112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0709 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_0709  protein of unknown function DUF448  100 
 
 
98 aa  196  6e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07830  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  41.11 
 
 
90 aa  77  0.00000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0924  hypothetical protein  47.13 
 
 
92 aa  76.6  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000861315  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1664  protein of unknown function DUF448  51.28 
 
 
95 aa  76.3  0.0000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000838952  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1133  hypothetical protein  46.24 
 
 
104 aa  75.9  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0000628403  normal  0.789236 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3750  hypothetical protein  45.05 
 
 
118 aa  75.1  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00136006  unclonable  0.0000107528 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3678  protein of unknown function DUF448  46.58 
 
 
89 aa  75.1  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000159696  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0995  protein of unknown function DUF448  50 
 
 
95 aa  73.6  0.0000000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000159922  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0898  hypothetical protein  53.73 
 
 
93 aa  73.6  0.000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0615724  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0474  hypothetical protein  45.05 
 
 
107 aa  72.8  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000988639  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3682  protein of unknown function DUF448  40.22 
 
 
108 aa  73.2  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000895939  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0455  protein of unknown function DUF448  36.05 
 
 
90 aa  72  0.000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0993  hypothetical protein  37.04 
 
 
92 aa  69.7  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000000776447  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1474  protein of unknown function DUF448  52.44 
 
 
101 aa  69.3  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00145328  unclonable  0.00000273772 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1959  hypothetical protein  45.21 
 
 
88 aa  68.6  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0352105  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1207  protein of unknown function DUF448  42.86 
 
 
98 aa  69.3  0.00000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000602769  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1433  protein of unknown function DUF448  42.31 
 
 
93 aa  68.2  0.00000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00060627  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0984  hypothetical protein  37.35 
 
 
104 aa  67  0.00000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0693423  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2045  protein of unknown function DUF448  38.89 
 
 
96 aa  67  0.00000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0875  hypothetical protein  36.9 
 
 
104 aa  66.2  0.0000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00646034  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0608  protein of unknown function DUF448  37.04 
 
 
88 aa  64.7  0.0000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000166199  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1048  hypothetical protein  45.68 
 
 
93 aa  63.9  0.0000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000000486204  unclonable  0.00000000911443 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1153  protein of unknown function DUF448  44.44 
 
 
96 aa  63.9  0.0000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000421176  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2982  protein of unknown function DUF448  47.14 
 
 
197 aa  63.5  0.0000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.54059e-28 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1442  protein of unknown function DUF448  49.06 
 
 
91 aa  63.2  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0162227  normal  0.205781 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3190  protein of unknown function DUF448  39.44 
 
 
89 aa  63.2  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000866759  normal  0.144703 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1660  hypothetical protein  37.66 
 
 
88 aa  62  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1301  protein of unknown function DUF448  45.71 
 
 
197 aa  62.4  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000545277  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1587  ribosomal protein L7Ae family protein  46.38 
 
 
205 aa  61.6  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00501586  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1942  hypothetical protein  37.66 
 
 
88 aa  62  0.000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2467  hypothetical protein  52.73 
 
 
93 aa  61.2  0.000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000893193  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1647  hypothetical protein  39.08 
 
 
90 aa  60.5  0.000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00356058  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0911  protein of unknown function DUF448  39.74 
 
 
100 aa  60.1  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0697  hypothetical protein  31.46 
 
 
100 aa  58.9  0.00000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000302892  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08050  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  42.03 
 
 
105 aa  59.3  0.00000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.241726  normal  0.0903759 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1900  hypothetical protein  38.1 
 
 
197 aa  58.5  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0283041  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2776  hypothetical protein  33.33 
 
 
91 aa  58.2  0.00000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000158399  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1331  hypothetical protein  47.27 
 
 
90 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014271  hitchhiker  0.0000760943 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1811  protein of unknown function DUF448  41.18 
 
 
95 aa  57  0.00000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.391163  normal  0.635855 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0812  nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  32.56 
 
 
98 aa  56.2  0.0000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00180555  hitchhiker  0.00771974 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0496  protein of unknown function DUF448  51.85 
 
 
86 aa  56.6  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.85619 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3853  hypothetical protein  52 
 
 
90 aa  55.5  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000207203  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3666  hypothetical protein  52 
 
 
93 aa  55.8  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000614384  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3556  hypothetical protein  52 
 
 
93 aa  55.8  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000244888  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3574  hypothetical protein  52 
 
 
93 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000033301  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3952  hypothetical protein  52 
 
 
90 aa  55.5  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000117603  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3862  hypothetical protein  52 
 
 
90 aa  55.5  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000195024  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3913  hypothetical protein  52 
 
 
90 aa  55.5  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0074087  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3827  hypothetical protein  52 
 
