More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_2086 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  97.27 
 
 
329 aa  649  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
330 aa  666  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  87.62 
 
 
330 aa  583  1e-165  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  81.16 
 
 
330 aa  556  1e-157  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  71.78 
 
 
326 aa  494  1e-139  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  71.17 
 
 
326 aa  493  1e-138  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  73.25 
 
 
318 aa  488  1e-137  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  67.07 
 
 
327 aa  462  1e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  65.73 
 
 
327 aa  449  1e-125  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  54.32 
 
 
468 aa  369  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  54.32 
 
 
468 aa  369  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  54.55 
 
 
501 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  53.7 
 
 
446 aa  365  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  54.21 
 
 
469 aa  364  1e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  54.09 
 
 
455 aa  363  2e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  53.89 
 
 
457 aa  363  2e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  54.4 
 
 
458 aa  361  8e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  53.09 
 
 
471 aa  360  2e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  53.46 
 
 
453 aa  358  7e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  54.09 
 
 
412 aa  357  2e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3129  pseudouridine synthase RluD  53.14 
 
 
444 aa  356  4e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.411663  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  52.52 
 
 
411 aa  353  2e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  51.72 
 
 
364 aa  352  6e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  49.56 
 
 
350 aa  319  4e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  47.51 
 
 
349 aa  307  2e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  50.45 
 
 
330 aa  285  1e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  48.47 
 
 
330 aa  280  3e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  48.45 
 
 
325 aa  280  3e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.4 
 
 
348 aa  275  6e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.14 
 
 
436 aa  269  5e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.24 
 
 
354 aa  264  1e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  47.45 
 
 
324 aa  258  1e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.1 
 
 
348 aa  255  6e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  42.33 
 
 
330 aa  255  9e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  44.35 
 
 
346 aa  250  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  44.05 
 
 
346 aa  247  2e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  44.35 
 
 
348 aa  244  1e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  43.75 
 
 
346 aa  242  6e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  40.06 
 
 
368 aa  239  6e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  42.6 
 
 
329 aa  231  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  42.04 
 
 
405 aa  230  2e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1517  RluA family pseudouridine synthase  37.11 
 
 
333 aa  197  1e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  1.47946e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1482  RluA family pseudouridine synthase  37.58 
 
 
333 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00286389  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3808  RluA family pseudouridine synthase  37.58 
 
 
333 aa  195  9e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0127606  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.31 
 
 
332 aa  193  3e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  33.85 
 
 
307 aa  193  3e-48  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.48 
 
 
318 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.81 
 
 
320 aa  190  3e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0336491  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  36.48 
 
 
318 aa  189  4e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  37.96 
 
 
346 aa  186  4e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.26 
 
 
318 aa  184  1e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0268386  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.7 
 
 
315 aa  185  1e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.94 
 
 
318 aa  184  2e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050794  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36.28 
 
 
326 aa  184  3e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.61 
 
 
316 aa  183  4e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  38.68 
 
 
278 aa  181  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  37.34 
 
 
313 aa  181  1e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  36.42 
 
 
362 aa  179  4e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2815  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.75 
 
 
318 aa  177  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  4.64709e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.31 
 
 
315 aa  177  3e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.09224e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  34.07 
 
 
320 aa  177  3e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  1.33866e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1899  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.02 
 
 
320 aa  176  4e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  5.84108e-09  hitchhiker  5.01686e-05 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  35.35 
 
 
312 aa  176  5e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1299  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.38 
 
 
319 aa  174  1e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.547954  hitchhiker  1.78257e-07 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.38 
 
 
319 aa  175  1e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  2.44921e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2185  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.38 
 
 
319 aa  174  1e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.012302  hitchhiker  1.36846e-10 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1255  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.38 
 
 
319 aa  174  1e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242253  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1284  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.38 
 
 
319 aa  174  1e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0174547  hitchhiker  2.20374e-09 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.94 
 
 
328 aa  174  2e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2510  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.31 
 
 
318 aa  173  4e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  5.92786e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.25 
 
 
327 aa  172  6e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.63 
 
 
319 aa  171  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.72174e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.95 
 
 
319 aa  171  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  2.20754e-06  hitchhiker  1.72116e-09 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.63 
 
 
319 aa  171  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  4.44551e-07  hitchhiker  9.16413e-05 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.95 
 
 
319 aa  171  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  7.73418e-10  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  34.63 
 
 
319 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  7.78536e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.63 
 
 
319 aa  171  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.1451e-09  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  34.63 
 
 
319 aa  171  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  4.99668e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1580  pseudouridine synthase, RluA family  34.81 
 
 
319 aa  172  1e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000241554  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  34.63 
 
 
319 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  5.57514e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  35.62 
 
 
339 aa  171  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1875  RluA family pseudouridine synthase  34.21 
 
 
317 aa  171  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.763374  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  38.1 
 
 
399 aa  170  3e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2239  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.63 
 
 
319 aa  169  5e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.98156e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  34.8 
 
 
318 aa  169  6e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  35.05 
 
 
364 aa  167  2e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  36.16 
 
 
339 aa  167  2e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.05 
 
 
322 aa  166  4e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2303  RluA family pseudouridine synthase  34.58 
 
 
323 aa  166  6e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1678  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.74 
 
 
320 aa  166  6e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  9.01915e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2033  RluA family pseudouridine synthase  34.7 
 
 
319 aa  165  9e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.904373  normal  0.0708013 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  36.45 
 
 
330 aa  164  1e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.65 
 
 
338 aa  164  1e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122309  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.85 
 
 
314 aa  164  2e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1570  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.74 
 
 
320 aa  164  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.17495e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  35.11 
 
 
344 aa  163  3e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2633  lysozyme  34.48 
 
 
325 aa  163  4e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000151513 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  34.8 
 
 
344 aa  163  4e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.05 
 
 
320 aa  162  5e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  40.23 
 
 
286 aa  162  5e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.142786 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>