More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0330 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_5935  TonB-dependent receptor plug  36.87 
 
 
1097 aa  677  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545401  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0330  TonB-dependent outer membrane receptor precursor  100 
 
 
1041 aa  2108  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000673436  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1306  TonB-dependent receptor plug  34.32 
 
 
1100 aa  565  1e-159  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.634411 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2076  hypothetical protein  35.27 
 
 
1074 aa  563  1e-159  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0171  hypothetical protein  33.21 
 
 
1077 aa  544  1e-153  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3010  hypothetical protein  33.3 
 
 
1129 aa  533  1e-150  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3841  hypothetical protein  33.43 
 
 
1105 aa  497  1e-139  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5072  OmpA-related protein  31.02 
 
 
1125 aa  490  1e-137  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.813038  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2739  TonB-dependent receptor plug  32.36 
 
 
1074 aa  487  1e-136  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.84904  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3920  hypothetical protein  31.49 
 
 
1071 aa  474  1e-132  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.818859  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01318  TonB-dependent outer membrane Receptor/Oar-like protein  32.65 
 
 
1056 aa  470  1e-131  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.529934  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1376  TonB-dependent outer membrane receptor  31.28 
 
 
1081 aa  456  1e-126  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00784128  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0143  Oar protein  31.79 
 
 
1068 aa  451  1e-125  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0467162  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0368  OmpA family Oar-like outer membrane protein protein  29.75 
 
 
1066 aa  376  1e-102  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.73574  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00733  putative Outer membrane protein with a TonB box  29.94 
 
 
1057 aa  372  1e-101  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.250529  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1968  putative OmpA family protein  29.09 
 
 
1051 aa  367  1e-100  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0536  OmpA family Oar-like outer membrane protein protein  28.1 
 
 
1008 aa  353  1e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2744  putative outer membrane protein with a TonB box  29.41 
 
 
1061 aa  340  9e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.111846 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1116  TonB-dependent receptor, plug  29.93 
 
 
1116 aa  337  5e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.880967  normal  0.249969 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3450  hypothetical protein  27.21 
 
 
1068 aa  286  1e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0554556 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5296  hypothetical protein  26.13 
 
 
1071 aa  255  2e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.774342  normal  0.228264 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3262  hypothetical protein  25.94 
 
 
1067 aa  252  3e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0985  hypothetical protein  25.83 
 
 
1052 aa  241  6e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0594  hypothetical protein  25.77 
 
 
1053 aa  237  8e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0637  hypothetical protein  29.49 
 
 
1066 aa  228  6e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0627569 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0315  hypothetical protein  23.48 
 
 
1125 aa  140  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.269975  normal  0.693881 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3841  TonB-dependent receptor  22.8 
 
 
1123 aa  134  7e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0783  TonB-dependent receptor  25.15 
 
 
1041 aa  132  3e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.149411  normal  0.179647 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1549  TonB-dependent receptor  24.12 
 
 
1065 aa  124  1e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.114571 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1545  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 
1105 aa  119  4e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.222059 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3218  hypothetical protein  25.61 
 
 
1075 aa  119  4e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.158023  normal  0.188502 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0933  Cna B-type protein  22.7 
 
 
1194 aa  111  8e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000219871  decreased coverage  0.000250734 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3525  Cna B-type protein  22.46 
 
 
966 aa  110  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3840  hypothetical protein  25.22 
 
 
1122 aa  110  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0638  hypothetical protein  24.56 
 
 
1069 aa  110  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  4.6909e-05  normal  0.0437117 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3895  TonB-dependent receptor  22.39 
 
 
1149 aa  107  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0561409 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1678  hypothetical protein  24.74 
 
 
986 aa  106  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3506  Cna B-type protein  23.41 
 
 
1195 aa  105  3e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.378795  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0348  hypothetical protein  26.19 
 
 
1008 aa  105  5e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.300848  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0417  TonB-dependent receptor  23.33 
 
 
1167 aa  104  8e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0498154 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0313  TonB-dependent receptor  26.73 
 
 
1008 aa  101  9e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2685  TonB-dependent receptor  22.95 
 
 
1026 aa  101  9e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3831  hypothetical protein  22.26 
 
 
1141 aa  98.2  7e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0885568  normal  0.451604 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0918  Cna B-type protein  27.92 
 
 
1203 aa  97.1  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.133902  normal  0.024731 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1015  TonB-dependent receptor  24.49 
 
 
1016 aa  95.1  6e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.501659  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00878  TonB-dependent outer membrane receptor  24.11 
 
 
992 aa  93.6  2e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.556038  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1538  TonB-dependent receptor  28.27 
 
 
1232 aa  92.8  3e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000318851  normal  0.580638 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4154  TonB-dependent receptor  27.36 
 
 
1206 aa  92.8  3e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.592663 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0355  TonB-dependent receptor  25.08 
 
 
888 aa  92.8  3e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.66622  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0428  hypothetical protein  30.62 
 
 
1196 aa  90.9  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.211152  normal  0.0171632 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0784  hypothetical protein  24.42 
 
 
1075 aa  89.7  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.410737  normal  0.275915 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0910  Cna B-type protein  23.72 
 
