196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_0913 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  96.13 
 
 		 336 aa  671    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  100 
 
 		 336 aa  691    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  78.57 
 
 		 337 aa  549  1e-155  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  71.73 
 
 		 338 aa  520  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  71.89 
 
 		 337 aa  507  1e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  68.58 
 
 		 334 aa  482  1e-135  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  62.2 
 
 		 329 aa  442  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  62.87 
 
 		 349 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  62.87 
 
 		 356 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  62.87 
 
 		 351 aa  433  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  62.02 
 
 		 335 aa  432  1e-120  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  62.57 
 
 		 348 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  62.28 
 
 		 347 aa  429  1e-119  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  61.08 
 
 		 348 aa  428  1e-119  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  62.46 
 
 		 348 aa  424  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  62.09 
 
 		 352 aa  421  1e-117  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  62.99 
 
 		 365 aa  420  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  61.49 
 
 		 352 aa  418  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  63.17 
 
 		 390 aa  414  9.999999999999999e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  60.9 
 
 		 352 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  61.61 
 
 		 345 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  61.61 
 
 		 351 aa  414  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  59.88 
 
 		 344 aa  404  1.0000000000000001e-112  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  59.58 
 
 		 338 aa  403  1e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  60 
 
 		 354 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  59.46 
 
 		 344 aa  390  1e-107  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  59.63 
 
 		 371 aa  387  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  57.49 
 
 		 337 aa  381  1e-104  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  56.12 
 
 		 357 aa  361  9e-99  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  43.88 
 
 		 375 aa  260  2e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  45.79 
 
 		 382 aa  259  6e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  44.08 
 
 		 366 aa  257  2e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  45.48 
 
 		 383 aa  255  9e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  43.49 
 
 		 366 aa  252  8.000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  43.41 
 
 		 371 aa  250  2e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  42.46 
 
 		 328 aa  249  5e-65  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  44.74 
 
 		 338 aa  249  6e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  43.65 
 
 		 340 aa  248  1e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  43.79 
 
 		 346 aa  248  1e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  44.44 
 
 		 338 aa  246  4e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  41.84 
 
 		 362 aa  244  9.999999999999999e-64  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  42.9 
 
 		 332 aa  243  3e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  41.27 
 
 		 328 aa  243  3e-63  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  41.62 
 
 		 348 aa  241  1e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  42.14 
 
 		 348 aa  241  1e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  43.24 
 
 		 335 aa  239  5e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  42.64 
 
 		 338 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  41.8 
 
 		 332 aa  238  8e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  41.74 
 
 		 338 aa  236  6e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  42.68 
 
 		 350 aa  233  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  44.15 
 
 		 383 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  43.16 
 
 		 340 aa  231  1e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  43.86 
 
 		 383 aa  231  2e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  40.31 
 
 		 368 aa  230  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  38.99 
 
 		 349 aa  229  7e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  38.87 
 
 		 340 aa  228  1e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  40.3 
 
 		 344 aa  227  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  43.03 
 
 		 358 aa  223  3e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  38.32 
 
 		 383 aa  223  4e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  41.08 
 
 		 335 aa  220  3e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  41.25 
 
 		 342 aa  218  8.999999999999998e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  36.34 
 
 		 332 aa  218  1e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  34.87 
 
 		 328 aa  215  9.999999999999999e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  33.02 
 
 		 328 aa  208  8e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  33.02 
 
 		 328 aa  208  1e-52  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  31.14 
 
 		 330 aa  207  2e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  36 
 
 		 351 aa  202  5e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  36.51 
 
 		 313 aa  192  5e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  32.72 
 
 		 347 aa  192  7e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  36.34 
 
 		 355 aa  185  1.0000000000000001e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  31.85 
 
 		 330 aa  129  7.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  31.85 
 
 		 330 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  31.53 
 
 		 330 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  29.6 
 
 		 330 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  33.54 
 
 		 315 aa  116  6e-25  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  31.97 
 
 		 319 aa  107  3e-22  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.19 
 
 		 1017 aa  103  3e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  28.89 
 
 		 327 aa  101  2e-20  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  27.65 
 
 		 314 aa  96.7  5e-19  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2308  hypothetical protein  29.8 
 
 		 339 aa  91.7  2e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.146289  normal  0.484856 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  26.14 
 
 		 321 aa  84.7  0.000000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1852  putative mRNA 3-end processing factor  35.87 
 
 		 337 aa  80.5  0.00000000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.681251  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1132  hypothetical protein  27.3 
 
 		 328 aa  77  0.0000000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00888  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2687  beta-lactamase domain protein  22.69 
 
 		 591 aa  72.8  0.000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1169  conserved hypothetical protein  26.8 
 
 		 328 aa  71.2  0.00000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.561924  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  25.72 
 
 		 327 aa  71.2  0.00000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  23.35 
 
 		 317 aa  69.7  0.00000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00990  Endoribonuclease ysh1 (EC 3.1.27.-)(mRNA 3'-end-processing protein ysh1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BEP0]  28.57 
 
 		 884 aa  67.8  0.0000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4121  beta-lactamase domain-containing protein  34.78 
 
 		 457 aa  62.4  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.729695 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4381  beta-lactamase domain protein  31.37 
 
 		 454 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1028  beta-lactamase domain-containing protein  21.62 
 
 		 616 aa  61.6  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4513  beta-lactamase domain protein  31.37 
 
 		 454 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.557779 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1130  metallo-beta-lactamase family protein  26.83 
 
 		 452 aa  60.1  0.00000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.332296  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0201  hypothetical protein  33.04 
 
 		 452 aa  60.1  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.384627 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0096  beta-lactamase-like  28.63 
 
 		 411 aa  59.7  0.00000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.619146  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1938  beta-lactamase domain protein  28.21 
 
 		 821 aa  59.3  0.00000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.199019  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3879  beta-lactamase-like  34.38 
 
 		 452 aa  59.3  0.00000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.486794  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0025  beta-lactamase domain-containing protein  21.2 
 
 		 432 aa  58.5  0.0000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_33504  predicted protein  35.2 
 
 		 767 aa  57.8  0.0000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.174633 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0156  beta-lactamase-like protein  25.58 
 
 		 485 aa  57  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.215691  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>