999999999999999e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167197  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.42 
 
 
334 aa  140  4.999999999999999e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.070597 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0865  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  33.47 
 
 
676 aa  140  6e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000888188 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.65 
 
 
524 aa  138  2e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.64 
 
 
419 aa  138  3.0000000000000003e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3780  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.75 
 
 
336 aa  136  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.782786  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0872  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.37 
 
 
311 aa  132  1.0000000000000001e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.203605  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1815  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  22.93 
 
 
450 aa  132  1.0000000000000001e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.195712  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  22.58 
 
 
455 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0180  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.45 
 
 
326 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.591688  normal  0.364393 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.12 
 
 
462 aa  128  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0541  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.36 
 
 
336 aa  127  3e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.41194  normal  0.862893 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.34 
 
 
445 aa  126  9e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  28.44 
 
 
431 aa  125  1e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0185  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.1 
 
 
326 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0626  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.59 
 
 
325 aa  125  1e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0845  PP-loop  39.62 
 
 
323 aa  124  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.985439  hitchhiker  0.00439343 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0402  tRNA(Ile)-lysidine synthetase, MesJ  35.71 
 
 
430 aa  124  3e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0260657  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0106  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28 
 
 
489 aa  124  4e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.31319 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0148  MesJ/Ycf62 family protein  26.08 
 
 
432 aa  124  5e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.09 
 
 
321 aa  123  6e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.37 
 
 
521 aa  122  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0012  putative cell-cycle protein, MesJ/Ycf62 family  25.51 
 
 
421 aa  121  3e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  32.4 
 
 
431 aa  120  6e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2997  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.35 
 
 
323 aa  120  7e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1805  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.82 
 
 
439 aa  119  9e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.193318  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3251  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.61 
 
 
344 aa  119  9e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0128413  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1429  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.24 
 
 
334 aa  118  1.9999999999999998e-25  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.41369 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0511  PP-loop  34.75 
 
 
342 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0504  tRNA(Ile)-lysidine synthase  32.69 
 
 
331 aa  119  1.9999999999999998e-25  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4955  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.63 
 
 
324 aa  118  1.9999999999999998e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00345657  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0579  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.75 
 
 
325 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.391449  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>