More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0352 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_0352  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 
347 aa  692  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00162695  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  39.36 
 
 
353 aa  199  8e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  38.3 
 
 
348 aa  197  3e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  38.62 
 
 
368 aa  187  2e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13150  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 
344 aa  185  1e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  36.84 
 
 
331 aa  185  1e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2358  LacI family transcription regulator  39.47 
 
 
339 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2972  LacI family transcription regulator  39.47 
 
 
339 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  38.3 
 
 
336 aa  182  9e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2992  LacI family transcription regulator  39.18 
 
 
339 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  37.61 
 
 
338 aa  181  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1333  transcriptional regulator, LacI family  38.19 
 
 
347 aa  180  3e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00834702  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2882  LacI family transcription regulator  38.89 
 
 
339 aa  180  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0150  LacI family transcription regulator  38.37 
 
 
328 aa  179  5e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.998709 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  34.97 
 
 
342 aa  179  6e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  40.64 
 
 
349 aa  179  6e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6321  LacI family transcription regulator  39.18 
 
 
339 aa  179  7e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.804003  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  38.42 
 
 
337 aa  179  7e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  36.28 
 
 
328 aa  179  7e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2170  LacI family transcription regulator  36.25 
 
 
366 aa  179  7e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.626121  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.58 
 
 
333 aa  179  7e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3019  LacI family transcription regulator  38.89 
 
 
339 aa  179  7e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.241706  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  31.67 
 
 
335 aa  178  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  34.58 
 
 
333 aa  178  1e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2967  LacI family transcription regulator  39.18 
 
 
339 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.873465  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  34.01 
 
 
338 aa  178  2e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  36.1 
 
 
358 aa  177  3e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4284  LacI family transcription regulator  37.72 
 
 
328 aa  176  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.46504 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  35.71 
 
 
341 aa  176  5e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  1.81496e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4797  LacI family transcription regulator  38.9 
 
 
336 aa  176  7e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.184791  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0975  transcriptional regulator, LacI family  39.77 
 
 
338 aa  176  7e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0425  transcriptional regulator, LacI family  37.72 
 
 
328 aa  176  7e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.401963 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.72 
 
 
338 aa  175  9e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  1.74135e-05 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  33.92 
 
 
332 aa  174  2e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.24 
 
 
337 aa  174  3e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  33.92 
 
 
332 aa  173  3e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  33.63 
 
 
332 aa  173  4e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  33.63 
 
 
332 aa  173  4e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  33.63 
 
 
332 aa  173  5e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  33.63 
 
 
332 aa  173  5e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  30.84 
 
 
333 aa  173  5e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  35.48 
 
 
340 aa  173  5e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3308  LacI family transcription regulator  37.18 
 
 
346 aa  172  6e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  33.63 
 
 
332 aa  172  6e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.92 
 
 
336 aa  172  7e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3608  transcriptional regulator, LacI family  39.38 
 
 
339 aa  172  7e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.024376  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  33.63 
 
 
332 aa  172  9e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6713  transcriptional regulator, LacI family  38.12 
 
 
342 aa  172  1e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.781502  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  34.2 
 
 
341 aa  172  1e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1943  transcriptional regulator, LacI family  38.62 
 
 
347 aa  171  2e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.102269 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  33.03 
 
 
355 aa  171  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  34.9 
 
 
333 aa  171  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  7.82419e-07 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  34.99 
 
 
336 aa  171  2e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  38.41 
 
 
333 aa  171  2e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  1.8406e-05 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  32.75 
 
 
332 aa  170  3e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  1.52618e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8123  transcriptional regulator, LacI family  36.05 
 
 
358 aa  170  3e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0592322  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  33.33 
 
 
332 aa  170  3e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  36.68 
 
 
339 aa  170  3e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  39 
 
 
346 aa  170  3e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  32.28 
 
 
334 aa  170  4e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  33.23 
 
 
334 aa  170  4e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0300  LacI family transcription regulator  36.81 
 
 
339 aa  169  4e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  35.57 
 
 
344 aa  169  6e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0907  LacI family transcription regulator  37.25 
 
 
341 aa  169  6e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.625918  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.26 
 
 
335 aa  169  7e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  38.04 
 
 
362 aa  169  7e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4368  transcriptional regulator, LacI family  38.37 
 
 
347 aa  169  7e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.0119453 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  32.75 
 
 
332 aa  169  7e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3175  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.96 
 
 
347 aa  169  9e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2475  transcriptional regulator, LacI family  37.1 
 
 
340 aa  168  1e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  2.32076e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3109  transcriptional regulator, LacI family  36.31 
 
 
337 aa  168  1e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0309  transcriptional regulator, LacI family  39 
 
 
346 aa  168  1e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  34.49 
 
 
352 aa  167  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  34.8 
 
 
341 aa  167  3e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  31.59 
 
 
341 aa  167  3e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  34.71 
 
 
334 aa  167  3e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3062  LacI family transcription regulator  38.41 
 
 
339 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0454  LacI family transcription regulator  38.3 
 
 
339 aa  166  4e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2253  LacI family transcription regulator  38.41 
 
 
339 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0528  LacI family transcription regulator  38.41 
 
 
339 aa  166  4e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.271507  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0349  LacI family transcription regulator  38.41 
 
 
339 aa  166  4e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.912669  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3388  LacI family transcription regulator  38.41 
 
 
339 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0336  LacI family transcription regulator  38.41 
 
 
339 aa  166  4e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.543467  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2031  LacI family transcription regulator  38.41 
 
 
339 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  35.06 
 
 
333 aa  166  7e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  4.003e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  32.95 
 
 
337 aa  166  7e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  30.88 
 
 
336 aa  166  8e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  33.24 
 
 
340 aa  165  9e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0397  LacI family transcription regulator  37.27 
 
 
371 aa  165  1e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0663  transcriptional regulator, LacI family  35.13 
 
 
338 aa  164  1e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.46 
 
 
336 aa  165  1e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  3.48221e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7053  LacI family transcription regulator  40.49 
 
 
350 aa  165  1e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  36.26 
 
 
355 aa  164  2e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3040  transcriptional regulator, LacI family  38.01 
 
 
339 aa  164  2e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2686  transcriptional regulator, LacI family  36.49 
 
 
340 aa  164  2e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3283  transcriptional regulator, LacI family  37.13 
 
 
354 aa  164  2e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.371514 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4388  LacI family transcription regulator  39.76 
 
 
329 aa  164  2e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2505  LacI family transcription regulator  30.03 
 
 
342 aa  164  2e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4475  LacI family transcription regulator  39.76 
 
 
329 aa  164  2e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4769  LacI family transcription regulator  39.76 
 
 
329 aa  164  2e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>