More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_0078 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011369  Rleg2_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  92.93 
 
 
397 aa  761  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.03403 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0474  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  78.73 
 
 
404 aa  662  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  80.51 
 
 
426 aa  665  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.250429  normal  0.531249 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0078  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
397 aa  811  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.191051  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0389  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  70.84 
 
 
395 aa  595  1e-169  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.45697  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0972  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  71.72 
 
 
395 aa  583  1e-165  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1031  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  71.72 
 
 
395 aa  583  1e-165  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  71.1 
 
 
395 aa  582  1e-165  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.80626  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1601  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.77 
 
 
387 aa  484  1e-136  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0549352 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1633  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.86 
 
 
403 aa  476  1e-133  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.73321  normal  0.191724 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1915  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.86 
 
 
388 aa  475  1e-133  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.121037 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1338  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.16 
 
 
390 aa  463  1e-129  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0809  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.84 
 
 
392 aa  453  1e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.486671 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7333  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.06 
 
 
384 aa  452  1e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0628  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.23 
 
 
387 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3149  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.31 
 
 
392 aa  450  1e-125  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.53519 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.44 
 
 
389 aa  447  1e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3697  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.78 
 
 
411 aa  441  1e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.891893  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0077  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.89 
 
 
388 aa  441  1e-122  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0144823 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4745  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.57 
 
 
410 aa  438  1e-122  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.745533  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3068  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.95 
 
 
389 aa  431  1e-119  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.76584  normal  0.634993 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3336  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.28 
 
 
383 aa  417  1e-115  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0627884 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4235  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.42 
 
 
396 aa  412  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00395056 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3480  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.02 
 
 
404 aa  397  1e-109  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2093  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.19 
 
 
363 aa  379  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.872712  normal  0.304299 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1021  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.71 
 
 
388 aa  376  1e-103  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000463021 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.1 
 
 
395 aa  373  1e-102  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.73 
 
 
385 aa  374  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.306111  normal  0.0744523 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4562  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.32 
 
 
388 aa  367  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2842  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.51 
 
 
382 aa  355  7e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0449  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.56 
 
 
390 aa  349  6e-95  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.408478 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0094  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.31 
 
 
389 aa  341  1e-92  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0048  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.66 
 
 
380 aa  340  2e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0046  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.36 
 
 
387 aa  340  2e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00905403  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2996  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.73 
 
 
381 aa  340  2e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.343819 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0354  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.99 
 
 
388 aa  336  4e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1128  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.77 
 
 
380 aa  336  4e-91  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2789  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.51 
 
 
380 aa  333  3e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.345284  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.87 
 
 
379 aa  333  5e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0144  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.99 
 
 
381 aa  323  3e-87  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.131428  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0581  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.26 
 
 
375 aa  318  1e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.680439  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.68 
 
 
378 aa  317  3e-85  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3620  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50 
 
 
377 aa  313  3e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.459688 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1531  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50 
 
 
371 aa  311  1e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.65 
 
 
375 aa  309  6e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0788  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.15 
 
 
398 aa  298  9e-80  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.770498  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1471  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.68 
 
 
378 aa  295  9e-79  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1852  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.62 
 
 
378 aa  294  2e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.751172  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2554  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.49 
 
 
376 aa  294  2e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2246  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.26 
 
 
383 aa  293  3e-78  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1869  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.29 
 
 
375 aa  292  6e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0549  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.86 
 
 
407 aa  292  7e-78  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.306298 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.75 
 
 
376 aa  290  4e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0561  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.82 
 
 
407 aa  289  6e-77  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40 
 
 
375 aa  287  3e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0557  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.72 
 
 
386 aa  286  4e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2126  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.94 
 
 
376 aa  286  5e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.521922  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1804  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.89 
 
 
386 aa  286  6e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0689482  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.1 
 
 
380 aa  285  9e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2196  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.62 
 
 
385 aa  285  9e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4217  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.34 
 
 
383 aa  285  1e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03183  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.13 
 
 
378 aa  285  1e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0781  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.69 
 
 
374 aa  285  1e-75  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.946099  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49380  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.6 
 
 
383 aa  285  1e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.545113  normal  0.68412 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.69 
 
 
374 aa  285  1e-75  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.438306  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0642  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.73 
 
 
402 aa  284  2e-75  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.39661  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2443  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.52 
 
 
377 aa  283  4e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.461656  normal  0.0916444 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2019  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.79 
 
 
377 aa  279  5e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489333 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2188  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.93 
 
 
376 aa  279  7e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0116098 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1496  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.23 
 
 
382 aa  278  9e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1819  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.23 
 
 
382 aa  278  9e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.578155  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1390  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.86 
 
 
386 aa  278  1e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2375  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.84 
 
 
377 aa  278  2e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2192  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.72 
 
 
376 aa  277  2e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1271  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.36 
 
 
392 aa  277  3e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1420  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.86 
 
 
383 aa  276  3e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  7.37808e-05  normal  0.0270135 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.32 
 
 
386 aa  276  4e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.718454  normal  0.0448181 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3066  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.81 
 
 
380 aa  276  6e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.107032  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1895  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.46 
 
 
383 aa  275  8e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387687  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3116  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.17 
 
 
395 aa  275  1e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.210379  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0499  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.75 
 
 
383 aa  275  1e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02544  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.56 
 
 
378 aa  274  2e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0279642  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2518  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.47 
 
 
382 aa  273  3e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00740773 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3501  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.1 
 
 
375 aa  273  3e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1814  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.9 
 
 
376 aa  273  4e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.93447  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.31 
 
 
375 aa  272  6e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2482  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.69 
 
 
389 aa  272  6e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.434422 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2618  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.31 
 
 
375 aa  272  7e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02363  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.31 
 
 
375 aa  272  7e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1205  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.31 
 
 
375 aa  272  7e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.270871  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02325  hypothetical protein  40.31 
 
 
375 aa  272  7e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2751  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.31 
 
 
375 aa  272  7e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2602  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.31 
 
 
375 aa  272  7e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1351  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.12 
 
 
379 aa  272  7e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.42322 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1459  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.98 
 
 
383 aa  272  7e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1198  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.31 
 
 
375 aa  272  7e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2967  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.29 
 
 
375 aa  272  8e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.546622 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2607  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.79 
 
 
382 aa  272  9e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1263  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.36 
 
 
386 aa  272  9e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.103689  normal  0.466202 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1255  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.97 
 
 
375 aa  271  1e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>