More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0453 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  100 
 
 
681 aa  1378    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  44.58 
 
 
714 aa  524  1e-147  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  42.81 
 
 
754 aa  502  1e-140  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2812  UvrD/REP helicase  42.57 
 
 
719 aa  471  1.0000000000000001e-131  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0071  UvrD/REP helicase  43.3 
 
 
768 aa  466  9.999999999999999e-131  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1306  ATP-dependent DNA helicase  44.3 
 
 
702 aa  465  1e-129  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0100895  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1967  UvrD/REP helicase  41.85 
 
 
789 aa  455  1.0000000000000001e-126  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3571  ATP-dependent DNA helicase UvrD  40.56 
 
 
719 aa  455  1.0000000000000001e-126  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0232  UvrD/REP helicase  43.33 
 
 
702 aa  453  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0283  UvrD/REP helicase  42.47 
 
 
725 aa  450  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638383  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3457  UvrD/REP helicase  41.99 
 
 
700 aa  447  1.0000000000000001e-124  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2469  UvrD/REP helicase  42.19 
 
 
724 aa  447  1.0000000000000001e-124  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.5744  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5901  UvrD/REP helicase  40.44 
 
 
689 aa  442  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361362  normal  0.5857 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0683  UvrD/REP helicase  38.94 
 
 
669 aa  445  1e-123  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2021  UvrD/REP helicase  40.35 
 
 
745 aa  439  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.581041 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7513  ATP-dependent DNA helicase Rep  42.35 
 
 
686 aa  440  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.556127  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1808  UvrD/REP helicase  40.71 
 
 
725 aa  441  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2052  UvrD/REP helicase  40.17 
 
 
726 aa  440  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.322566  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2122  UvrD/REP helicase  40.71 
 
 
726 aa  440  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370294  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0230  UvrD/REP helicase  40.64 
 
 
686 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3142  UvrD/REP helicase  40.67 
 
 
687 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.345803  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0258  UvrD/REP helicase  40.22 
 
 
685 aa  433  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1045  putative DNA helicase  41.42 
 
 
708 aa  432  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2939  UvrD/REP helicase  41.42 
 
 
720 aa  428  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.632064  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05321  ATP-dependent DNA helicase II protein  41.3 
 
 
710 aa  422  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314896  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2743  UvrD/REP helicase  39.82 
 
 
688 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4158  UvrD/REP helicase  39.22 
 
 
668 aa  420  1e-116  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3295  UvrD/REP helicase  39.4 
 
 
717 aa  422  1e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.763792  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0402  UvrD/REP helicase  43.06 
 
 
712 aa  421  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2701  UvrD/REP helicase  39.33 
 
 
686 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.311884  normal  0.28531 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3768  UvrD/REP helicase  39.6 
 
 
689 aa  419  1e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.528765  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0548  UvrD/REP helicase  41.19 
 
 
745 aa  422  1e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.254513  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0801  UvrD/REP helicase  40.93 
 
 
750 aa  419  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.205146 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  38.08 
 
 
655 aa  416  9.999999999999999e-116  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3335  UvrD/REP helicase  39.87 
 
 
694 aa  414  1e-114  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.667259 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0254  UvrD/REP helicase  35.37 
 
 
742 aa  410  1e-113  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.016007  decreased coverage  0.00234339 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4241  UvrD/REP helicase  41.31 
 
 
716 aa  408  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4129  UvrD/REP helicase  41.31 
 
 
716 aa  408  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.248722  normal  0.188822 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2745  UvrD/REP helicase  39.66 
 
 
687 aa  398  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223218  normal  0.57974 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1017  UvrD/REP helicase  36.02 
 
 
733 aa  396  1e-109  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0721  UvrD/REP helicase  34.31 
 
 
656 aa  391  1e-107  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  36.56 
 
 
648 aa  391  1e-107  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  36.56 
 
