More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0626 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
633 aa  1302    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  44.35 
 
 
607 aa  563  1.0000000000000001e-159  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  44.99 
 
 
610 aa  553  1e-156  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  45.15 
 
 
609 aa  555  1e-156  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  43.89 
 
 
610 aa  546  1e-154  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  43.59 
 
 
610 aa  537  1e-151  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  42.35 
 
 
610 aa  526  1e-148  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  43.24 
 
 
610 aa  522  1e-147  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  40.51 
 
 
637 aa  496  1e-139  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.564435 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  40.1 
 
 
603 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  38.67 
 
 
603 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  38.68 
 
 
603 aa  430  1e-119  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2750  putative AMP-binding enzyme  36.74 
 
 
611 aa  406  1.0000000000000001e-112  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2236  AMP-dependent synthetase and ligase  37.4 
 
 
660 aa  408  1.0000000000000001e-112  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.83669 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  37.54 
 
 
633 aa  401  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.6 
 
 
602 aa  400  9.999999999999999e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  37.97 
 
 
602 aa  401  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  39.02 
 
 
592 aa  397  1e-109  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.82 
 
 
601 aa  395  1e-108  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0673  AMP-dependent synthetase and ligase  38.27 
 
 
602 aa  395  1e-108  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0141445 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3057  AMP-dependent synthetase and ligase  38.74 
 
 
605 aa  389  1e-107  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0377  AMP-dependent synthetase and ligase  37.33 
 
 
652 aa  387  1e-106  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  35.26 
 
 
598 aa  387  1e-106  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2212  AMP-dependent synthetase and ligase  35.99 
 
 
685 aa  385  1e-105  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.169636 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  36.32 
 
 
587 aa  385  1e-105  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2597  long-chain fatty-acid-CoA ligase  38.87 
 
 
602 aa  380  1e-104  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.366446 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0078  AMP-dependent synthetase and ligase  38.22 
 
 
597 aa  381  1e-104  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0076  AMP-dependent synthetase and ligase  38.22 
 
 
597 aa  380  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  38.22 
 
 
597 aa  380  1e-104  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0335816 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  35.62 
 
 
623 aa  379  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0075  AMP-binding family protein  37.98 
 
 
568 aa  376  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  36.32 
 
 
622 aa  377  1e-103  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  37.2 
 
 
605 aa  377  1e-103  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3572  AMP-dependent synthetase and ligase  37.37 
 
 
604 aa  376  1e-103  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0299599  normal  0.131149 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2186  AMP-dependent synthetase and ligase  35.65 
 
 
669 aa  376  1e-103  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.197211  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0061  AMP-dependent synthetase and ligase  37.94 
 
 
598 aa  373  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.783683  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1523  AMP-dependent synthetase and ligase  35.93 
 
 
599 aa  375  1e-102  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  36.38 
 
 
649 aa  369  1e-101  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  36.62 
 
 
606 aa  370  1e-101  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2120  AMP-dependent synthetase and ligase  35.97 
 
 
672 aa  369  1e-101  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.342483  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  35.69 
 
 
618 aa  372  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0077  AMP-dependent synthetase and ligase  38.01 
 
 
601 aa  371  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0072  AMP-dependent synthetase and ligase  37.44 
 
 
597 aa  372  1e-101  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  37.48 
 
 
596 aa  372  1e-101  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1442  AMP-dependent synthetase and ligase  37.63 
 
 
603 aa  370  1e-101  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526185  normal  0.152333 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0747  AMP-dependent synthetase and ligase  35.19 
 
 
602 aa  369  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  36.67 
 
 
601 aa  371  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4274  AMP-dependent synthetase and ligase  38.01 
 
 
601 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  38.37 
 
 
610 aa  372  1e-101  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  34.22 
 
 
594 aa  370  1e-101  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  37.84 
 
 
604 aa  367  1e-100  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  37.97 
 
 
604 aa  367  1e-100  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3532  AMP-dependent synthetase and ligase  37.79 
 
 
601 aa  367  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  37.52 
 
 
604 aa  366  1e-100  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  35.21 
 