 
90 aa  55.5  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.33695e-63 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3637  hypothetical protein  50 
 
 
90 aa  55.5  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000118018  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10310  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  42.31 
 
 
101 aa  53.5  0.0000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.277899  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1516  hypothetical protein  44.74 
 
 
113 aa  53.5  0.0000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.665046  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3967  NusA domain protein  41.43 
 
 
524 aa  53.5  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.882559  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1235  hypothetical protein  43.06 
 
 
93 aa  52.8  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.0000252033  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0815  hypothetical protein  29.55 
 
 
108 aa  52.4  0.000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.183473  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1326  hypothetical protein  41.1 
 
 
110 aa  52.4  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.940508  normal  0.0110946 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1668  protein of unknown function DUF448  43.75 
 
 
203 aa  52.8  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0060  protein of unknown function DUF448  46.94 
 
 
81 aa  51.6  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1050  protein of unknown function DUF448  36.11 
 
 
74 aa  52  0.000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000103013  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0962  hypothetical protein  37.65 
 
 
200 aa  50.8  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.342649  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0834  hypothetical protein  40 
 
 
94 aa  49.7  0.00001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1585  50S ribosomal protein L7AE  41.79 
 
 
205 aa  49.7  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0618553  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2432  hypothetical protein  47.27 
 
 
76 aa  49.7  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.489483  normal  0.511781 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1369  hypothetical protein  38.36 
 
 
110 aa  49.7  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.101372  normal  0.315015 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0431  nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  40.38 
 
 
113 aa  48.9  0.00002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.219386  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3191  hypothetical protein  42.65 
 
 
121 aa  49.3  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0484854  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2090  protein of unknown function DUF448  48.48 
 
 
84 aa  48.9  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.458197  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1327  hypothetical protein  29.87 
 
 
94 aa  48.1  0.00004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1353  hypothetical protein  29.87 
 
 
94 aa  48.1  0.00004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1554  L7Ae family ribosomal protein  38.81 
 
 
212 aa  47.8  0.00005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000328024  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0379  hypothetical protein  31.33 
 
 
98 aa  46.6  0.0001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2317  protein of unknown function DUF448  41.18 
 
 
179 aa  46.6  0.0001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000982991  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3854  protein of unknown function DUF448  40 
 
 
226 aa  46.6  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.785086  normal  0.0743558 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1060  hypothetical protein  38.64 
 
 
97 aa  46.6  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0185112  normal  0.0579872 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0335  hypothetical protein  25 
 
 
95 aa  45.8  0.0002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1357  nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  31.71 
 
 
91 aa  45.8  0.0002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16151  nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  39.73 
 
 
92 aa  45.4  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2514  hypothetical protein  43.86 
 
 
83 aa  45.4  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0777  nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  37.04 
 
 
93 aa  45.1  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.894427  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0381  hypothetical protein  45.45 
 
 
98 aa  45.1  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04141  nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  39.39 
 
 
92 aa  44.7  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3440  hypothetical protein  39.51 
 
 
240 aa  45.1  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.21121  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0598  hypothetical protein  43.55 
 
 
90 aa  44.7  0.0005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2490  protein of unknown function DUF448  36 
 
 
128 aa  44.3  0.0006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2313  hypothetical protein  34.44 
 
 
120 aa  43.5  0.0009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.13241  normal  0.0425099 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1869  hypothetical protein  39.39 
 
 
89 aa  43.5  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0219987  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16841  nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  31.88 
 
 
90 aa  43.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0341697  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3817  hypothetical protein  34.85 
 
 
246 aa  43.5  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.429858  normal  0.0234215 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0611  hypothetical protein  46.67 
 
 
252 aa  42  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0129859  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1415  hypothetical protein  38.89 
 
 
130 aa  42.4  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00199803  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16971  nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  31.88 
 
 
90 aa  42.7  0.002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0208572  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2064  hypothetical protein  42.86 
 
 
147 aa  42.7  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4040  hypothetical protein  40.54 
 
 
120 aa  42.7  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0434499  normal  0.402305 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07000  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  39.66 
 
 
113 aa  42.4  0.002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.485696  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2205  protein of unknown function DUF448  40.62 
 
 
139 aa  42.4  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000000579062  decreased coverage  0.000388749 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2081  hypothetical protein  42.86 
 
 
124 aa  42  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2127  hypothetical protein  42.86 
 
 
124 aa  42  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.144756  decreased coverage  0.00998453 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1714  protein of unknown function DUF448  43.4 
 
 
81 aa  41.6  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf786  putative transcription termination factor  31.03 
 
 
105 aa  42  0.003  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7743  protein of unknown function DUF448  40 
 
 
79 aa  42  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>