292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0021 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0021  ribosomal protein L28  100 
 
 		 78 aa  160  5.0000000000000005e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5537  50S ribosomal protein L28  64 
 
 		 77 aa  105  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0793752  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5282  50S ribosomal protein L28  60.26 
 
 		 78 aa  103  9e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5192  50S ribosomal protein L28  60.26 
 
 		 78 aa  103  9e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244386  normal  0.27276 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5333  50S ribosomal protein L28  60.26 
 
 		 78 aa  103  9e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220339 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0089  ribosomal protein L28  62.67 
 
 		 77 aa  102  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.376703  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0224  50S ribosomal protein L28  62.67 
 
 		 77 aa  102  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4374  50S ribosomal protein L28  60.26 
 
 		 78 aa  102  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.335186 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48050  50S ribosomal protein L28  60.26 
 
 		 78 aa  101  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2139  ribosomal protein L28  60.26 
 
 		 78 aa  101  3e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.476497  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3087  ribosomal protein L28  61.54 
 
 		 78 aa  100  5e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.280967  normal  0.0287054 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6092  50S ribosomal protein L28  58.97 
 
 		 78 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0188  50S ribosomal protein L28  58.97 
 
 		 78 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000190685 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2870  50S ribosomal protein L28  60 
 
 		 77 aa  100  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0696096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0648  50S ribosomal protein L28P  61.33 
 
 		 80 aa  99.4  1e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70190  50S ribosomal protein L28  58.97 
 
 		 78 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0544  50S ribosomal protein L28  60.26 
 
 		 78 aa  99.4  2e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0520  50S ribosomal protein L28  60.26 
 
 		 78 aa  99.4  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2733  50S ribosomal protein L28  58.67 
 
 		 77 aa  98.6  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4983  50S ribosomal protein L28  63.16 
 
 		 78 aa  99  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0312  50S ribosomal protein L28  56.41 
 
 		 78 aa  98.6  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000118312  normal  0.224841 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1282  50S ribosomal protein L28  58.67 
 
 		 77 aa  97.4  5e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.397873  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13563  ribosomal protein L28  60.53 
 
 		 79 aa  97.4  5e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2445  50S ribosomal protein L28  58.67 
 
 		 77 aa  97.4  6e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0983  50S ribosomal protein L28  58.67 
 
 		 77 aa  97.1  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.149835  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2231  50S ribosomal protein L28  58.67 
 
 		 77 aa  97.1  6e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2527  50S ribosomal protein L28  58.67 
 
 		 77 aa  97.1  6e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1137  50S ribosomal protein L28  58.67 
 
 		 77 aa  97.1  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.557039  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5834  50S ribosomal protein L28  58.67 
 
 		 77 aa  97.1  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.685508 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0793  50S ribosomal protein L28  58.67 
 
 		 77 aa  97.1  6e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.11426 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1021  50S ribosomal protein L28  58.67 
 
 		 77 aa  97.1  6e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.241673  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0978  50S ribosomal protein L28  58.67 
 
 		 77 aa  97.1  6e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0780  50S ribosomal protein L28  58.67 
 
 		 77 aa  97.1  6e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3802  50S ribosomal protein L28  56 
 
 		 77 aa  97.4  6e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2139  50S ribosomal protein L28  64 
 
 		 78 aa  97.4  6e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0181781  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1891  50S ribosomal protein L28  58.67 
 
 		 77 aa  97.1  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2549  50S ribosomal protein L28  58.67 
 
 		 77 aa  97.1  6e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2502  50S ribosomal protein L28  58.67 
 
 		 77 aa  97.1  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.553249  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2420  50S ribosomal protein L28  58.67 
 
 		 77 aa  97.1  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.127484  hitchhiker  0.000900978 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0584  50S ribosomal protein L28  58.67 
 
 		 77 aa  97.1  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.652214 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0325  ribosomal protein L28  56.41 
 
 		 78 aa  97.1  7e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1253  50S ribosomal protein L28  60.26 
 
 		 78 aa  96.7  8e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2323  50S ribosomal protein L28  58.67 
 
 		 77 aa  96.7  9e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00837544 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2713  50S ribosomal protein L28  58.67 
 
 		 77 aa  96.7  9e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2647  50S ribosomal protein L28  58.67 
 
 		 163 aa  96.7  1e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.753369  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2100  50S ribosomal protein L28  58.67 
 
 		 163 aa  96.7  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.295795  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3679  50S ribosomal protein L28  57.69 
 
 		 78 aa  95.5  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000185253  normal  0.0401063 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0817  50S ribosomal protein L28  58.67 
 
 		 77 aa  95.9  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.761124 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0570  hypothetical protein  58.67 
 
 		 83 aa  95.1  3e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6556  ribosomal protein L28  58.67 
 
 		 79 aa  94.7  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3214  50S ribosomal protein L28  56 
 
