More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_7084 on replicon NC_012858
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  100 
 
 
255 aa  519  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  73.31 
 
 
256 aa  385  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  68.92 
 
 
254 aa  367  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  68.92 
 
 
254 aa  367  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  68.5 
 
 
257 aa  365  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0777  gluconate 5-dehydrogenase  69.02 
 
 
251 aa  343  2e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.618291  hitchhiker  0.00200145 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5032  gluconate 5-dehydrogenase  69.41 
 
 
252 aa  341  7e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.930013  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5798  gluconate 5-dehydrogenase  68.63 
 
 
251 aa  334  9e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  hitchhiker  0.00243591 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.03 
 
 
261 aa  327  1.0000000000000001e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.718128 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  62.4 
 
 
258 aa  322  4e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.73 
 
 
257 aa  312  2.9999999999999996e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60 
 
 
255 aa  312  3.9999999999999997e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.73 
 
 
269 aa  298  5e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.725023  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.84 
 
 
257 aa  296  2e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.600374  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.6 
 
 
272 aa  295  4e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.15 
 
 
253 aa  294  1e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.06 
 
 
257 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.06 
 
 
257 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.37 
 
 
257 aa  292  4e-78  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0349  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  58.57 
 
 
257 aa  287  1e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.202503  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4747  gluconate 5-dehydrogenase  52.99 
 
 
254 aa  281  6.000000000000001e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04132  gluconate 5-dehydrogenase  52.99 
 
 
254 aa  281  9e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.99 
 
 
254 aa  281  9e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04096  hypothetical protein  52.99 
 
 
254 aa  281  9e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4522  gluconate 5-dehydrogenase  52.99 
 
 
254 aa  281  9e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0305607  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1576  gluconate 5-dehydrogenase  55.38 
 
 
289 aa  281  9e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.106738  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1800  gluconate 5-dehydrogenase  54.98 
 
 
254 aa  279  3e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.69698  normal  0.0411543 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1470  gluconate 5-dehydrogenase  54.98 
 
 
254 aa  279  3e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  52.99 
 
 
254 aa  279  4e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0620  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.65 
 
 
255 aa  276  2e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.58504  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.55 
 
 
256 aa  275  4e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.8 
 
 
265 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.222007  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0222  gluconate 5-dehydrogenase  51.79 
 
 
254 aa  271  7e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4831  gluconate 5-dehydrogenase  50.6 
 
 
254 aa  271  7e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4887  gluconate 5-dehydrogenase  50.2 
 
 
254 aa  271  8.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.851377  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4738  gluconate 5-dehydrogenase  50.2 
 
 
254 aa  270  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.120281 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4768  gluconate 5-dehydrogenase  50.2 
 
 
254 aa  270  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.136475  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4868  gluconate 5-dehydrogenase  49.4 
 
 
254 aa  268  5.9999999999999995e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.113188 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.79 
 
 
256 aa  263  2e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.12 
 
 
256 aa  260  1e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.358595  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.39 
 
 
256 aa  254  7e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0949  gluconate 5-dehydrogenase  47.08 
 
 
264 aa  247  1e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000161447 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.4 
 
 
254 aa  247  1e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4263  gluconate 5-dehydrogenase  46.25 
 
 
263 aa  236  2e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 
255 aa  235  4e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245481  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1540  gluconate 5-dehydrogenase  46.15 
 
 
255 aa  232  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0166996  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3622  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.81 
 
 
255 aa  226  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.808003  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.37 
 
 
255 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  44.22 
 
 
254 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.82 
 
 
254 aa  211  9e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.2 
 
 
257 aa  208  6e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.6 
 
 
274 aa  207  2e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.55 
 
 
255 aa  206  4e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1164  gluconate 5-dehydrogenase  41.04 
 
 
263 aa  203  2e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0277  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  46.48 
 
 
251 aa  203  3e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29820  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  46.33 
 
 
261 aa  201  9e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 
255 aa  201  9.999999999999999e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.72 
 
 
266 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
254 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 
260 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0593655  normal  0.256231 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.46 
 
 
257 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0490  gluconate 5-dehydrogenase  40.87 
 
 
265 aa  195  7e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
255 aa  194  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2534  gluconate 5-dehydrogenase  41.3 
 
 
262 aa  193  2e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1909  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.83 
 
 
253 aa  190  1e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00371976  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0118  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.22 
 
 
256 aa  190  2e-47  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
259 aa  189  4e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1971  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.63 
 
 
253 aa  189  4e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2136  gluconate 5-dehydrogenase  40.4 
 
 
256 aa  188  7e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.510387  normal  0.0477177 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2643  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.23 
 
 
253 aa  188  8e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.802213  normal  0.105966 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1803  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.23 
 
 
253 aa  188  8e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.711857  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0537  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  46.4 
 
 
256 aa  188  8e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1693  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.23 
 
 
253 aa  188  8e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.523034  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2202  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.43 
 
 
253 aa  188  9e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0773662  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.63 
 
 
251 aa  188  9e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2032  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.23 
 
 
253 aa  187  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
257 aa  187  2e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.43 
 
 
258 aa  185  7e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0468  gluconate 5-dehydrogenase  44.22 
 
 
251 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.175213  normal  0.323536 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
265 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.243411  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
252 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
252 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  38.82 
 
 
259 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1904  gluconate 5-dehydrogenase  39.29 
 
 
270 aa  182  5.0000000000000004e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2747  gluconate 5-dehydrogenase  44.4 
 
 
253 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.583516  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4949  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.31 
 
 
255 aa  182  6e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.220607  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
255 aa  182  6e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2646  phosphatidylserine decarboxylase  40.86 
 
 
258 aa  181  1e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.229989  normal  0.216925 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2383  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.64 
 
 
253 aa  181  1e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2380  gluconate 5-dehydrogenase  43.2 
 
 
256 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.667021  decreased coverage  0.0022048 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3515  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.29 
 
 
255 aa  180  2e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0392  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.89 
 
 
258 aa  179  2.9999999999999997e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6091  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 
260 aa  179  4e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.50583  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
254 aa  179  4e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0672528  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
257 aa  179  4e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44 
 
 
254 aa  179  4e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.203579  normal  0.799434 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5878  gluconate 5-dehydrogenase  43.67 
 
 
259 aa  179  4.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.854497  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.5 
 
 
255 aa  179  4.999999999999999e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  39.68 
 
 
260 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3035  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  46.12 
 
 
251 aa  178  5.999999999999999e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.810122 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>