More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_0006 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_0006  ribonuclease PH  100 
 
 
239 aa  493  1e-138  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00173681 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0006  ribonuclease PH  95.82 
 
 
239 aa  476  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.105449 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0397  ribonuclease PH  87.45 
 
 
239 aa  444  1e-124  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0010  ribonuclease PH  85.36 
 
 
239 aa  436  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000167054 
 
 
-
 
NC_004310  BR0173  ribonuclease PH  80.59 
 
 
238 aa  407  1e-113  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0182  ribonuclease PH  80.59 
 
 
238 aa  409  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0167  ribonuclease PH  81.01 
 
 
238 aa  409  1e-113  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.685694  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4016  ribonuclease PH  77.64 
 
 
238 aa  394  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.761364  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3580  ribonuclease PH  72.15 
 
 
238 aa  363  1e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2535  ribonuclease PH  73 
 
 
237 aa  363  1e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0395  ribonuclease PH  73.84 
 
 
237 aa  361  5e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0425  ribonuclease PH  73 
 
 
237 aa  361  6e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0151  ribonuclease PH  71.73 
 
 
237 aa  359  3e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0332  ribonuclease PH  72.57 
 
 
237 aa  358  5e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0178765  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0186  ribonuclease PH  71.31 
 
 
237 aa  358  5e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0325  ribonuclease PH  71.43 
 
 
239 aa  355  2e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0193  ribonuclease PH  71.73 
 
 
237 aa  355  3e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.238367 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0469  ribonuclease PH  70.04 
 
 
237 aa  353  2e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.221251  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4763  ribonuclease PH  68.78 
 
 
237 aa  349  2e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.125649  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0401  ribonuclease PH  68.78 
 
 
237 aa  348  6e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0434  ribonuclease PH  68.78 
 
 
237 aa  347  7e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.197772  normal  0.874562 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4253  ribonuclease PH  68.35 
 
 
237 aa  345  5e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2151  ribonuclease PH  67.09 
 
 
237 aa  342  3e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2943  ribonuclease PH  67.93 
 
 
237 aa  338  4e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.773664  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0778  ribonuclease PH  66.67 
 
 
237 aa  334  6e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.225332  normal  0.269396 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3463  ribonuclease PH  67.93 
 
 
237 aa  327  9e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3641  ribonuclease PH  64.98 
 
 
240 aa  322  5e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0043  ribonuclease PH  64.98 
 
 
238 aa  320  1e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2882  ribonuclease PH  65.82 
 
 
237 aa  320  1e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1221  ribonuclease PH  65.82 
 
 
241 aa  320  2e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0468806  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2960  ribonuclease PH  62.61 
 
 
239 aa  315  4e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.552332  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2658  ribonuclease PH  64.14 
 
 
237 aa  315  4e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.624871  normal  0.811384 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0051  ribonuclease PH  63.29 
 
 
243 aa  310  1e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.264051  normal  0.249454 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3851  ribonuclease PH  63.87 
 
 
238 aa  310  2e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.92407  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0548  ribonuclease PH  63.29 
 
 
238 aa  309  3e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2474  ribonuclease PH  62.03 
 
 
242 aa  309  3e-83  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0010  ribonuclease PH  61.6 
 
 
241 aa  307  9e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2872  ribonuclease PH  62.29 
 
 
237 aa  307  1e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.51038  normal  0.0590595 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2403  ribonuclease PH  62.87 
 
 
246 aa  306  3e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4105  ribonuclease PH  62.29 
 
 
243 aa  305  4e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.12332  normal  0.156755 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0957  ribonuclease PH  61.86 
 
 
246 aa  304  9e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.88797  normal  0.461387 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0997  ribonuclease PH  61.86 
 
 
246 aa  304  9e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0518  ribonuclease PH  61.86 
 
 
246 aa  304  9e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2646  ribonuclease PH  61.76 
 
 
243 aa  303  2e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2098  ribonuclease PH  61.76 
 
 
243 aa  303  2e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0813  ribonuclease PH  61.76 
 
 
243 aa  303  2e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.696355  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2951  ribonuclease PH  61.76 
 
 
243 aa  303  2e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.304043  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0857  ribonuclease PH  61.02 
 
 
246 aa  303  2e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3051  ribonuclease PH  61.76 
 
 
243 aa  303  2e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4386  ribonuclease PH  60.59 
 
