More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0030 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0030  NusB antitermination factor  100 
 
 		 165 aa  334  1.9999999999999998e-91  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0459  NusB antitermination factor  48.45 
 
 		 168 aa  161  5.0000000000000005e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.730016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0496  NusB antitermination factor  47.83 
 
 		 168 aa  157  7e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1679  NusB antitermination factor  51.7 
 
 		 163 aa  154  7e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0502  NusB antitermination factor  48.1 
 
 		 165 aa  149  2e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0505  NusB antitermination factor  47.44 
 
 		 171 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.615101  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1988  NusB antitermination factor  46.3 
 
 		 164 aa  142  2e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0417  NusB antitermination factor  47.95 
 
 		 169 aa  138  3e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2447  antitermination factor  49.14 
 
 		 389 aa  127  8.000000000000001e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.351781  normal  0.909176 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6330  NusB antitermination factor  51.72 
 
 		 378 aa  126  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.847383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1401  NusB/RsmB/TIM44  43.66 
 
 		 316 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00979954 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4924  NusB antitermination factor  50 
 
 		 388 aa  114  5e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0953586 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6247  NusB antitermination factor  48.57 
 
 		 309 aa  107  9.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2202  transcription termination factor-like protein  46.49 
 
 		 303 aa  103  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12923  putative N utilization substance protein  44.74 
 
 		 302 aa  102  3e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1215  NusB antitermination factor  39.72 
 
 		 146 aa  102  3e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.291418 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2325  transcription antitermination protein NusB  42.31 
 
 		 133 aa  102  3e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000000736737  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1966  N utilization substance protein B  43.33 
 
 		 302 aa  101  4e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0692003  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1279  NusB antitermination factor  40.91 
 
 		 155 aa  99  3e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0274165  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2598  NusB antitermination factor  43.08 
 
 		 156 aa  96.3  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.292091  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1043  NusB antitermination factor  36.43 
 
 		 144 aa  96.3  2e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310425  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0807  NusB family protein  41.91 
 
 		 364 aa  95.5  3e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4034  transcription antitermination protein NusB  39.37 
 
 		 130 aa  95.5  3e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1692  N utilization substance protein B  39.13 
 
 		 138 aa  94.7  5e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.360418  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0422  hypothetical protein  43.16 
 
 		 378 aa  94  9e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1628  NusB antitermination factor  40.71 
 
 		 138 aa  93.2  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476321  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1230  NusB antitermination factor  37.23 
 
 		 145 aa  93.2  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000275849 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1228  NusB antitermination factor  37.59 
 
 		 140 aa  92  3e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2922  NusB antitermination factor  42.96 
 
 		 142 aa  91.7  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0246  transcription antitermination protein NusB  39.1 
 
 		 130 aa  91.7  4e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  42.96 
 
 		 142 aa  91.7  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  42.96 
 
 		 142 aa  91.7  4e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3020  NusB antitermination factor  37.23 
 
 		 145 aa  91.3  5e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.532849  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2075  NusB antitermination factor  37.68 
 
 		 154 aa  91.3  5e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.248305  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1382  NusB antitermination factor  36.91 
 
 		 151 aa  91.3  5e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2875  transcription antitermination protein NusB  38.58 
 
 		 130 aa  90.5  9e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0967797  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2179  NusB antitermination factor  37.23 
 
 		 145 aa  90.5  9e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000219887  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1521  NusB antitermination factor  38.93 
 
 		 145 aa  89.7  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000719098  normal  0.286205 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1215  NusB antitermination factor  42.96 
 
 		 142 aa  89.4  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1693  transcription antitermination protein NusB  37.59 
 
 		 144 aa  88.2  4e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2727  NusB antitermination factor  40.44 
 
 		 143 aa  88.6  4e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1702  NusB antitermination factor  35.25 
 
 		 139 aa  88.6  4e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.285646 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0942  transcription antitermination protein NusB  37.8 
 
 		 130 aa  87.8  6e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0063504 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4292  transcription antitermination protein NusB  37.8 
 
 		 130 aa  87.8  6e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1534  transcription antitermination protein NusB  38.17 
 
 		 140 aa  87.8  6e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.276167  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0834  NusB antitermination factor  38.93 
 
 		 145 aa  87.4  7e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000205834  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3504  NusB antitermination factor  36.62 
 
 		 148 aa  87.8  7e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202631  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4312  transcription antitermination protein NusB  37.8 
 
 		 130 aa  87  9e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4086  transcription antitermination protein NusB  37.8 
 
 		 130 aa  87  9e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0398427  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3924  transcription antitermination protein NusB  37.8 
 
 		 130 aa  87  9e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3935  transcription antitermination protein NusB  37.8 
 
 		 130 aa  87  9e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0242683  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4406  transcription antitermination protein NusB  37.8 
 
 		 130 aa  87  9e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4202  transcription antitermination protein NusB  37.8 
 
