More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_6574 on replicon NC_012858
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
227 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  94.25 
 
 
227 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  82.04 
 
 
219 aa  360  9e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  79.31 
 
 
219 aa  352  2e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  72.32 
 
 
234 aa  345  3e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  67 
 
 
215 aa  282  3.0000000000000004e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  58.5 
 
 
217 aa  238  5e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  58.95 
 
 
225 aa  233  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  52.88 
 
 
232 aa  227  1e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  55.38 
 
 
224 aa  219  3.9999999999999997e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  53.06 
 
 
201 aa  214  8e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  50.79 
 
 
201 aa  208  5e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  50.79 
 
 
201 aa  208  5e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  50.79 
 
 
201 aa  206  2e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  47.45 
 
 
198 aa  195  6e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  47.62 
 
 
198 aa  194  1e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  49.73 
 
 
220 aa  191  1e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  49.74 
 
 
215 aa  190  2e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  47.89 
 
 
218 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2246  XRE family transcriptional regulator  47.85 
 
 
197 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3519  transcriptional regulator, XRE family  45.81 
 
 
210 aa  182  4.0000000000000006e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116433 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  45.55 
 
 
197 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  44.97 
 
 
213 aa  180  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  45.5 
 
 
200 aa  179  2.9999999999999997e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2272  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  46.77 
 
 
201 aa  177  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306888  normal  0.104106 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  46.24 
 
 
209 aa  176  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 
208 aa  174  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  45.23 
 
 
222 aa  171  1e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  45.23 
 
 
222 aa  169  4e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  46.32 
 
 
233 aa  167  1e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  44.16 
 
 
219 aa  167  1e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  46.15 
 
 
212 aa  167  1e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  44.16 
 
 
219 aa  167  1e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  44.16 
 
 
219 aa  167  1e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  43.33 
 
 
230 aa  151  8e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  43.58 
 
 
190 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  43.02 
 
 
190 aa  146  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  43.09 
 
 
187 aa  145  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  42.46 
 
 
187 aa  145  6e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  42.46 
 
 
190 aa  143  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4533  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 
173 aa  141  7e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4562  transcriptional regulator, XRE family  45.06 
 
 
173 aa  141  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  38.55 
 
 
182 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5833  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 
173 aa  139  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4528  transcriptional regulator, XRE family  43.83 
 
 
173 aa  137  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4828  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 
173 aa  137  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0464638  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  32.45 
 
 
197 aa  105  4e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  33.53 
 
 
198 aa  103  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  33.33 
 
 
196 aa  102  7e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  31.46 
 
 
196 aa  101  8e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 
204 aa  101  9e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 
211 aa  99  5e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  34.09 
 
 
197 aa  92  7e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  29.38 
 
 
199 aa  89.7  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  32.62 
 
 
181 aa  89.7  3e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  29.38 
 
 
199 aa  89  5e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  30.59 
 
 
188 aa  88.2  8e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 
187 aa  87.4  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  30.59 
 
 
188 aa  88.2  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.49 
 
 
189 aa  87.8  1e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  30 
 
 
187 aa  87.4  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  32.12 
 
 
193 aa  86.3  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  32.29 
 
 
192 aa  86.3  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  32.29 
 
 
192 aa  86.3  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  28.8 
 
 
192 aa  85.5  6e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  31.77 
 
 
192 aa  85.5  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  31.77 
 
 
192 aa  85.5  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  31.77 
 
 
192 aa  85.5  6e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  30.54 
 
 
187 aa  85.1  8e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  29.32 
 
 
192 aa  84.7  0.000000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  31.09 
 
 
193 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0992  cupin 2 domain-containing protein  28.74 
 
 
186 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 
187 aa  82.8  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  28.34 
 
 
192 aa  82.4  0.000000000000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  29.79 
 
 
190 aa  81.6  0.000000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  29.79 
 
 
190 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  31.32 
 
 
179 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  31.32 
 
 
179 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  31.32 
 
 
179 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  31.32 
 
 
179 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  30.81 
 
 
236 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  31.32 
 
 
179 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  31.32 
 
 
179 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  30.54 
 
 
189 aa  80.9  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  28.72 
 
 
192 aa  80.9  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  28.12 
 
 
192 aa  80.5  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  30.81 
 
 
236 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 
191 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  29.17 
 
 
191 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  31.1 
 
 
192 aa  79.3  0.00000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  32.95 
 
 
204 aa  79.7  0.00000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  26.63 
 
 
187 aa  79.7  0.00000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  30.59 
 
 
189 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  29.28 
 
 
184 aa  79.3  0.00000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 
188 aa  79  0.00000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  29.17 
 
 
191 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  27.46 
 
 
192 aa  78.6  0.00000000000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  27.59 
 
 
191 aa  78.2  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  27.59 
 
 
191 aa  78.2  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  27.59 
 
 
191 aa  78.2  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>