97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0057 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0057  transcriptional regulator, PadR-like family  100 
 
 		 168 aa  326  8e-89  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1371  transcriptional regulator, PadR-like family  46.75 
 
 		 182 aa  147  8e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0218081  normal  0.0807721 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1318  transcriptional regulator, PadR-like family  38.89 
 
 		 185 aa  117  7e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2179  PadR-like family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 186 aa  108  3e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00487663 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0871  PadR-like family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 168 aa  68.6  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.138524  normal  0.0913911 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3551  transcriptional regulator, PadR-like family  31.61 
 
 		 210 aa  67  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3692  transcriptional regulator, PadR-like family  31.71 
 
 		 176 aa  64.3  0.0000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.466556 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1561  transcriptional regulator, PadR-like family  29.63 
 
 		 187 aa  60.1  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2628  transcriptional regulator, PadR-like family  23.39 
 
 		 183 aa  57.8  0.00000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0779  transcriptional regulator, PadR-like family  22.35 
 
 		 184 aa  57.4  0.00000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.125594  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1627  transcriptional regulator protein-like protein  31.74 
 
 		 168 aa  57.4  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155416 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4637  transcriptional regulator, PadR-like family  31.21 
 
 		 183 aa  55.8  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0904166  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8052  transcriptional regulator protein-like protein  31.71 
 
 		 175 aa  55.5  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.440354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26090  predicted transcriptional regulator  29.01 
 
 		 194 aa  52.4  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4689  transcriptional regulator  39.76 
 
 		 177 aa  50.8  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.284032  normal  0.787552 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0828  transcriptional regulator, PadR-like family  34.62 
 
 		 202 aa  50.4  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.845057 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4159  transcriptional regulator, PadR-like family  30.36 
 
 		 176 aa  50.1  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0811  PadR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 170 aa  50.4  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0680  PadR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 179 aa  50.1  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1923  transcriptional regulator, PadR-like family  22.91 
 
 		 184 aa  49.3  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.870316 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4160  transcriptional regulator, PadR-like family  30.18 
 
 		 222 aa  49.3  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.354182  normal  0.0431624 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0301  transcriptional regulator, PadR-like family  28.49 
 
 		 176 aa  48.9  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1921  PadR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 114 aa  48.9  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1942  transcriptional regulator, PadR-like family  28.57 
 
 		 190 aa  48.5  0.00004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.649518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12940  predicted transcriptional regulator  34.52 
 
 		 128 aa  48.9  0.00004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2234  PadR-like family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 174 aa  48.5  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.156481  decreased coverage  0.00573263 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02430  transcriptional regulator, PadR family  29.55 
 
 		 174 aa  48.5  0.00004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.467679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1493  PadR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 204 aa  48.1  0.00006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.170448  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4892  PadR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 218 aa  47.8  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.428823  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2509  PadR-like family transcriptional regulator  22.64 
 
 		 165 aa  47.8  0.00007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0736667  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0813  PadR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 195 aa  47.8  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.403384 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06230  predicted transcriptional regulator  31.76 
 
 		 194 aa  47.4  0.00009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.946193  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13740  predicted transcriptional regulator  25.88 
 
 		 196 aa  47.4  0.00009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06690  predicted transcriptional regulator  28.85 
 
 		 191 aa  47.4  0.00009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000111873  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4806  transcriptional regulator, PadR-like family  29.17 
 
 		 200 aa  46.6  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6781  transcriptional regulator, PadR-like family  29.38 
 
 		 174 aa  47.4  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4677  PadR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 203 aa  47  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3472  transcriptional regulator, PadR-like family  28.31 
 
 		 174 aa  46.2  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.287641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1267  transcriptional regulator, PadR-like family  28.92 
 
 		 185 aa  46.2  0.0002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2669  hypothetical protein  25.44 
 
 		 165 aa  46.6  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.010535 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2655  hypothetical protein  22.01 
 
 		 165 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2816  transcriptional regulator, PadR-like family  32.14 
 
 		 121 aa  45.8  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.270433  normal  0.376795 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8234  transcriptional regulator, PadR-like family  40.91 
 
 		 123 aa  46.2  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0010  PadR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 216 aa  45.8  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.341135  normal  0.976075 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7032  transcriptional regulator, PadR-like family  35.63 
 
 		 181 aa  45.4  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39320  transcriptional regulator, PadR family  32.94 
 
 		 184 aa  45.8  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.700238 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6088  transcriptional regulator protein-like protein  35.53 
 
