More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_1992 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_1804  DNA polymerase III subunit delta'  94.72 
 
 		 341 aa  637    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614913  normal  0.0173995 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1992  DNA polymerase III subunit delta'  100 
 
 		 341 aa  688    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00150502 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1291  DNA polymerase III subunit delta'  68.91 
 
 		 343 aa  481  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0826034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2156  DNA polymerase III subunit delta'  69.64 
 
 		 346 aa  477  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321574  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2078  DNA polymerase III subunit delta'  45.62 
 
 		 358 aa  279  5e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0993  DNA polymerase III subunit delta'  45.32 
 
 		 360 aa  266  5e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0961  DNA polymerase III subunit delta'  45.32 
 
 		 360 aa  266  5e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.220444  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0821  DNA polymerase III subunit delta'  40.12 
 
 		 347 aa  252  6e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.114263  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1582  DNA polymerase III subunit delta'  44.75 
 
 		 354 aa  250  3e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2680  DNA polymerase III subunit delta'  40.61 
 
 		 346 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.22227  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2009  DNA polymerase III subunit delta'  39.14 
 
 		 346 aa  205  1e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.225476  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2328  DNA polymerase III subunit delta'  38.6 
 
 		 370 aa  205  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.958116  normal  0.527061 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4101  DNA polymerase III subunit delta'  38.34 
 
 		 346 aa  203  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0423966 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0674  DNA polymerase III subunit delta'  38.18 
 
 		 370 aa  203  4e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.593154  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3115  DNA polymerase III subunit delta'  39.33 
 
 		 351 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0432076  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6279  DNA-directed DNA polymerase  38.73 
 
 		 347 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0702265  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1276  DNA polymerase III subunit delta'  37.82 
 
 		 374 aa  200  3e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.303691 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4326  DNA-directed DNA polymerase  38.58 
 
 		 347 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.194221 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1453  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.59 
 
 		 349 aa  196  5.000000000000001e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.675229  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2716  DNA polymerase III subunit delta'  38.97 
 
 		 346 aa  196  6e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0028  DNA-directed DNA polymerase  39.26 
 
 		 323 aa  194  2e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0584307 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0556  DNA polymerase III subunit delta'  37.65 
 
 		 373 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.15222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3112  DNA replication ATPase  35.87 
 
 		 387 aa  191  2e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.347103  normal  0.240633 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0971  DNA polymerase III subunit delta'  40.12 
 
 		 322 aa  187  2e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1535  putative DNA polymerase III delta prime subunit  35.91 
 
 		 372 aa  187  2e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.267106 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2704  DNA polymerase III subunit delta'  39.09 
 
 		 346 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6922  DNA-directed DNA polymerase  37.46 
 
 		 348 aa  185  8e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3592  DNA polymerase III subunit delta'  43.03 
 
 		 373 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.57935 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0921  DNA polymerase III subunit delta'  39.26 
 
 		 381 aa  184  3e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4706  DNA-directed DNA polymerase  37.2 
 
 		 363 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.586259  normal  0.0211469 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1463  DNA polymerase III subunit delta'  37.92 
 
 		 346 aa  182  8.000000000000001e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4190  DNA-directed DNA polymerase  37.87 
 
 		 360 aa  181  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4561  DNA-directed DNA polymerase  37.54 
 
 		 360 aa  180  2e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481639  normal  0.0700899 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0542  AAA ATPase  34.78 
 
 		 364 aa  177  2e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1702  DNA polymerase III subunit delta'  35.73 
 
 		 374 aa  171  2e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.468151  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2698  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.91 
 
 		 334 aa  160  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.150923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1509  DNA-directed DNA polymerase  38.22 
 
 		 350 aa  153  4e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2145  DNA polymerase III subunit delta'  38.83 
 
 		 365 aa  151  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1258  DNA-directed DNA polymerase  37.5 
 
 		 326 aa  150  3e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.261442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0485  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.87 
 
 		 325 aa  135  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02714  DNA polymerase III subunit delta'  40.29 
 
 		 319 aa  113  5e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.577208  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0878  DNA polymerase III subunit delta'  39.5 
 
 		 318 aa  108  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  34.15 
 
 		 320 aa  106  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.06 
 
 		 343 aa  105  8e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  35.1 
 
 		 328 aa  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3389  DNA-directed DNA polymerase  36.53 
 
 		 349 aa  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.927863  normal  0.0484045 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.26 
 
 		 358 aa  103  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1640  DNA polymerase III subunit delta'  36.45 
 
 		 330 aa  100  3e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1583  DNA polymerase III subunit delta'  37.25 
 
 		 323 aa  100  3e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0104741  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.84 
 
 		 327 aa  100  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.13 
 
 		 323 aa  100  4e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  34.15 
 
 		 327 aa  100  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1940  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.4 
 
 		 318 aa  100  4e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.792182  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.16 
 
 		 339 aa  98.6  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.82 
 
 		 337 aa  99  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  33.47 
 
 		 330 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.95 
 
 		 334 aa  97.4  3e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.16 
 
 		 363 aa  97.1  4e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  30 
 
 		 326 aa  96.7  5e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02902  DNA polymerase III subunit delta'  37.67 
 
 		 320 aa  96.3  6e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.59 
 
 		 363 aa  96.3  6e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.46 
 
 		 323 aa  95.9  9e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0084  DNA polymerase III subunit delta'  32.41 
 
 		 307 aa  95.5  1e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2246  putative DNA polymerase III, delta' subunit  38.1 
 
 		 323 aa  94.4  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214803  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1859  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.24 
 
 		 357 aa  93.2  5e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.276921 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  36.46 
 
 		 328 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.06 
 
 		 328 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.31 
 
 		 327 aa  92.4  9e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.43 
 
 		 331 aa  92.4  9e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.96 
 
 		 336 aa  92  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  34.8 
 
 		 321 aa  92  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  35.8 
 
 		 328 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.43 
 
 		 335 aa  92  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  32.28 
 
 		 328 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  31.46 
 
 		 321 aa  91.7  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  37.84 
 
 		 328 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  39.46 
 
 		 328 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  32 
 
 		 328 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  30.14 
 
 		 320 aa  90.9  3e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1391  DNA-directed DNA polymerase  27.6 
 
 		 374 aa  90.5  4e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000825197 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  36.02 
 
 		 328 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.96 
 
 		 370 aa  89.7  6e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1239  DNA polymerase III subunit delta'  27.27 
 
 		 373 aa  89.7  7e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2256  DNA-directed DNA polymerase  34.98 
 
 		 336 aa  89.7  7e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.71 
 
 		 320 aa  89  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  27.97 
 
 		 326 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.33 
 
 		 354 aa  87.8  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.67 
 
 		 344 aa  87.4  3e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.3 
 
 		 320 aa  87  4e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0857  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.99 
 
 		 681 aa  87  4e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1334  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.52 
 
 		 421 aa  87.4  4e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02443  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.99 
 
 		 698 aa  87  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.55 
 
 		 351 aa  87  4e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  28.29 
 
 		 389 aa  86.7  5e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1793  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.33 
 
 		 911 aa  86.3  7e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00315607  hitchhiker  0.000000397841 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0030  DNA polymerase III subunit delta'  31.09 
 
 		 327 aa  86.3  7e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.454552  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0028  DNA polymerase III subunit delta'  31.09 
 
 		 327 aa  86.3  7e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.36 
 
 		 347 aa  85.5  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.632704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  34.15 
 
 		 319 aa  85.5  0.000000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1629  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.93 
 
 		 336 aa  85.5  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000209012  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>