 
239 aa  303  2e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0782226 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3017  ribonuclease PH  61.76 
 
 
243 aa  303  2e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.109379  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1966  ribonuclease PH  61.76 
 
 
243 aa  303  2e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.211424  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0869  ribonuclease PH  61.02 
 
 
246 aa  303  2e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2446  ribonuclease PH  60.08 
 
 
238 aa  301  5e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.354995 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1584  ribonuclease PH  62.03 
 
 
243 aa  301  5e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3683  ribonuclease PH  61.44 
 
 
239 aa  301  5e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0449428 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1960  ribonuclease PH  61.6 
 
 
238 aa  300  1e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0244748  normal  0.445772 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2159  ribonuclease PH  60.76 
 
 
238 aa  299  3e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0019254  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5547  ribonuclease PH  58.9 
 
 
240 aa  298  4e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.376694 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3844  ribonuclease PH  62.03 
 
 
237 aa  298  5e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0112  ribonuclease PH  59.92 
 
 
237 aa  298  5e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0254  ribonuclease PH  64.29 
 
 
238 aa  297  8e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.41574 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2280  ribonuclease PH  60.76 
 
 
238 aa  297  1e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.865381 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0319  ribonuclease PH  60.76 
 
 
237 aa  296  2e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0213  ribonuclease PH  58.9 
 
 
240 aa  295  3e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3488  ribonuclease PH  61.18 
 
 
237 aa  295  4e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02369  ribonuclease PH  61.34 
 
 
241 aa  295  5e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0903  ribonuclease PH  60.34 
 
 
246 aa  295  5e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.398117  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0167  ribonuclease PH  61.18 
 
 
242 aa  295  5e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.43547 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0077  ribonuclease PH  58.47 
 
 
240 aa  295  6e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2343  ribonuclease PH  61.7 
 
 
242 aa  294  8e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1977  ribonuclease PH  61.7 
 
 
242 aa  294  8e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.87042  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3024  ribonuclease PH  59.41 
 
 
243 aa  293  1e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0667  ribonuclease PH  60.76 
 
 
246 aa  292  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.500053  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6110  ribonuclease PH  59.32 
 
 
239 aa  293  2e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.229557  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3006  ribonuclease PH  60.67 
 
 
238 aa  292  3e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70420  ribonuclease PH  59.32 
 
 
239 aa  292  4e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0973  ribonuclease PH  58.23 
 
 
238 aa  291  5e-78  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3087  ribonuclease PH  59.49 
 
 
246 aa  290  1e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.775447  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0179  ribonuclease PH  57.2 
 
 
240 aa  290  1e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.308415  hitchhiker  7.67641e-06 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0352  ribonuclease PH  60.76 
 
 
237 aa  290  2e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.666936 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0456  ribonuclease PH  60.76 
 
 
237 aa  290  2e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3777  ribonuclease PH  60.76 
 
 
237 aa  290  2e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0207  ribonuclease PH  58.65 
 
 
238 aa  290  2e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0852  ribonuclease PH  59.49 
 
 
238 aa  290  2e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0159871  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3604  ribonuclease PH  60.76 
 
 
237 aa  290  2e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4256  ribonuclease PH  60.34 
 
 
237 aa  289  3e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0705  ribonuclease PH  59.75 
 
 
241 aa  289  3e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.531661 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0378  ribonuclease PH  62.45 
 
 
237 aa  288  4e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  5.79905e-11 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0477  RNAse PH  60.78 
 
 
244 aa  288  5e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0066  ribonuclease PH  56.96 
 
 
238 aa  288  5e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0858  ribonuclease PH  59.75 
 
 
244 aa  288  6e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5202  ribonuclease PH  57.2 
 
 
240 aa  288  6e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.883526  normal  0.399595 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5342  ribonuclease PH  57.2 
 
 
240 aa  288  6e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.452896  normal  0.0235575 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02850  ribonuclease PH  59.66 
 
 
239 aa  288  6e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5294  ribonuclease PH  57.2 
 
 
240 aa  288  6e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.475514 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00648  ribonuclease PH  58.65 
 
 
240 aa  287  9e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1080  ribonuclease PH  59.91 
 
 
246 aa  286  2e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4361  ribonuclease PH  57.81 
 
 
239 aa  286  2e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.889932  hitchhiker  0.00892611 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001827  ribonuclease PH  58.23 
 
 
238 aa  286  2e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0308379  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>