More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_0001 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0002  chromosomal replication initiation protein  81.65 
 
 
481 aa  769  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0480088  hitchhiker  1.32312e-05 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0003  chromosomal replication initiation protein  70.33 
 
 
520 aa  651  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  2.73847e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0001  chromosomal replication initiation protein  66.13 
 
 
479 aa  655  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0301114  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0001  chromosomal replication initiation protein  94.57 
 
 
516 aa  979  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0192779 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0001  chromosomal replication initiation protein  69.29 
 
 
496 aa  648  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  8.69739e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0001  chromosomal replication initiation protein  100 
 
 
516 aa  1050  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.962631  hitchhiker  0.00495499 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0391  chromosomal replication initiation protein  75.29 
 
 
524 aa  784  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.246214  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0001  chromosomal replication initiation protein  69.29 
 
 
496 aa  647  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00276825  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1279  chromosomal replication initiation protein  63.66 
 
 
524 aa  606  1e-172  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  5.04678e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0001  chromosomal replication initiation protein  52.3 
 
 
473 aa  468  1e-130  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.884369 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0001  chromosomal replication initiation protein  51.55 
 
 
475 aa  464  1e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.216398 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0001  chromosomal replication initiation protein  50.92 
 
 
475 aa  460  1e-128  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0001  chromosomal replication initiation protein  52.18 
 
 
472 aa  455  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0001  chromosomal replication initiation protein  51.46 
 
 
472 aa  453  1e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206184  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0001  chromosomal replication initiation protein  50.72 
 
 
472 aa  454  1e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.583954  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0002  chromosomal replication initiation protein  50.72 
 
 
498 aa  451  1e-125  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0002  chromosomal replication initiation protein  50.93 
 
 
501 aa  449  1e-125  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0001  chromosomal replication initiation protein  50.2 
 
 
475 aa  441  1e-122  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0002  chromosomal replication initiation protein  47.67 
 
 
501 aa  439  1e-122  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.536334 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0001  chromosomal replication initiation protein  47.67 
 
 
501 aa  439  1e-122  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0001  chromosomal replication initiation protein  49.79 
 
 
494 aa  429  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.852723  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0001  chromosomal replication initiation protein  45.85 
 
 
506 aa  425  1e-117  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0001  chromosomal replication initiation protein  47.08 
 
 
506 aa  424  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0129481  hitchhiker  1.43408e-08 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0003  chromosomal replication initiation protein  46.68 
 
 
510 aa  424  1e-117  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  unclonable  2.44231e-08  normal  0.247706 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0001  chromosomal replication initiation protein  48.96 
 
 
499 aa  420  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00640124  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0003  chromosomal replication initiator protein DnaA  43.4 
 
 
519 aa  356  7e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  1.18183e-08  unclonable  1.22456e-24 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0002  chromosomal replication initiation protein  40.34 
 
 
461 aa  342  7e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.020385  hitchhiker  6.03983e-07 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0001  chromosomal replication initiation protein  39.62 
 
 
482 aa  342  1e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2833  chromosomal replication initiation protein  39.49 
 
 
448 aa  339  7e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0001  chromosomal replication initiation protein  37.92 
 
 
460 aa  331  2e-89  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.335135  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0001  chromosomal replication initiation protein  39.15 
 
 
470 aa  327  3e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0703594  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1342  chromosomal replication initiation protein  39.36 
 
 
455 aa  326  5e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0011  chromosomal replication initiation protein  39.36 
 
 
455 aa  326  5e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3373  chromosomal replication initiation protein  38.41 
 
 
460 aa  322  1e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0001  chromosomal replication initiation protein  39.31 
 
 
509 aa  320  3e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0809  chromosomal replication initiation protein  35.98 
 
 
464 aa  320  4e-86  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.54082  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0270  chromosomal replication initiation protein  35.56 
 
 
452 aa  318  2e-85  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.43885  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  38.83 
 
 
477 aa  314  3e-84  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0001  chromosomal replication initiation protein  36.97 
 
 
477 aa  311  2e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.839498  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  36.19 
 
 
482 aa  296  6e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  4.60391e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0001  chromosomal replication initiation protein  35.53 
 
 
475 aa  295  1e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0001  chromosomal replication initiation protein  35.27 
 
 
446 aa  294  3e-78  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  1.84902e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0001  chromosomal replication initiation protein  35.27 
 
 
446 aa  294  3e-78  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000594007  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0001  chromosomal replication initiation protein  35.56 
 
 
446 aa  293  5e-78  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.63866e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0001  chromosomal replication initiation protein  35.56 
 
 
446 aa  293  5e-78  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  4.25777e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0001  chromosomal replication initiation protein  35.56 
 
 
446 aa  293  5e-78  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0001  chromosomal replication initiation protein  34.58 
 
 
450 aa  293  5e-78  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0001  chromosomal replication initiation protein  35.56 
 
 
446 aa  293  5e-78  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  4.59109e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0001  chromosomal replication initiation protein  35.56 
 
 
446 aa  293  5e-78  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  2.44098e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0001  chromosomal replication initiation protein  35.77 
 
 
446 aa  293  6e-78  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.562714  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5319  chromosomal replication initiation protein  36.44 
 