 		 117 aa  45.4  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3584  PadR-like family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 112 aa  45.1  0.0005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3281  PadR-like family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 112 aa  45.1  0.0005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.206991 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3759  transcriptional regulator  20.37 
 
 		 185 aa  44.7  0.0006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.779947  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4588  transcriptional regulator, PadR-like family  32.89 
 
 		 125 aa  44.7  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00658109  normal  0.0547899 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0887  transcriptional regulator, PadR-like family  38.46 
 
 		 206 aa  44.7  0.0006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.84074  normal  0.410025 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0079  PadR-like family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 184 aa  44.7  0.0006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4125  hypothetical protein  20.37 
 
 		 185 aa  44.7  0.0006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0396692  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0045  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 110 aa  44.3  0.0007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1345  transcriptional regulator, PadR-like family  26.55 
 
 		 190 aa  44.3  0.0007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3830  PadR-like family transcriptional regulator  20.99 
 
 		 185 aa  44.3  0.0007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.037852  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0379  transcriptional regulator, PadR-like family  28.66 
 
 		 177 aa  44.3  0.0008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3476  transcriptional regulator, PadR-like family  27.88 
 
 		 191 aa  43.9  0.001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1562  transcriptional regulator, PadR-like family  36.79 
 
 		 186 aa  43.9  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.553173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0868  PadR-like family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 181 aa  43.5  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.525718  normal  0.842124 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1415  transcriptional regulator, PadR-like family  27.81 
 
 		 194 aa  43.9  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0975835  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3845  transcriptional regulator, PadR-like family  26.25 
 
 		 174 aa  43.9  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1201  PadR-like family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 132 aa  43.5  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.695362  normal  0.347702 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2248  PadR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 183 aa  43.9  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0137325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3098  PadR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 187 aa  43.9  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4052  hypothetical protein  20.37 
 
 		 185 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.166884  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6039  PadR-like family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 181 aa  42.7  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.258534  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0613  transcriptional regulator, PadR-like family  39.73 
 
 		 185 aa  42.7  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.121754  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29180  predicted transcriptional regulator  34.67 
 
 		 151 aa  42.7  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3145  PadR-like family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 184 aa  42.7  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0527  PadR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 175 aa  42.7  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1121  transcriptional regulator, PadR-like family  36.36 
 
 		 129 aa  43.1  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000122824  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1076  PadR-like family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 182 aa  43.1  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.973287 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0360  transcriptional regulator, PadR-like family  48.61 
 
 		 107 aa  43.1  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5568  transcriptional regulator, PadR-like family  28.14 
 
 		 176 aa  43.1  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.630063  normal  0.41654 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0735  PadR-like family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 111 aa  42.7  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073319 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4580  transcriptional regulator, PadR-like family  25.86 
 
 		 203 aa  42.4  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.282947 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10046  hypothetical protein  36.47 
 
 		 180 aa  42.4  0.003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3110  transcriptional regulator, PadR-like family  22.12 
 
 		 325 aa  42.4  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000271029  n/a   
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5605  PadR-like family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 207 aa  42.4  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0554701  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3827  transcriptional regulator, PadR-like family  26.42 
 
 		 179 aa  42.4  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.207978  normal  0.108117 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2505  Transcriptional regulator PadR-like protein  36.99 
 
 		 195 aa  42.4  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.774349  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4233  PadR-like family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 181 aa  42.4  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5813  PadR-like family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 198 aa  42.4  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0793449  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1958  transcriptional regulator, PadR-like family  28.19 
 
 		 203 aa  42  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2223  hypothetical protein  25 
 
 		 179 aa  41.6  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000756416  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4106  transcriptional repressor PadR  19.14 
 
 		 185 aa  41.6  0.005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.322832  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8807  transcriptional regulator, PadR-like family  28.92 
 
 		 215 aa  41.2  0.006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2017  Transcriptional regulator PadR-like protein  24.14 
 
 		 181 aa  41.2  0.006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00625751  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4876  transcriptional regulator, PadR-like family  34.62 
 
 		 226 aa  41.6  0.006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1507  transcriptional regulator, PadR-like family  26.74 
 
 		 175 aa  41.2  0.007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6124  PadR-like family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 253 aa  41.2  0.008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.372402  normal  0.877049 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1974  transcriptional regulator, PadR-like family  29.41 
 
 		 117 aa  40.8  0.008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.37722 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3814  transcriptional regulator, PadR-like family  33.66 
 
 		 106 aa  40.8  0.009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.375382  normal  0.563614 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4863  transcriptional regulator, PadR-like family  28.66 
 
 		 186 aa  40.8  0.009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.149571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5238  PadR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 173 aa  40.8  0.01  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>