 
648 aa  391  1e-107  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0594  UvrD/REP helicase  40.16 
 
 
676 aa  390  1e-107  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0796  UvrD/REP helicase  35.23 
 
 
706 aa  388  1e-106  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.573798  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.19 
 
 
718 aa  374  1e-102  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  38.28 
 
 
707 aa  363  8e-99  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0779  UvrD/REP helicase  33.28 
 
 
630 aa  362  2e-98  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0652  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.78 
 
 
786 aa  359  9.999999999999999e-98  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.782155  normal  0.523807 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.68 
 
 
751 aa  358  1.9999999999999998e-97  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.62 
 
 
751 aa  355  1e-96  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  33.78 
 
 
769 aa  354  2.9999999999999997e-96  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.14 
 
 
785 aa  350  6e-95  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  37.13 
 
 
739 aa  348  3e-94  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.24 
 
 
732 aa  348  3e-94  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5235  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.59 
 
 
781 aa  348  3e-94  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00141788 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.14 
 
 
755 aa  346  8.999999999999999e-94  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.46 
 
 
768 aa  346  1e-93  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  36.01 
 
 
762 aa  346  1e-93  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.18 
 
 
730 aa  344  2.9999999999999997e-93  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.18 
 
 
730 aa  344  2.9999999999999997e-93  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0381  UvrD/REP helicase  36.59 
 
 
688 aa  343  8e-93  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0971471 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  37.04 
 
 
768 aa  342  2e-92  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.9 
 
 
741 aa  341  2e-92  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  33.28 
 
 
735 aa  340  5e-92  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.93 
 
 
754 aa  339  9e-92  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.08 
 
 
729 aa  338  1.9999999999999998e-91  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.35 
 
 
756 aa  337  2.9999999999999997e-91  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  34.7 
 
 
787 aa  337  3.9999999999999995e-91  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  35.06 
 
 
789 aa  337  5e-91  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.33 
 
 
753 aa  336  7e-91  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.28 
 
 
747 aa  336  7e-91  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.33 
 
 
753 aa  336  7e-91  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3788  UvrD/REP helicase  34.09 
 
 
755 aa  336  9e-91  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.98 
 
 
765 aa  335  1e-90  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  33.69 
 
 
749 aa  335  1e-90  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.49 
 
 
747 aa  335  2e-90  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  33.49 
 
 
753 aa  334  3e-90  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  33.49 
 
 
751 aa  334  3e-90  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.49 
 
 
751 aa  334  3e-90  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.49 
 
 
751 aa  334  3e-90  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  36.75 
 
 
744 aa  334  4e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  35.26 
 
 
705 aa  333  8e-90  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.33 
 
 
747 aa  332  1e-89  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.82 
 
 
729 aa  332  1e-89  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2863  ATP-dependent DNA helicase UvrD  35.78 
 
 
725 aa  332  1e-89  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.33 
 
 
751 aa  332  2e-89  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0563  UvrD/REP helicase  34.96 
 
 
743 aa  332  2e-89  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0641932  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.66 
 
 
742 aa  330  4e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04260  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.63 
 
 
858 aa  330  4e-89  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3589  UvrD/REP helicase  36.75 
 
 
746 aa  330  4e-89  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0116142  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.25 
 
 
741 aa  330  5.0000000000000004e-89  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  36.83 
 
 
706 aa  330  6e-89  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5987  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.51 
 
 
851 aa  330  6e-89  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0573497  normal  0.0186357 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  36.89 
 
 
728 aa  330  7e-89  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4600  UvrD/REP helicase  36.2 
 
 
758 aa  329  9e-89  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000134986  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0825  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.25 
 
 
694 aa  329  1.0000000000000001e-88  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  33.43 
 
 
757 aa  328  2.0000000000000001e-88  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  35.89 
 
 
736 aa  328  2.0000000000000001e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1146  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.02 
 
 
725 aa  327  4.0000000000000003e-88  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>