 		 77 aa  94.7  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0546  50S ribosomal protein L28  56.41 
 
 		 78 aa  94.7  4e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0481  50S ribosomal protein L28  56.41 
 
 		 78 aa  94.7  4e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2722  50S ribosomal protein L28  56 
 
 		 77 aa  94.4  5e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.238973  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1734  50S ribosomal protein L28  56 
 
 		 77 aa  94.4  5e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.111139  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3384  50S ribosomal protein L28  56 
 
 		 77 aa  94.4  5e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.237994 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5365  50S ribosomal protein L28  56 
 
 		 77 aa  94  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421212 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2021  ribosomal protein L28  56.41 
 
 		 78 aa  94  7e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000179883  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1117  50S ribosomal protein L28  56 
 
 		 77 aa  93.6  7e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.287066 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3565  50S ribosomal protein L28  57.69 
 
 		 78 aa  94  7e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0150151  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3945  50S ribosomal protein L28  59.74 
 
 		 78 aa  93.2  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00834113  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4054  50S ribosomal protein L28  59.74 
 
 		 78 aa  93.2  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.26226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4008  50S ribosomal protein L28  59.74 
 
 		 78 aa  93.2  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.236332  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2295  50S ribosomal protein L28  55.13 
 
 		 78 aa  93.6  9e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0544676 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3927  50S ribosomal protein L28  59.74 
 
 		 78 aa  93.2  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0253871  hitchhiker  0.00124431 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4115  50S ribosomal protein L28  59.74 
 
 		 78 aa  93.2  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0258863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2670  50S ribosomal protein L28  55.13 
 
 		 78 aa  93.6  9e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3428  50S ribosomal protein L28  56 
 
 		 77 aa  93.2  9e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0550772  normal  0.711167 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1757  50S ribosomal protein L28  56 
 
 		 77 aa  93.2  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.991694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0102  50S ribosomal protein L28  59.74 
 
 		 78 aa  93.2  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000949516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2589  50S ribosomal protein L28  56 
 
 		 78 aa  92.8  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.155889 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3951  50S ribosomal protein L28  53.85 
 
 		 78 aa  93.2  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0160  50S ribosomal protein L28  59.74 
 
 		 78 aa  92.8  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.233197  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3959  50S ribosomal protein L28  59.74 
 
 		 78 aa  92.8  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0699911  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4841  50S ribosomal protein L28  59.74 
 
 		 78 aa  93.2  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000224524  hitchhiker  0.0000339357 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03494  50S ribosomal protein L28  59.74 
 
 		 78 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0020187  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0068  ribosomal protein L28  59.74 
 
 		 78 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000138765  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4154  50S ribosomal protein L28  59.74 
 
 		 78 aa  92.4  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000466012  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0074  50S ribosomal protein L28  59.74 
 
 		 78 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000990162  hitchhiker  0.000000134659 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4138  50S ribosomal protein L28  59.74 
 
 		 78 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000441658  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0056  50S ribosomal protein L28  59.74 
 
 		 78 aa  92.4  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000196759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3846  50S ribosomal protein L28  59.74 
 
 		 78 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  3.05688e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0062  50S ribosomal protein L28  59.74 
 
 		 78 aa  92.4  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140905  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4062  50S ribosomal protein L28  59.74 
 
 		 78 aa  92.4  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000394805  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03446  hypothetical protein  59.74 
 
 		 78 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00212142  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3972  50S ribosomal protein L28  59.74 
 
 		 78 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000229702  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5007  50S ribosomal protein L28  59.74 
 
 		 78 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000024574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2314  ribosomal protein L28  52.56 
 
 		 78 aa  91.7  3e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.959649  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1452  50S ribosomal protein L28  54.67 
 
 		 77 aa  91.7  3e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.843962 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0753  50S ribosomal protein L28  54.67 
 
 		 77 aa  91.7  3e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.542713 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2641  50S ribosomal protein L28P  53.85 
 
 		 78 aa  91.3  4e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3567  ribosomal protein L28  53.33 
 
 		 79 aa  91.3  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.663609 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4389  50S ribosomal protein L28  58.44 
 
 		 78 aa  90.9  5e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00781562  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4099  50S ribosomal protein L28  58.44 
 
 		 78 aa  90.9  5e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0864217  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3180  50S ribosomal protein L28  54.67 
 
 		 77 aa  90.9  5e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3149  50S ribosomal protein L28  54.67 
 
 		 77 aa  90.5  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.65679 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3521  ribosomal protein L28  54.67 
 
 		 77 aa  90.1  8e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1790  50S ribosomal protein L28  61.11 
 
 		 79 aa  90.1  9e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.588702  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0395  50S ribosomal protein L28  61.11 
 
 		 79 aa  90.1  9e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.249784  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1710  50S ribosomal protein L28  55.13 
 
 		 78 aa  89.4  1e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>