117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_6608 on replicon NC_012858
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012858  Rleg_6608  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
262 aa  537  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0307436 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0326  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  51.18 
 
 
269 aa  228  8e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.242447 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1938  exodeoxyribonuclease X  37.25 
 
 
222 aa  98.6  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.652538  hitchhiker  0.0098923 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2580  exodeoxyribonuclease X  36.45 
 
 
220 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.345038  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1788  exodeoxyribonuclease X  36.45 
 
 
220 aa  94  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0941 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1798  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.45 
 
 
220 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2415  exodeoxyribonuclease X  36.45 
 
 
220 aa  93.6  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1935  exodeoxyribonuclease X  36.45 
 
 
220 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2074  exodeoxyribonuclease X  36.45 
 
 
220 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1342  exodeoxyribonuclease X  36.45 
 
 
220 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.214775 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2120  exodeoxyribonuclease X  36.45 
 
 
220 aa  93.6  3e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2032  exodeoxyribonuclease X  35.96 
 
 
232 aa  93.2  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.786881 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1246  exodeoxyribonuclease X  35.96 
 
 
232 aa  93.2  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.940165  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1371  exodeoxyribonuclease X  35.86 
 
 
232 aa  92.8  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000325159 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01815  exodeoxyribonuclease X  35.96 
 
 
220 aa  92  9e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01803  hypothetical protein  35.96 
 
 
220 aa  92  9e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2092  exodeoxyribonuclease X  35.47 
 
 
232 aa  90.1  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2037  exodeoxyribonuclease X  35.47 
 
 
232 aa  90.1  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0918048 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0776  exodeoxyribonuclease X  37.32 
 
 
223 aa  88.6  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000394057  hitchhiker  0.00105392 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1099  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.58 
 
 
240 aa  87.4  2e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0819547  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.03 
 
 
240 aa  84  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.2 
 
 
240 aa  83.2  0.000000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.55 
 
 
453 aa  67.4  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.68 
 
 
565 aa  58.5  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.16 
 
 
462 aa  57.4  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0076  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.09 
 
 
442 aa  55.1  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0559  exonuclease  23.31 
 
 
234 aa  54.3  0.000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  26.92 
 
 
457 aa  54.3  0.000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0908  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.52 
 
 
292 aa  53.9  0.000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.69 
 
 
375 aa  52.4  0.000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.69 
 
 
375 aa  52.4  0.000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.69 
 
 
375 aa  52.4  0.000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  31.43 
 
 
570 aa  52  0.000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4300  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.14 
 
 
204 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0011109  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0699  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  27.56 
 
 
218 aa  51.2  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.56 
 
 
398 aa  51.2  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2007  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.39 
 
 
212 aa  50.8  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  29.71 
 
 
379 aa  50.4  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14100  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  30.41 
 
 
1043 aa  50.1  0.00004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
715 aa  49.7  0.00005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5296  DNA-directed DNA polymerase  30 
 
 
205 aa  49.3  0.00006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0646344 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6094  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.28 
 
 
212 aa  49.3  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0666129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1983  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.28 
 
 
212 aa  49.3  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  27 
 
 
453 aa  48.9  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28440  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  29.94 
 
 
986 aa  48.9  0.00008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.32018  normal  0.0233138 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0714  exonuclease  30.2 
 
 
516 aa  48.5  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0132  exonuclease  28.31 
 
 
196 aa  48.1  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294449  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.27 
 
 
392 aa  48.1  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0330  exonuclease  25.84 
 
 
334 aa  47.8  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13583  putative DNA polymerase III epsilon chain  34.83 
 
 
258 aa  47  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.72 
 
 
378 aa  46.6  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1359  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.03 
 
 
978 aa  46.6  0.0004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.838712  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1780  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.93 
 
 
242 aa  46.6  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000677217  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  31.61 
 
 
590 aa  46.6  0.0004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  29.61 
 
 
566 aa  46.2  0.0005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.63 
 
 
695 aa  46.2  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3538  transposase  29.77 
 
 
282 aa  46.6  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.761047 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1965  DNA polymerase III, epsilon subunit  25 
 
 
459 aa  46.2  0.0005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.249813  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2157  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.09 
 
 
242 aa  46.2  0.0006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000679182  normal  0.0877249 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2234  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.09 
 
 
242 aa  46.2  0.0006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000877394  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2365  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.09 
 
 
242 aa  45.8  0.0006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000172168  hitchhiker  0.00918938 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2559  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.09 
 
 
242 aa  45.8  0.0007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4924  exonuclease  29.44 
 
 
203 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0401  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.59 
 
 
297 aa  45.8  0.0007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  26.96 
 
 
630 aa  45.4  0.0008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4665  exonuclease, putative  28.57 
 
 
204 aa  44.7  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.356009  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2129  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.3 
 
 
335 aa  45.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  31.31 
 
 
695 aa  45.4  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  29.38 
 
 
222 aa  45.4  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2018  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.1 
 
 
242 aa  45.4  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.250351  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.64 
 
 
204 aa  44.7  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.31 
 
 
695 aa  45.4  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3112  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.12 
 
 
966 aa  45.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.0000116759  hitchhiker  0.000000000648685 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1339  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.68 
 
 
201 aa  45.4  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0133405  hitchhiker  0.000000000461521 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.52 
 
 
934 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.52 
 
 
934 aa  44.3  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1424  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.52 
 
 
934 aa  44.7  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1425  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.52 
 
 
934 aa  44.7  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.446116  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1565  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.52 
 
 
934 aa  44.3  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.554006  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  26.96 
 
 
630 aa  44.7  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4910  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.24 
 
 
205 aa  44.3  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0387516  normal  0.918692 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  26.96 
 
 
630 aa  44.7  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  32.04 
 
 
485 aa  44.7  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5458  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.24 
 
 
205 aa  44.3  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  30.99 
 
 
168 aa  44.7  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1709  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.52 
 
 
934 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000649538  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1636  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.52 
 
 
934 aa  44.7  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174148 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  26.04 
 
 
584 aa  43.9  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0855  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.41 
 
 
532 aa  43.5  0.003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.48 
 
 
237 aa  43.5  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2015  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
242 aa  43.5  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000147945  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2063  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
242 aa  43.5  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000471549  decreased coverage  0.000117497 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.13 
 
 
375 aa  43.9  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2323  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
242 aa  43.5  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00003917  hitchhiker  0.0000904617 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.13 
 
 
375 aa  43.1  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2000  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.46 
 
 
242 aa  43.1  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000879357  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  29.47 
 
 
584 aa  43.5  0.004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  32.41 
 
 
560 aa  42.7  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6601  DNA polymerase III subunit epsilon  28.35 
 
 
326 aa  42.7  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00020877 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.62 
 
 
456 aa  43.1  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>