 		 130 aa  87  9e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000627912 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4255  transcription antitermination protein NusB  37.8 
 
 		 130 aa  87  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1069  NusB antitermination factor  36.8 
 
 		 143 aa  85.9  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000269454  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2078  transcription antitermination protein NusB  39.26 
 
 		 135 aa  86.3  2e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00119189  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0096  transcription antitermination protein NusB  36.64 
 
 		 141 aa  85.5  3e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1713  transcription antitermination protein NusB  36.3 
 
 		 144 aa  85.1  4e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0847  transcription antitermination protein NusB  34.31 
 
 		 141 aa  84.7  5e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1059  transcription antitermination protein NusB  39.23 
 
 		 142 aa  84.3  7e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1792  transcription antitermination protein NusB  38.52 
 
 		 135 aa  84  8e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0152981  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1708  NusB antitermination factor  36.96 
 
 		 147 aa  84  9e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.12686 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0403  transcription antitermination protein NusB  35.07 
 
 		 132 aa  83.6  0.000000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1061  transcription antitermination factor NusB  38.28 
 
 		 143 aa  84  0.000000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000379385  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1278  N utilization substance protein B  37.5 
 
 		 143 aa  82.8  0.000000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.279513  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1089  NusB antitermination factor  37.5 
 
 		 143 aa  83.2  0.000000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.441067  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3601  transcription antitermination factor NusB  39.06 
 
 		 163 aa  83.2  0.000000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.397135  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1053  transcription antitermination protein NusB  36.57 
 
 		 142 aa  82.4  0.000000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0522  NusB antitermination factor  33.85 
 
 		 154 aa  82.4  0.000000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.518761  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2438  transcription antitermination factor NusB  34.78 
 
 		 154 aa  82.4  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.841246  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2400  transcription antitermination protein NusB  37.88 
 
 		 162 aa  81.3  0.000000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.199761 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2359  transcription antitermination protein NusB  37.88 
 
 		 162 aa  81.3  0.000000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.600142  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2406  transcription antitermination protein NusB  37.88 
 
 		 162 aa  81.3  0.000000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.798177  normal  0.0506261 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12553  transcription antitermination protein NusB  38.06 
 
 		 156 aa  80.9  0.000000000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0342122 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1424  NusB antitermination factor  35.07 
 
 		 147 aa  80.5  0.000000000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.132746  normal  0.0757739 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1839  NusB antitermination factor  33.83 
 
 		 138 aa  80.5  0.000000000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.156187  normal  0.178844 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2652  transcription antitermination protein NusB  37.78 
 
 		 163 aa  80.5  0.000000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1657  transcription antitermination protein NusB  33.83 
 
 		 136 aa  80.1  0.00000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1449  transcription antitermination factor NusB  35.21 
 
 		 156 aa  80.5  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.393092  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0058  NusB antitermination factor  34.29 
 
 		 154 aa  80.5  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.233824  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0564  hypothetical protein  35.38 
 
 		 134 aa  80.1  0.00000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000187667  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1295  NusB antitermination factor  38.17 
 
 		 143 aa  79.3  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0457508  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1747  transcription antitermination factor NusB  35.11 
 
 		 136 aa  79.3  0.00000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2539  NusB antitermination factor  34.65 
 
 		 195 aa  79  0.00000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3751  transcription antitermination protein NusB  37.78 
 
 		 164 aa  78.6  0.00000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.110762 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0164  NusB antitermination factor  36.36 
 
 		 165 aa  78.6  0.00000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1714  NusB antitermination factor  41.13 
 
 		 145 aa  78.2  0.00000000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08000  transcription antitermination factor NusB  35.77 
 
 		 183 aa  77.8  0.00000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000357479 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0283  NusB antitermination factor  37.59 
 
 		 150 aa  77.4  0.00000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.102265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0985  NusB antitermination factor  36.84 
 
 		 142 aa  77.4  0.00000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0784851  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05250  transcription antitermination factor NusB  36.72 
 
 		 162 aa  77.4  0.00000000000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.615049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4282  NusB antitermination factor  33.59 
 
 		 144 aa  77  0.00000000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.683816 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1780  NusB antitermination factor  37.3 
 
 		 166 aa  76.6  0.0000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.97176  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3481  NusB antitermination factor  36.15 
 
 		 150 aa  76.6  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0412156  normal  0.48077 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1905  NusB antitermination factor  36.64 
 
 		 145 aa  76.3  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3091  NusB antitermination factor  32.28 
 
 		 165 aa  75.5  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10765 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3147  NusB antitermination factor  35.07 
 
 		 135 aa  75.5  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.511001  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1020  NusB antitermination factor  35.16 
 
 		 138 aa  75.1  0.0000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000376334  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3205  NusB antitermination factor  36.7 
 
 		 135 aa  74.3  0.0000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.073957  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2589  NusB antitermination factor  44.44 
 
 		 165 aa  74.3  0.0000000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>