More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_6458 on replicon NC_012854
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012854  Rleg_6458  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 216 aa  432  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.467399  normal  0.135131 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4473  transcriptional regulator, GntR family  93.06 
 
 		 224 aa  366  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.729614 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  65.88 
 
 		 227 aa  294  6e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  51.42 
 
 		 244 aa  192  3e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  50.24 
 
 		 248 aa  192  3e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  50.24 
 
 		 237 aa  192  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  50.48 
 
 		 243 aa  190  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4654  GntR family transcriptional regulator  51.43 
 
 		 238 aa  187  9e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  0.661063 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  45.96 
 
 		 251 aa  158  6e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 226 aa  153  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 223 aa  149  2e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 234 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 222 aa  145  4.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  41.62 
 
 		 221 aa  145  5e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  43 
 
 		 222 aa  144  9e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  44.27 
 
 		 226 aa  144  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  43.15 
 
 		 230 aa  143  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  43.15 
 
 		 228 aa  143  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 239 aa  142  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 221 aa  142  5e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  41.03 
 
 		 219 aa  142  6e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  41.35 
 
 		 237 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 248 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  41.55 
 
 		 223 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  41.55 
 
 		 223 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 242 aa  138  6e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  42.13 
 
 		 222 aa  137  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 218 aa  135  5e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  42.13 
 
 		 231 aa  134  7.000000000000001e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 221 aa  134  9e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  40.21 
 
 		 216 aa  132  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  40.74 
 
 		 216 aa  132  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  42.94 
 
 		 220 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_011894  Mnod_7256  transcriptional regulator, GntR family  44.44 
 
 		 218 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0660662  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 224 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  42.78 
 
 		 240 aa  129  3e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5373  transcriptional regulator GntR family  41.14 
 
 		 216 aa  129  4.0000000000000003e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1381  transcriptional regulator, GntR family  41.55 
 
 		 223 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.526175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  37.37 
 
 		 230 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2445  transcriptional regulator, GntR family  41.12 
 
 		 230 aa  118  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2908  GntR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 217 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 224 aa  116  3e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 218 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2767  GntR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 231 aa  112  5e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4082  transcriptional regulator, GntR family  36.87 
 
 		 223 aa  108  5e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3004  transcriptional regulator  38.97 
 
 		 218 aa  107  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.729807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 227 aa  106  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  31.02 
 
 		 226 aa  105  6e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 229 aa  105  6e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0520  GntR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 225 aa  102  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.656964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 233 aa  101  9e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 244 aa  100  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 241 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 234 aa  99.8  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 239 aa  99.4  4e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 219 aa  99.4  4e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 		 222 aa  99  5e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 235 aa  98.6  6e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 225 aa  97.4  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 223 aa  97.8  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  34.34 
 
 		 223 aa  97.8  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  34.59 
 
 		 222 aa  97.4  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  32.61 
 
 		 216 aa  97.8  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 234 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  31.98 
 
 		 223 aa  97.1  2e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  36.51 
 
 		 237 aa  96.7  2e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 222 aa  97.1  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 240 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 235 aa  97.1  2e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 238 aa  96.3  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  35.23 
 
 		 240 aa  95.5  5e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4801  GntR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 254 aa  95.5  5e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0205444  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 238 aa  94.7  8e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 238 aa  94.7  8e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  30.32 
 
 		 229 aa  94.7  9e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  34.2 
 
 		 240 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3723  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 216 aa  94.7  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.504621 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  29.9 
 
 		 214 aa  94  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1856  transcriptional regulator, GntR family protein  32.52 
 
 		 214 aa  94.4  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  29.74 
 
 		 226 aa  94.4  1e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  34.2 
 
 		 240 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  34.38 
 
 		 239 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 235 aa  93.6  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  34.38 
 
 		 232 aa  92.8  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  30.32 
 
 		 229 aa  93.2  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 229 aa  93.2  3e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4792  GntR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 240 aa  92.8  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.815698  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 223 aa  92.4  4e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  31.38 
 
 		 216 aa  92  6e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2323  GntR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 220 aa  91.7  7e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.474326  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  32.64 
 
 		 231 aa  91.7  9e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  32.02 
 
 		 238 aa  91.7  9e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1663  GntR-like protein  35.39 
 
 		 218 aa  91.3  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 230 aa  91.3  1e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  30.05 
 
 		 227 aa  90.5  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  34.02 
 
 		 233 aa  90.1  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 235 aa  90.1  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  32.98 
 
 		 223 aa  90.5  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 256 aa  90.5  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7930  transcriptional regulator, GntR family  34.72 
 
 		 221 aa  90.1  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>