More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_6078 on replicon NC_012852
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  85.44 
 
 
363 aa  643    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  100 
 
 
365 aa  745    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  77.97 
 
 
378 aa  567  1e-161  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  73.45 
 
 
385 aa  529  1e-149  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  67.23 
 
 
359 aa  488  1e-137  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  64.12 
 
 
354 aa  462  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2097  DNA-directed DNA polymerase  69.41 
 
 
373 aa  459  9.999999999999999e-129  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3636  DNA polymerase IV  63.79 
 
 
396 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  61.69 
 
 
363 aa  442  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  61.3 
 
 
381 aa  438  9.999999999999999e-123  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  60.73 
 
 
375 aa  439  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  60.73 
 
 
373 aa  432  1e-120  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  61.95 
 
 
359 aa  422  1e-117  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  59.32 
 
 
360 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  57.42 
 
 
380 aa  417  9.999999999999999e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  60.65 
 
 
378 aa  409  1e-113  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0756  DNA polymerase IV  57.1 
 
 
376 aa  380  1e-104  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  52.54 
 
 
360 aa  372  1e-102  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02810  DNA polymerase IV  56.41 
 
 
368 aa  362  4e-99  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.495536  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  53.24 
 
 
356 aa  358  6e-98  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  53.47 
 
 
371 aa  358  8e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  52.22 
 
 
372 aa  351  1e-95  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  54.26 
 
 
358 aa  350  2e-95  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1330  DNA-directed DNA polymerase  50.85 
 
 
359 aa  350  3e-95  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64899  normal  0.124466 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1442  DNA polymerase IV (Pol IV 3)  52.26 
 
 
330 aa  347  2e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365984  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  54.87 
 
 
355 aa  341  1e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  48.3 
 
 
357 aa  341  1e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  49.44 
 
 
371 aa  335  7e-91  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0662  DNA-directed DNA polymerase  53.01 
 
 
353 aa  333  2e-90  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  48.86 
 
 
359 aa  328  8e-89  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  49.86 
 
 
369 aa  325  6e-88  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  48.4 
 
 
378 aa  323  2e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  48.4 
 
 
378 aa  323  2e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  48.87 
 
 
374 aa  322  6e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  50.28 
 
 
359 aa  321  9.999999999999999e-87  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  52.03 
 
 
356 aa  315  6e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3809  DNA-directed DNA polymerase  74.75 
 
 
412 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  51.33 
 
 
369 aa  306  2.0000000000000002e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  45.48 
 
 
364 aa  305  6e-82  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  46.31 
 
 
369 aa  291  2e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1185  DNA polymerase IV  47.12 
 
 
358 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000335845  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  44.48 
 
 
357 aa  286  4e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  45.56 
 
 
362 aa  286  5e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1635  DNA polymerase IV  44.19 
 
 
357 aa  286  5e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.107243  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5448  DNA polymerase IV  45.88 
 
 
379 aa  285  7e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1433  DNA polymerase IV  45.45 
 
 
356 aa  285  1.0000000000000001e-75  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  45 
 
 
383 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2871  DNA polymerase IV  48.26 
 
 
359 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  45 
 
 
408 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3422  DNA polymerase IV  47.97 
 
 
360 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1859  DNA polymerase IV  45.27 
 
 
392 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  44.97 
 
 
361 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3552  DNA polymerase IV  47.95 
 
 
358 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1621  DNA polymerase IV  41.11 
 
 
367 aa  282  6.000000000000001e-75  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0951  DNA polymerase IV  46.59 
 
 
379 aa  281  1e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.126406  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1949  DNA polymerase IV  45.45 
 
 
356 aa  280  2e-74  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.259115  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  45.27 
 
 
399 aa  281  2e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0961  DNA polymerase IV  47.38 
 
 
359 aa  280  2e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215034  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1983  DNA polymerase IV  45.45 
 
 
356 aa  280  2e-74  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.858676  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2236  DNA polymerase IV  45.56 
 
 
400 aa  280  3e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.783166  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0935  DNA polymerase IV  46.3 
 
 
358 aa  280  3e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1727  DNA polymerase IV  45.56 
 
 
404 aa  280  3e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0597  DNA polymerase IV  49.66 
 
 
355 aa  280  3e-74  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2675  DNA polymerase IV  45.56 
 
 
406 aa  280  3e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3083  DNA polymerase IV  45.56 
 
 
400 aa  280  3e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1508  DNA polymerase IV  45.56 
 
 
400 aa  280  3e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408147  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2179  DNA polymerase IV  45.27 
 
 
405 aa  280  3e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288104  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0927  DNA polymerase IV  45.11 
 
 
352 aa  280  3e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.716542  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0614  DNA polymerase IV  46.45 
 
 
355 aa  280  4e-74  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2751  DNA polymerase IV  45.56 
 
 
404 aa  280  4e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3355  DNA polymerase IV  47.66 
 
 
358 aa  280  4e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3427  DNA polymerase IV  47.66 
 
 
358 aa  280  4e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3394  DNA polymerase IV  45.87 
 
 
364 aa  279  5e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.320161  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1128  DNA polymerase IV  44.97 
 
 
429 aa  279  5e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456598  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2619  DNA polymerase IV  45.27 
 
 
403 aa  278  1e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3291  DNA polymerase IV  43.97 
 
 
352 aa  278  1e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0762  DNA polymerase IV  46.73 
 
 
352 aa  277  3e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4012  DNA polymerase IV  45.32 
 
 
354 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.333158  normal  0.93726 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  46.36 
 
 
389 aa  276  5e-73  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3092  DNA polymerase IV  47.51 
 
 
358 aa  276  6e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1232  DNA polymerase IV  45.91 
 
 
354 aa  275  6e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.46587  normal  0.838167 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2052  DNA polymerase IV  44.97 
 
 
407 aa  275  8e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.217696  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1203  DNA polymerase IV  45.91 
 
 
354 aa  275  9e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3438  DNA polymerase IV  43.1 
 
 
352 aa  275  9e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4215  DNA polymerase IV  45.91 
 
 
354 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154299  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3604  DNA polymerase IV  46.22 
 
 
364 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.85941  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2314  DNA polymerase IV  41.94 
 
 
364 aa  274  2.0000000000000002e-72  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.023311  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0260  DNA polymerase IV  47.54 
 
 
351 aa  273  3e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0265  DNA polymerase IV  47.54 
 
 
351 aa  273  3e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1726  DNA polymerase IV  44.97 
 
 
352 aa  273  3e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000164893  normal  0.305741 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00226  DNA polymerase IV  47.54 
 
 
351 aa  272  5.000000000000001e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3376  DNA-directed DNA polymerase  47.54 
 
 
351 aa  272  5.000000000000001e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00229  hypothetical protein  47.54 
 
 
351 aa  272  5.000000000000001e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3349  DNA polymerase IV  47.54 
 
 
351 aa  272  5.000000000000001e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1114  DNA polymerase IV  45.6 
 
 
357 aa  272  6e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0962  DNA polymerase IV  46.1 
 
 
353 aa  271  1e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0285  DNA polymerase IV  47.54 
 
 
351 aa  271  1e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.32449 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0931  DNA polymerase IV  45.22 
 
 
353 aa  271  1e-71  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.643762  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0985  DNA polymerase IV  46.7 
 
 
359 aa  271  1e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0276  DNA polymerase IV  47.21 
 
 
351 aa  270  2e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.820662 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>