More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_0053 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_0053  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 
286 aa  573  1e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.87191  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0038  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  95.45 
 
 
286 aa  550  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.260618 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0025  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  78.67 
 
 
286 aa  462  1e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000152428 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0414  rRNA methylase  73.85 
 
 
294 aa  442  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0162  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  64.56 
 
 
294 aa  384  1e-106  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0145  RNA methyltransferase  65.02 
 
 
297 aa  379  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.567966  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0150  RNA methyltransferase  65.02 
 
 
297 aa  379  1e-104  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3677  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  66.43 
 
 
286 aa  380  1e-104  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1374  RNA methyltransferase  59.48 
 
 
274 aa  344  1e-93  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3094  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.36 
 
 
262 aa  278  1e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922753  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2787  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.7 
 
 
261 aa  217  1e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3823  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.38 
 
 
261 aa  200  2e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0827889  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2053  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.46 
 
 
270 aa  194  1e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.625975  normal  0.133256 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2901  tRNA/rRNA methyltransferase  41.09 
 
 
267 aa  192  5e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.440032  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1222  RNA methyltransferase  37.02 
 
 
267 aa  178  9e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0117794  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0863  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.77 
 
 
266 aa  172  5e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2517  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.92 
 
 
266 aa  171  1e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1853  RNA methyltransferase  33.97 
 
 
257 aa  160  2e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0683239  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1437  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.33 
 
 
269 aa  157  2e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2224  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.44 
 
 
262 aa  148  8e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0808  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.36 
 
 
251 aa  147  2e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2141  RNA methyltransferase  33.97 
 
 
257 aa  147  2e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1379  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.47 
 
 
272 aa  144  2e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000452495  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0856  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.53 
 
 
296 aa  141  1e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1618  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.59 
 
 
267 aa  140  2e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  1.97241e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2397  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.59 
 
 
266 aa  140  3e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.004624  normal  0.210055 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0623  rRNA methylase  34.77 
 
 
252 aa  138  1e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05620  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.95 
 
 
270 aa  136  4e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000147427  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5040  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.72 
 
 
260 aa  134  1e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0218  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.1 
 
 
271 aa  134  2e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  2.99971e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2211  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.68 
 
 
256 aa  132  6e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0173286  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2142  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.69 
 
 
289 aa  132  6e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00455486  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2650  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.46 
 
 
254 aa  132  8e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00276989  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1221  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.35 
 
 
258 aa  131  1e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  7.66628e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1196  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.35 
 
 
246 aa  131  1e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1218  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.35 
 
 
246 aa  131  1e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0561  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.5 
 
 
254 aa  131  1e-29  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0417  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.71 
 
 
264 aa  130  2e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  2.53805e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0915  rRNA methylase  33.46 
 
 
255 aa  130  3e-29  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00701819  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3618  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.72 
 
 
245 aa  130  3e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.740524  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1087  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.09 
 
 
266 aa  129  6e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  1.99948e-08  normal  0.0146207 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1728  rRNA methylase  33.21 
 
 
257 aa  128  8e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0332  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.74 
 
 
272 aa  128  1e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1436  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.44 
 
 
260 aa  125  6e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0303105  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2051  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.73 
 
 
254 aa  125  7e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.154178  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4673  RNA methyltransferase, TrmH family  31.58 
 
 
265 aa  125  8e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  1.76675e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1207  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.37 
 
 
270 aa  125  8e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0784669  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1606  RNA methyltransferase  36.56 
 
 
247 aa  124  1e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.0012787  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3250  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.4 
 
 
254 aa  124  1e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4676  RNA methyltransferase, TrmH family  30.83 
 
 
265 aa  124  3e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.90567e-34 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2951  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.2 
 
 
260 aa  123  4e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3145  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.2 
 
 
260 aa  123  4e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00100034  normal  0.534513 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.83 
 
 
276 aa  122  5e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0566  RNA methyltransferase, TrmH family  31.2 
 
 
265 aa  122  5e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  3.31759e-07  hitchhiker  1.00751e-08 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4688  RNA methyltransferase  31.4 
 
 
254 aa  122  5e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000546426  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4305  23S rRNA methyltransferase  31.78 
 
 
254 aa  122  6e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0650881  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3173  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.58 
 
 
261 aa  122  8e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0121288  normal  0.209756 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4499  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  33.94 
 
 
270 aa  122  8e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.266243  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3166  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.47 
 
 
264 aa  122  1e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.197409  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1341  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.42 
 
 
241 aa  121  1e-26  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.240976  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4688  RNA methyltransferase, TrmH family  31.4 
 
 
254 aa  120  2e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  5.39995e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0612  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.72 
 
 
274 aa  120  3e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.167987  normal  0.356127 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4295  23S rRNA methyltransferase  31.01 
 
 
254 aa  120  3e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2063  putative rRNA methylase  33.57 
 
 
275 aa  119  4e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00825348  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4393  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.4 
 
 
254 aa  119  5e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  2.50925e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4805  RNA methyltransferase  30.62 
 
 
254 aa  119  6e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00212295  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4457  RNA methyltransferase  30.62 
 
 
254 aa  119  6e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0314134  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1225  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.82 
 
 
267 aa  119  7e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0314273  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1878  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.12 
 
 
296 aa  119  8e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.412801 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1311  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.71 
 
 
269 aa  117  1e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.662329  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1199  tRNA/rRNA methyltransferase  35.54 
 
 
234 aa  118  1e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.354486  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2039  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  33.97 
 
 
277 aa  118  1e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0846058  normal  0.928617 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9079  rRNA methylase protein  33.2 
 
 
274 aa  118  1e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0769  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.09 
 
 
267 aa  117  2e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2137  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.85 
 
 
299 aa  117  2e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0440159 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5480  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.98 
 
 
272 aa  116  4e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.666691  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0573  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.4 
 
 
272 aa  114  1e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.264618 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1394  rRNA methylase  29.62 
 
 
253 aa  114  1e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  6.33363e-08  hitchhiker  1.76373e-23 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2462  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.43 
 
 
237 aa  114  1e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08786  putative rRNA methylase  27.38 
 
 
264 aa  115  1e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3036  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.18 
 
 
261 aa  114  2e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.142554  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2613  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.91 
 
 
285 aa  114  2e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11661  23S rRNA methyltransferase tsnR  34.4 
 
 
260 aa  114  3e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3068  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.62 
 
 
283 aa  114  3e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.914691 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0720  RNA methyltransferase  29.12 
 
 
246 aa  113  4e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.186553  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.21 
 
 
257 aa  112  6e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.560125  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1800  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.7 
 
 
265 aa  112  6e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0294  rRNA methyltransferase  32.03 
 
 
245 aa  112  9e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  1.26477e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4141  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.23 
 
 
271 aa  110  2e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000328587  hitchhiker  0.000303347 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3055  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.1 
 
 
236 aa  110  2e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.915806  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2415  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.07 
 
 
265 aa  110  3e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1885  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.95 
 
 
314 aa  109  4e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.114831  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5470  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.08 
 
 
282 aa  109  5e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0453  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.17 
 
 
243 aa  108  7e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0296  SpoU rRNA methylase family protein  33.46 
 
 
265 aa  108  1e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00172027 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0537  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.28 
 
 
266 aa  108  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0842858  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3539  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.65 
 
 
252 aa  106  4e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0474859  normal  0.153655 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01710  rRNA methylase  32.84 
 
 
271 aa  106  4e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.43805 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2492  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.2 
 
 
269 aa  106  5e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2090  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.45 
 
 
263 aa  104  2e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>