More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_6137 on replicon NC_012852
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011371  Rleg2_6549  diguanylate cyclase  84.62 
 
 		 546 aa  965    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6137  diguanylate cyclase  100 
 
 		 551 aa  1131    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11555  normal  0.0857113 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  45.04 
 
 		 568 aa  445  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  30.99 
 
 		 560 aa  173  6.999999999999999e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  28.8 
 
 		 609 aa  163  7e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4028  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 447 aa  134  3e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0096  diguanylate cyclase  46.41 
 
 		 555 aa  133  7.999999999999999e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0967  GGDEF family protein  40.31 
 
 		 976 aa  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1127  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.86 
 
 		 772 aa  129  2.0000000000000002e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 461 aa  124  3e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4159  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 530 aa  124  3e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.956326 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1641  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.4 
 
 		 640 aa  124  4e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.320869  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 569 aa  123  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  43.75 
 
 		 457 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  41.75 
 
 		 343 aa  122  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  45 
 
 		 457 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1225  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  41.62 
 
 		 985 aa  121  3e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.90661  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  46.84 
 
 		 609 aa  121  3.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  37.81 
 
 		 306 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2615  GGDEF domain-containing protein  41.51 
 
 		 294 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  46.84 
 
 		 709 aa  120  6e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  44.1 
 
 		 461 aa  120  6e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.03 
 
 		 416 aa  120  7e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  33.19 
 
 		 650 aa  120  7e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  43.71 
 
 		 402 aa  120  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.53 
 
 		 610 aa  120  7.999999999999999e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  34.72 
 
 		 355 aa  120  9e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  38.05 
 
 		 696 aa  120  9e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 574 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0266  diguanylate cyclase  42.48 
 
 		 1195 aa  119  9.999999999999999e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 377 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 469 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  39.69 
 
 		 614 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 775 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.52 
 
 		 324 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  36.08 
 
 		 965 aa  118  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2748  diguanylate cyclase  27.14 
 
 		 651 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0199433  hitchhiker  0.0067097 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  27.69 
 
 		 582 aa  118  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  40.65 
 
 		 306 aa  118  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  39.35 
 
 		 308 aa  118  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  43.4 
 
 		 374 aa  118  3e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  38.1 
 
 		 381 aa  118  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  33.72 
 
 		 295 aa  118  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.28 
 
 		 454 aa  118  3e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  40.65 
 
 		 307 aa  118  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 381 aa  117  3.9999999999999997e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 638 aa  118  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1780  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 334 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1980  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 334 aa  117  5e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.664985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 314 aa  117  5e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 536 aa  117  6e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.38 
 
 		 353 aa  116  8.999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  43.23 
 
 		 1826 aa  116  8.999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  36.36 
 
 		 624 aa  116  8.999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 308 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  40.45 
 
 		 456 aa  116  1.0000000000000001e-24  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  38 
 
 		 669 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  43.12 
 
 		 457 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 629 aa  115  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2580  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 653 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  39.77 
 
 		 323 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0196  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 356 aa  115  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1671  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 352 aa  115  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.701163 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0178  diguanylate cyclase  31.04 
 
 		 521 aa  115  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.776824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4523  diguanylate cyclase  35.07 
 
 		 532 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.646592 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 312 aa  115  3e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3034  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 347 aa  114  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0562545  normal  0.342973 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.78 
 
 		 335 aa  115  3e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 357 aa  114  3e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 306 aa  115  3e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  42.95 
 
 		 634 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3597  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 302 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 172 aa  114  4.0000000000000004e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  36.53 
 
 		 302 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.68 
 
 		 901 aa  114  4.0000000000000004e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 278 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0645  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 302 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  38.71 
 
 		 418 aa  114  5e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3523  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 452 aa  114  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0267  diguanylate cyclase  31.82 
 
 		 550 aa  114  5e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.92395  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3786  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 302 aa  114  5e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4787  sensory box putative digualylate cyclase  35.71 
 
 		 292 aa  114  6e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.243221  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2390  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  26.44 
 
 		 600 aa  113  7.000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  34.93 
 
 		 354 aa  114  7.000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 306 aa  113  7.000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3097  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 458 aa  113  8.000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.948135  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.5 
 
 		 355 aa  113  8.000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  41.51 
 
 		 457 aa  113  8.000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4051  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 356 aa  113  8.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0769882  normal  0.0972661 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  40.7 
 
 		 301 aa  113  9e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 298 aa  113  9e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  37.42 
 
 		 308 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  43.75 
 
 		 455 aa  113  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 382 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.1 
 
 		 305 aa  113  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 521 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 443 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  42.04 
 
 		 395 aa  113  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1165  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 459 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000192138 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 470 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>