 
626 aa  369  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3402  AMP binding protein  37.79 
 
 
601 aa  367  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2933  AMP binding protein  37.63 
 
 
588 aa  367  1e-100  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.617922  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  36.72 
 
 
620 aa  366  1e-100  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  36.31 
 
 
606 aa  366  1e-100  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0075  AMP-dependent synthetase and ligase  37.84 
 
 
601 aa  369  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  37.94 
 
 
601 aa  369  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  36.23 
 
 
592 aa  365  1e-99  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4459  AMP-dependent synthetase and ligase  36.89 
 
 
598 aa  365  1e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.704147 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  36.46 
 
 
606 aa  365  1e-99  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  34.62 
 
 
607 aa  365  1e-99  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  36.93 
 
 
592 aa  363  3e-99  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  35.91 
 
 
608 aa  363  5.0000000000000005e-99  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  35.47 
 
 
612 aa  362  8e-99  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0545  AMP-dependent synthetase and ligase  36.83 
 
 
649 aa  362  1e-98  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2003  AMP-dependent synthetase and ligase  36.96 
 
 
606 aa  360  4e-98  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0649106  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2556  AMP-dependent synthetase and ligase  36.89 
 
 
660 aa  360  4e-98  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3606  AMP-dependent synthetase and ligase  35.82 
 
 
601 aa  358  9.999999999999999e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3277  AMP-dependent synthetase and ligase  37.52 
 
 
599 aa  358  1.9999999999999998e-97  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0595  AMP-dependent synthetase and ligase  36.54 
 
 
601 aa  358  1.9999999999999998e-97  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15760  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  35.02 
 
 
606 aa  358  1.9999999999999998e-97  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.120658  normal  0.270208 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  36.42 
 
 
598 aa  358  1.9999999999999998e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218056  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  36.93 
 
 
595 aa  357  5e-97  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  33.49 
 
 
590 aa  357  5e-97  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  38.91 
 
 
612 aa  356  5.999999999999999e-97  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0962  AMP-dependent synthetase and ligase  37.26 
 
 
604 aa  356  7.999999999999999e-97  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.182465  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3051  AMP-dependent synthetase and ligase  36.62 
 
 
605 aa  356  8.999999999999999e-97  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00585755  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4860  AMP-dependent synthetase and ligase  35.98 
 
 
598 aa  354  2.9999999999999997e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0825  AMP-dependent synthetase and ligase  35.89 
 
 
601 aa  353  5e-96  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2424  AMP-dependent synthetase and ligase  34.83 
 
 
649 aa  352  1e-95  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2070  AMP-dependent synthetase and ligase  35.66 
 
 
600 aa  352  1e-95  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.432369  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0779  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.78 
 
 
614 aa  352  1e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.546194  hitchhiker  0.00265448 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2191  AMP-dependent synthetase and ligase  35.97 
 
 
605 aa  351  2e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3509  AMP-dependent synthetase and ligase  37.23 
 
 
599 aa  351  2e-95  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.0246515 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0633  AMP-dependent synthetase and ligase  36.1 
 
 
601 aa  350  3e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.178096  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3973  AMP-dependent synthetase and ligase  35.75 
 
 
597 aa  350  4e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  35.83 
 
 
622 aa  350  5e-95  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1901  AMP-dependent synthetase and ligase  36.64 
 
 
606 aa  349  8e-95  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.122495  hitchhiker  0.0000327223 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0623  AMP-dependent synthetase and ligase  34.99 
 
 
647 aa  349  9e-95  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431706  normal  0.0874065 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  33.23 
 
 
590 aa  348  1e-94  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3113  AMP-dependent synthetase and ligase  36.04 
 
 
600 aa  348  2e-94  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  35.61 
 
 
630 aa  347  3e-94  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  34.8 
 
 
596 aa  347  3e-94  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  36.15 
 
 
599 aa  347  4e-94  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1398  AMP-dependent synthetase and ligase  35.59 
 
 
602 aa  347  4e-94  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3549  AMP-dependent synthetase and ligase  36.59 
 
 
602 aa  347  4e-94  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.821705  normal  0.444689 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>