More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_6161 on replicon NC_012852
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012852  Rleg_6161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 
317 aa  619  1e-176  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000221092 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7473  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  78.93 
 
 
319 aa  462  1e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0461677  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3687  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  69.4 
 
 
310 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.743219  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3422  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  69.09 
 
 
310 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.544688  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1480  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  58.84 
 
 
312 aa  340  2.9999999999999998e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2582  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  53.33 
 
 
322 aa  296  3e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0776  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  53.45 
 
 
314 aa  287  1e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.198135 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.22 
 
 
311 aa  123  4e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  30.91 
 
 
308 aa  122  9.999999999999999e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0612  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.4 
 
 
326 aa  117  3e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  29.43 
 
 
292 aa  114  3e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  29.93 
 
 
292 aa  112  7.000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  29.39 
 
 
289 aa  110  3e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  29.43 
 
 
292 aa  110  3e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22710  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.75 
 
 
308 aa  110  5e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0934818  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.03 
 
 
319 aa  109  7.000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  29 
 
 
315 aa  108  8.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.69 
 
 
329 aa  108  1e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.62 
 
 
311 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3541  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.09 
 
 
313 aa  107  2e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.97 
 
 
316 aa  107  2e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  29.77 
 
 
295 aa  107  3e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2399  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  28.93 
 
 
310 aa  106  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  29.06 
 
 
306 aa  107  4e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.24 
 
 
321 aa  106  6e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  29.89 
 
 
292 aa  105  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  29.43 
 
 
296 aa  103  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  26.86 
 
 
307 aa  103  5e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  29.49 
 
 
296 aa  102  8e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3001  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.89 
 
 
343 aa  101  1e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1824  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.79 
 
 
318 aa  101  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00471967  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3102  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.72 
 
 
326 aa  100  3e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.75738  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2035  Monosaccharide-transporting ATPase  29.32 
 
 
309 aa  100  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.609477  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  28.34 
 
 
296 aa  99.4  7e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  28.09 
 
 
295 aa  98.6  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.97 
 
 
323 aa  98.6  1e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.869205  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0833  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.97 
 
 
323 aa  98.6  1e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  27.33 
 
 
294 aa  98.6  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  28.09 
 
 
295 aa  97.8  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4851  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.09 
 
 
295 aa  97.8  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.994176 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.27 
 
 
315 aa  97.1  3e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2257  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.66 
 
 
309 aa  97.4  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  0.048401 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1120  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.7 
 
 
327 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01070  monosaccharide-binding protein  29.79 
 
 
319 aa  96.7  4e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3592  monosaccharide-transporting ATPase  30 
 
 
342 aa  97.1  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.986121 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3419  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.71 
 
 
302 aa  96.3  6e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.172259  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2124  Monosaccharide-transporting ATPase  26.75 
 
 
316 aa  96.3  7e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6252  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.82 
 
 
326 aa  96.3  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.99678 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2833  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  29.32 
 
 
314 aa  95.9  7e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09540  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.03 
 
 
320 aa  95.9  8e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0566218  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02440  predicted sugar transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.7 
 
 
327 aa  95.9  9e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.719474  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2701  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.7 
 
 
327 aa  95.5  9e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02404  hypothetical protein  28.7 
 
 
327 aa  95.9  9e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.406743  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1129  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.7 
 
 
327 aa  95.9  9e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3781  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.7 
 
 
327 aa  95.9  9e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0438  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.87 
 
 
331 aa  95.1  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.681459  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0247  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.94 
 
 
348 aa  95.5  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.626925  normal  0.777752 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0069  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.04 
 
 
343 aa  95.1  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127753  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1890  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.27 
 
 
351 aa  94.7  2e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.09 
 
 
301 aa  94.7  2e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1798  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.24 
 
 
324 aa  94.4  2e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.482327  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50140  Periplasmic substrate-binding protein of sugar ABC transporter  26.69 
 
 
310 aa  94.4  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5971  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  29.43 
 
 
341 aa  94.4  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00726122  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6710  rhamnose ABC transporter, periplasmic rhamnose-binding protein  31.47 
 
 
331 aa  94.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.440152 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2700  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  29.32 
 
 
314 aa  94  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3558  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.67 
 
 
336 aa  94  3e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.617929  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0573  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  28.16 
 
 
321 aa  93.6  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3307  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.32 
 
 
337 aa  93.2  5e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4769  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.95 
 
 
296 aa  93.2  6e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.674163  normal  0.210606 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4581  Monosaccharide-transporting ATPase  28.88 
 
 
334 aa  92.8  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000000318793  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  28.77 
 
 
296 aa  92.8  7e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  28.78 
 
 
322 aa  91.7  1e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0039  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.86 
 
 
320 aa  92  1e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4189  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.23 
 
 
343 aa  92  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  27.91 
 
 
296 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1252  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.52 
 
 
315 aa  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2413  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.76 
 
 
347 aa  91.7  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.50663 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1226  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.52 
 
 
315 aa  91.3  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.805886  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2682  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.28 
 
 
328 aa  91.7  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.776041 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  27.33 
 
 
296 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5809  rhamnose ABC transporter, periplasmic rhamnose-binding protein  30.28 
 
 
331 aa  90.1  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0805493 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5133  ABC transporter substrate binding protein (ribose)  27.74 
 
 
313 aa  90.1  4e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  27.33 
 
 
296 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  27.33 
 
 
296 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2512  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.93 
 
 
334 aa  90.5  4e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.583145  normal  0.39229 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0368  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.55 
 
 
338 aa  90.1  4e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  27.33 
 
 
296 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  27.33 
 
 
296 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  27.33 
 
 
294 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  27.33 
 
 
294 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2801  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.34 
 
 
310 aa  89.7  5e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2717  putative sugar (D-ribose) ABC transporter (periplasmic binding protein)  30.54 
 
 
311 aa  89.7  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3183  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.24 
 
 
308 aa  89.7  6e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.236625  normal  0.225652 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  27.67 
 
 
296 aa  89.4  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0564  monosaccharide-transporting ATPase  28.52 
 
 
307 aa  89  1e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000302445  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3164  Monosaccharide-transporting ATPase  25.82 
 
 
310 aa  89  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0894  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  29.07 
 
 
333 aa  88.6  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3158  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.19 
 
 
337 aa  88.6  1e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0390  D-ribose-binding periplasmic protein precursor  29.29 
 
 
337 aa  87.8  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.596263 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6313  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.64 
 
 
315 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.330305 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>