 
1210 aa  89.7  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0761407  normal  0.0249052 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0625  Cna B-type protein  27.91 
 
 
1298 aa  90.1  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.320234 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0281  TonB-dependent receptor  30.43 
 
 
952 aa  88.2  7e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1758  TonB-dependent receptor  31.42 
 
 
1089 aa  87.8  1e-15  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.208023  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2573  Cna B-type protein  28.28 
 
 
511 aa  87  2e-15  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4189  TonB-dependent receptor  23.46 
 
 
1105 aa  85.9  4e-15  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.316829  normal  0.196574 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0292  hypothetical protein  24.68 
 
 
1122 aa  85.1  6e-15  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.740643  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1750  TonB-dependent receptor  31.27 
 
 
1087 aa  84  1e-14  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2819  TonB-dependent receptor  31.14 
 
 
897 aa  84.3  1e-14  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0281  hypothetical protein  24.68 
 
 
1120 aa  84  1e-14  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0270  hypothetical protein  23.99 
 
 
1126 aa  82.4  4e-14  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0663  TonB-dependent receptor  21.67 
 
 
1176 aa  81.3  8e-14  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00550591  normal  0.789281 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0970  TonB-dependent receptor  29.74 
 
 
991 aa  80.5  1e-13  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03611  TonB-dependent outer membrane receptor  23.3 
 
 
1012 aa  80.9  1e-13  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1161  TonB-dependent receptor  30.77 
 
 
935 aa  80.9  1e-13  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.880371  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0445  hypothetical protein  28.27 
 
 
1173 aa  80.5  2e-13  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0367904 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03612  TonB-dependent outer membrane receptor  22.94 
 
 
1010 aa  79  5e-13  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2398  TonB-dependent receptor  29.48 
 
 
966 aa  79  5e-13  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0423  hypothetical protein  30.06 
 
 
1162 aa  77.8  1e-12  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000804756  normal  0.0470711 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4190  TonB-dependent receptor  23.16 
 
 
1114 aa  77.8  1e-12  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.351423 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1319  TonB-dependent receptor plug  24.75 
 
 
1066 aa  77.8  1e-12  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0274612  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0292  hypothetical protein  27.6 
 
 
1109 aa  77  2e-12  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0691  hypothetical protein  22.77 
 
 
979 aa  77  2e-12  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0532  hypothetical protein  26.4 
 
 
1161 aa  76.3  3e-12  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.909749  normal  0.440813 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0342  TonB-dependent receptor plug  22.84 
 
 
1007 aa  75.1  6e-12  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.557003 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0401  TonB-dependent receptor  26.56 
 
 
993 aa  73.9  2e-11  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00163541  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2675  TonB-dependent receptor  26.79 
 
 
1188 aa  70.9  1e-10  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.124411  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3909  TonB-dependent receptor  24.77 
 
 
1153 aa  69.7  3e-10  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  6.52763e-05  hitchhiker  0.00581227 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1428  TonB-dependent receptor plug  30.61 
 
 
791 aa  69.7  3e-10  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  2.2223e-05  normal  0.0329458 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01883  TonB-dependent Receptor/Oar-like protein  21.51 
 
 
1037 aa  69.3  3e-10  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.144968  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0668  TonB-dependent receptor  28.41 
 
 
757 aa  68.9  5e-10  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.217902 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2674  hypothetical protein  26.3 
 
 
1132 aa  68.6  6e-10  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2388  Cna B-type protein  27.89 
 
 
1162 aa  68.2  9e-10  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.315243  normal  0.974277 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0395  hypothetical protein  22.48 
 
 
1257 aa  66.2  3e-09  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3110  TonB-dependent receptor  28.82 
 
 
943 aa  65.9  4e-09  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.183565  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4791  putative oar protein  24.48 
 
 
997 aa  65.9  4e-09  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1095  TonB-dependent receptor plug  31.2 
 
 
747 aa  65.5  5e-09  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.189088  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2560  TonB-dependent receptor  27.41 
 
 
957 aa  65.5  5e-09  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.184362  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2472  TonB-dependent receptor  30.37 
 
 
1004 aa  65.5  5e-09  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3060  TonB-dependent receptor, plug  22.64 
 
 
972 aa  65.5  5e-09  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000347806  normal  0.043287 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2876  TonB-dependent receptor  22.59 
 
 
1007 aa  63.9  1e-08  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3601  TonB-dependent receptor  25.87 
 
 
1090 aa  63.5  2e-08  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  1.69408e-05  hitchhiker  0.00028286 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5509  TonB-dependent receptor plug  28.27 
 
 
1054 aa  63.5  2e-08  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.180232 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6376  TonB-dependent receptor  35.97 
 
 
920 aa  63.5  2e-08  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3418  TonB-dependent receptor plug  36.89 
 
 
1076 aa  63.2  2e-08  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1148  TonB-dependent receptor, plug  24.37 
 
 
1007 aa  63.5  2e-08  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5926  TonB-dependent receptor  30.18 
 
 
924 aa  62.8  3e-08  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.61038 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01565  putative TonB-dependent receptor  28.07 
 
 
874 aa  62.8  4e-08  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0773704  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3596  TonB-dependent receptor plug  31.94 
 
 
1059 aa  62  5e-08  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>