More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_4592 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  100 
 
 
372 aa  758    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  87.1 
 
 
372 aa  672    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  87.63 
 
 
412 aa  682    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  97.31 
 
 
372 aa  736    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  77.96 
 
 
397 aa  592  1e-168  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  75.54 
 
 
372 aa  592  1e-168  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  77.69 
 
 
397 aa  590  1e-167  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  77.15 
 
 
385 aa  590  1e-167  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  68.9 
 
 
373 aa  522  1e-147  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  69.17 
 
 
373 aa  524  1e-147  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  67.83 
 
 
373 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  68.1 
 
 
373 aa  515  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  67.56 
 
 
373 aa  511  1e-144  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  65.05 
 
 
372 aa  511  1e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  66.22 
 
 
373 aa  510  1e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  65.05 
 
 
372 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  64.78 
 
 
372 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  64.61 
 
 
373 aa  511  1e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  64.78 
 
 
372 aa  504  9.999999999999999e-143  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  67.2 
 
 
371 aa  504  9.999999999999999e-143  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  65.05 
 
 
372 aa  506  9.999999999999999e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  64.52 
 
 
372 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0002  DNA polymerase III subunit beta  65.05 
 
 
372 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  63.17 
 
 
372 aa  482  1e-135  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0002  DNA polymerase III subunit beta  63.98 
 
 
372 aa  475  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1278  DNA polymerase III subunit beta  62.57 
 
 
373 aa  476  1e-133  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  unclonable  2.76035e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  59.14 
 
 
372 aa  457  1e-127  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1343  DNA polymerase III subunit beta  55.65 
 
 
372 aa  427  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  54.57 
 
 
372 aa  424  1e-118  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0012  DNA polymerase III subunit beta  55.65 
 
 
372 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  57.91 
 
 
370 aa  424  1e-117  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  55.65 
 
 
372 aa  423  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  0.00000350231 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0002  DNA polymerase III subunit beta  53.76 
 
 
372 aa  421  1e-117  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.474691  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  57.37 
 
 
371 aa  421  1e-116  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  55.38 
 
 
372 aa  412  1e-114  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000275643  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2834  DNA polymerase III subunit beta  52.96 
 
 
372 aa  410  1e-113  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0002  DNA polymerase III subunit beta  55.35 
 
 
373 aa  411  1e-113  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0966551  normal  0.572668 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0162  DNA polymerase III subunit beta  53.23 
 
 
372 aa  399  9.999999999999999e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281652  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1429  DNA polymerase III subunit beta  56.32 
 
 
375 aa  398  1e-109  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.314703  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1437  DNA polymerase III subunit beta  49.73 
 
 
374 aa  363  3e-99  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0002  DNA polymerase III subunit beta  49.33 
 
 
374 aa  362  8e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  41.22 
 
 
367 aa  288  7e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  41.22 
 
 
367 aa  288  7e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  42.93 
 
 
366 aa  288  9e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  42.13 
 
 
366 aa  284  1.0000000000000001e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  40.96 
 
 
367 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  42.18 
 
 
366 aa  285  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  42.18 
 
 
366 aa  285  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  42.18 
 
 
366 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  40.96 
 
 
367 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4049  DNA polymerase III subunit beta  42.18 
 
 
366 aa  283  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.22368  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  42.18 
 
 
366 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  41.49 
 
 
367 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  42.4 
 
 
366 aa  282  7.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517824  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  42.4 
 
 
366 aa  282  7.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  42.4 
 
 
366 aa  282  7.000000000000001e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  42.55 
 
 
366 aa  281  1e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  42.55 
 
 
366 aa  281  1e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  42.55 
 
 
366 aa  281  1e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  41.22 
 
 
367 aa  281  1e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  41.87 
 
 
366 aa  281  1e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000790466  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  42.55 
 
 
366 aa  281  1e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  42.55 
 
 
366 aa  281  1e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000199842  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  42.55 
 
 
366 aa  281  1e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  42.55 
 
 
366 aa  281  1e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  42.55 
 
 
366 aa  281  1e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000853421  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  42.55 
 
 
366 aa  281  1e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000133889  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0002  DNA polymerase III subunit beta  41.87 
 
 
366 aa  281  1e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  41.02 
 
 
367 aa  280  2e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0033  DNA polymerase III subunit beta  42.18 
 
 
366 aa  280  3e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234864  normal  0.233091 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  41.33 
 
 
367 aa  280  4e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396971  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  42.09 
 
 
367 aa  278  8e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  41.82 
 
 
367 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  42.09 
 
 
367 aa  276  3e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  41.02 
 
 
367 aa  276  4e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  40.32 
 
 
366 aa  276  6e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0002  DNA polymerase III subunit beta  41.64 
 
 
366 aa  274  1.0000000000000001e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000143561  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  41.55 
 
 
366 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000733559  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  41.71 
 
 
366 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.05 
 
 
366 aa  272  5.000000000000001e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490932  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  40.48 
 
 
367 aa  272  6e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  40.11 
 
 
366 aa  272  8.000000000000001e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  41.11 
 
 
366 aa  271  1e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.05 
 
 
366 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.05 
 
 
366 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.32 
 
 
366 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.05 
 
 
366 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.05 
 
 
366 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.05 
 
 
366 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000472427  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  39.41 
 
 
366 aa  270  2.9999999999999997e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.05 
 
 
366 aa  270  4e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  40.05 
 
 
366 aa  270  4e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000642144  hitchhiker  0.00000000134313 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40 
 
 
366 aa  268  1e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  39.79 
 
 
366 aa  267  2e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  38.87 
 
 
366 aa  267  2e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  39.73 
 
 
366 aa  266  4e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  39.2 
 
 
366 aa  266  4e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40 
 
 
366 aa  266  5e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000158001  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  39.3 
 
 
366 aa  266  5.999999999999999e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.52 
 
 
366 aa  265  7e-70  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0011847  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>