More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_6414 on replicon NC_012854
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  100 
 
 
254 aa  519  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  95.28 
 
 
254 aa  496  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  72.11 
 
 
257 aa  381  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  70.75 
 
 
256 aa  372  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  68.92 
 
 
255 aa  367  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5032  gluconate 5-dehydrogenase  68.13 
 
 
252 aa  342  2.9999999999999997e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.930013  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0777  gluconate 5-dehydrogenase  65.87 
 
 
251 aa  340  2e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.618291  hitchhiker  0.00200145 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5798  gluconate 5-dehydrogenase  69.72 
 
 
251 aa  334  7.999999999999999e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  hitchhiker  0.00243591 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  61.51 
 
 
258 aa  330  1e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.32 
 
 
255 aa  325  4.0000000000000003e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.4 
 
 
257 aa  325  4.0000000000000003e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.94 
 
 
261 aa  317  1e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.718128 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.6 
 
 
269 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.725023  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.8 
 
 
257 aa  311  5.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.600374  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58 
 
 
257 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58 
 
 
257 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  54.72 
 
 
254 aa  303  2.0000000000000002e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0222  gluconate 5-dehydrogenase  55.6 
 
 
254 aa  300  2e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0349  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  58 
 
 
257 aa  300  2e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.202503  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1576  gluconate 5-dehydrogenase  55.6 
 
 
289 aa  300  2e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.106738  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1800  gluconate 5-dehydrogenase  55.2 
 
 
254 aa  298  4e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.69698  normal  0.0411543 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1470  gluconate 5-dehydrogenase  55.2 
 
 
254 aa  298  4e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4747  gluconate 5-dehydrogenase  54.4 
 
 
254 aa  295  7e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4868  gluconate 5-dehydrogenase  54.4 
 
 
254 aa  293  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.113188 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04132  gluconate 5-dehydrogenase  54 
 
 
254 aa  293  2e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54 
 
 
254 aa  293  2e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4522  gluconate 5-dehydrogenase  54 
 
 
254 aa  293  2e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0305607  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.57 
 
 
272 aa  293  2e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04096  hypothetical protein  54 
 
 
254 aa  293  2e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4831  gluconate 5-dehydrogenase  54.4 
 
 
254 aa  293  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4887  gluconate 5-dehydrogenase  54 
 
 
254 aa  292  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.851377  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4768  gluconate 5-dehydrogenase  54 
 
 
254 aa  292  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.136475  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4738  gluconate 5-dehydrogenase  54 
 
 
254 aa  292  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.120281 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.73 
 
 
253 aa  285  5e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.78 
 
 
257 aa  276  3e-73  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.56 
 
 
265 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.222007  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0620  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.95 
 
 
255 aa  273  2.0000000000000002e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.58504  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.56 
 
 
256 aa  270  2e-71  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.95 
 
 
256 aa  268  5e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.358595  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.95 
 
 
256 aa  268  7e-71  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.81 
 
 
256 aa  254  7e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.41 
 
 
254 aa  253  2.0000000000000002e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1540  gluconate 5-dehydrogenase  48 
 
 
255 aa  252  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0166996  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.45 
 
 
255 aa  249  4e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245481  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0949  gluconate 5-dehydrogenase  45.45 
 
 
264 aa  245  4e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000161447 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4263  gluconate 5-dehydrogenase  45.7 
 
 
263 aa  238  5e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.24 
 
 
255 aa  223  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3622  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.43 
 
 
255 aa  221  8e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.808003  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1164  gluconate 5-dehydrogenase  41.3 
 
 
263 aa  214  9.999999999999999e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 
274 aa  209  4e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2534  gluconate 5-dehydrogenase  39.27 
 
 
262 aa  203  3e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0490  gluconate 5-dehydrogenase  37.89 
 
 
265 aa  201  9.999999999999999e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1904  gluconate 5-dehydrogenase  39.06 
 
 
270 aa  200  1.9999999999999998e-50  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
257 aa  199  3.9999999999999996e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
260 aa  198  7e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0593655  normal  0.256231 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2136  gluconate 5-dehydrogenase  40.16 
 
 
256 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.510387  normal  0.0477177 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  38.96 
 
 
254 aa  193  2e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
254 aa  192  5e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0277  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.51 
 
 
251 aa  188  8e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.87 
 
 
255 aa  186  4e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
252 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.72 
 
 
259 aa  183  2.0000000000000003e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
252 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0537  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.57 
 
 
256 aa  182  6e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
258 aa  182  7e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.063344  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5878  gluconate 5-dehydrogenase  43.27 
 
 
259 aa  181  9.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.854497  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2380  gluconate 5-dehydrogenase  39.92 
 
 
256 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.667021  decreased coverage  0.0022048 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7371  short-chain alcohol dehydrogenase  41.43 
 
 
254 aa  180  2e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2403  gluconate 5-dehydrogenase  38.28 
 
 
258 aa  180  2e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.525317  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
254 aa  180  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.203579  normal  0.799434 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
259 aa  179  2.9999999999999997e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0332234  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
255 aa  179  4e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
257 aa  179  4e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3895  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.2 
 
 
248 aa  179  4e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.589012  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6091  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
260 aa  178  5.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.50583  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40 
 
 
251 aa  178  9e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
255 aa  177  1e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
255 aa  177  1e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.150517  normal  0.215397 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0468  gluconate 5-dehydrogenase  39.6 
 
 
251 aa  177  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.175213  normal  0.323536 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
255 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.199732  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0392  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.13 
 
 
258 aa  176  3e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0118  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.1 
 
 
256 aa  176  3e-43  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40 
 
 
258 aa  176  4e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29820  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  39.61 
 
 
261 aa  176  5e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
266 aa  175  6e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0396  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.13 
 
 
258 aa  175  7e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1909  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.37 
 
 
253 aa  175  8e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00371976  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
251 aa  174  9e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00521448  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0922  Short-chain alcohol dehydrogenase  36.55 
 
 
256 aa  174  9.999999999999999e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000799282  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  36.22 
 
 
259 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
253 aa  172  2.9999999999999996e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.044107  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2747  gluconate 5-dehydrogenase  41.7 
 
 
253 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.583516  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
257 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1253  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.89 
 
 
255 aa  172  5.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2990  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.3 
 
 
253 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.916776  normal  0.048185 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
254 aa  171  1e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
255 aa  171  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07750  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  35.83 
 
 
252 aa  171  1e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.370743 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4030  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  37.55 
 
 
261 aa  170  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.721493  normal  0.432125 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4111  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.89 
 
 
253 aa  170  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000566262 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>