 
446 aa  291  2e-77  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.679479  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0001  chromosomal replication initiation protein  36.15 
 
 
446 aa  291  2e-77  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000585905  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0001  chromosomal replication initiation protein  34.94 
 
 
446 aa  291  3e-77  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  3.25337e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0001  chromosomal replication initiation protein  34.79 
 
 
450 aa  290  4e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  4.47845e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  34.02 
 
 
453 aa  289  7e-77  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  2.08022e-10  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0259  chromosomal replication initiator protein DnaA  35.22 
 
 
474 aa  288  1e-76  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.310271  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00010  chromosomal replication initiator protein DnaA  33.61 
 
 
463 aa  285  2e-75  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00536902  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  36.25 
 
 
449 aa  284  2e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.41272e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0001  chromosomal replication initiation protein  37.5 
 
 
487 aa  283  4e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.775334  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0001  chromosomal replication initiation protein  33.88 
 
 
453 aa  280  3e-74  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  7.95473e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0001  chromosomal replication initiation protein  33.88 
 
 
453 aa  280  3e-74  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.101414  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  34.03 
 
 
446 aa  281  3e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  2.08181e-06  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2553  chromosomal replication initiation protein  33.26 
 
 
451 aa  278  2e-73  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000248403  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0001  chromosomal replication initiation protein  33.96 
 
 
443 aa  276  5e-73  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00172749  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0001  chromosomal replication initiation protein  33.2 
 
 
441 aa  275  2e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000247534  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5130  chromosomal replication initiation protein  35.78 
 
 
467 aa  274  3e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  5.58594e-06  normal  0.0494414 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0001  chromosomal replication initiation protein  36.72 
 
 
498 aa  274  3e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0001  chromosomal replication initiation protein  34.36 
 
 
457 aa  273  4e-72  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  5.97417e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0001  chromosomal replication initiation protein  34.3 
 
 
457 aa  273  4e-72  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000458864  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03585  chromosomal replication initiation protein  35.78 
 
 
467 aa  273  5e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0183504  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4212  chromosomal replication initiation protein  35.78 
 
 
467 aa  273  5e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  2.01887e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4067  chromosomal replication initiation protein  35.78 
 
 
467 aa  273  5e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  1.02031e-05  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  35.78 
 
 
467 aa  273  5e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  1.36922e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3915  chromosomal replication initiation protein  35.78 
 
 
467 aa  273  5e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.26813e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03529  hypothetical protein  35.78 
 
 
467 aa  273  5e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00951486  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4050  chromosomal replication initiation protein  35.5 
 
 
466 aa  273  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0553543  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4066  chromosomal replication initiation protein  35.5 
 
 
466 aa  273  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  8.44177e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4123  chromosomal replication initiation protein  35.5 
 
 
466 aa  273  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00889574  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4172  chromosomal replication initiation protein  35.5 
 
 
466 aa  273  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.049293  normal  0.324603 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0001  chromosomal replication initiation protein  35.78 
 
 
467 aa  273  7e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000185056  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4223  chromosomal replication initiation protein  35.78 
 
 
467 aa  272  1e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  6.6194e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  33.68 
 
 
454 aa  272  1e-71  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00039195  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4230  chromosomal replication initiation protein  35.5 
 
 
466 aa  272  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00725647  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0000.1  chromosomal replication initiation protein  33.12 
 
 
445 aa  271  2e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.159401  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0001  chromosomal replication initiation protein  35.97 
 
 
465 aa  270  4e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00156244  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0001  chromosomal replication initiation protein  35.76 
 
 
465 aa  270  6e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00429077  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  35.99 
 
 
483 aa  269  1e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  3.28329e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0001  initiation of chromosome replication  32.92 
 
 
436 aa  268  1e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0001  chromosomal replication initiation protein  33.89 
 
 
451 aa  267  4e-70  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  1.23931e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0001  chromosomal replication initiation protein  33.89 
 
 
451 aa  267  4e-70  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00187127  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0001  chromosomal replication initiation protein  33.54 
 
 
452 aa  266  5e-70  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0001  chromosomal replication initiation protein  33.54 
 
 
452 aa  266  5e-70  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  34.88 
 
 
464 aa  266  6e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00240104  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0001  chromosomal replication initiation protein  34.03 
 
 
524 aa  265  1e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0237228  normal  0.131634 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4153  chromosomal replication initiation protein  34.69 
 
 
462 aa  265  1e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  7.6269e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4177  chromosomal replication initiation protein  34.69 
 
 
462 aa  265  1e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  5.10804e-08  normal  0.0257346 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0032  chromosomal replication initiation protein  34.85 
 
 
463 aa  265  2e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  2.17775e-05  normal  0.251102 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0001  chromosomal replication initiation protein  33.55 
 
 
462 aa  263  4e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.57699e-06  unclonable  1.21376e-05 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0001  chromosomal replication initiation protein  33.55 
 
 
462 aa  263  4e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  9.98931e-09  unclonable  3.43779e-12 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0001  chromosomal replication initiation protein  33.55 
 
 
462 aa  263  4e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  2.57358e-08  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>